Renal AA amiloidoz hastalığının karşılaştırmalı idrar proteomik ve metabolomik analizi ve klinopatolojik özellikler ile korelasyonu
Comparative urine proteomics and metabolomic analysis of renal AA amyloidosis and correlation with clinopathologic scores
- Tez No: 762229
- Danışmanlar: PROF. DR. BÜLENT ALTUN
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Nefroloji, Nephrology
- Anahtar Kelimeler: AA Amiloidoz, Proteomiks, Metabolomiks, Üromodulin, α-1-mikroglobulin, Alfa makroglobülinler, Amiloidoz, Makroglobülinler, Metabolomikler, Proteomik, AA Amyloidosis, Proteomics, Metabolomics, Uromodulin, Alpha macroglobulins, Amyloidosis, Macroglobulins
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Proteomik ve metabolomik analizlerin biyoinformatik çözümlemesi tanısal ve prognostik açıdan kritik olup literatürde renal AA amiloidoz hastalarında yapılmış bir üriner omiks analizi bulunmamaktadır. Bu çalışmanın amacı renal AA Amiloidoz hastalarında karşılaştırmalı idrar proteomik ve metabolomik analizi yapmaktır. Yeni tanı almış 8 AA Amiloidoz (AA), 8 Membranöz Nefropati (MN), 8 IgA Nefropati (IgAN), 7 Fokal Segmental Glomerüloskleroz (FSGS) ve 6 kişilik kontrol grubunun idrar örnekleri alındı. nLC-MS/MS-QTOF ile AA, MN ve kontrol grubunda proteomik ve tüm hastalarda GC/MS aracılığıyla metabolomik analizler yapıldı. Patolojik preparatlar tübüler atrofi (TA) ve interstisyel fibrozis (IF) derecelerine göre skorlandı. Proteomik analizler sonucunda AA grubunda kontrol grubuna göre düzeyi anlamlı olarak daha düşük olan 51 proteinin arasında epitelyal büyüme faktörü, megalin, kübülin ve kaderinler izlendi. Üromodulin AA grubunda MN grubuna göre daha düşükken; ribonükleaz 1 ve α-1-mikroglobulin AA grubunda daha yüksek düzeyde izlendi. Gen Ontolojisi (GO) analizinde fold enrichment değeri en yüksek biyolojik süreç sindirim ve homofilik hücre adezyonu olarak görüldü. Metabolomik analizler sonucunda myo-inositol ve ürat AA grubunda MN grubuna göre yüksek olarak saptanırken D-mannitol ve N-asetilglutamat AA grubunda kontrol grubuna göre yüksek olarak saptandı. IF ve TA skorları AA grubunda diğer gruplardan daha yüksek saptandı (medyan 2, [3-0]). Çalışmamızda karşılaştırmalı idrar omiks analizi sonucunda AA amiloidoz grubunu diğer gruplardan ayıran başlıca moleküller yüksek tübülointerstisyel hasar ile ilişkilendirildi. Ayrıca network ve GO analizlerinin tübül hücreleri arasındaki adezyonu proteinlerine işaret etmesi olası bir artmış üriner kayma gerilmesi kuvvetini düşündürdü.
Özet (Çeviri)
Bioinformatic analysis of proteomic and metabolomic studies is critical in terms of diagnostic and prognostic aspects and no urinary omics analysis has been reported in renal AA amyloidosis patients. The aim of this study is to perform comparative urine proteomics and metabolomics analysis in renal AA amyloidosis. Urine samples of 8 newly diagnosed AA Amyloidosis (AA), 8 Membranous Nephropathy (MN), 8 IgA Nephropathy (IgAN), 7 Focal Segmental Glomerulosclerosis (FSGS) patients with control groups were collected. Proteomic analyzes were performed with nLC-MS/MS-QTOF in the AA, MN and control groups; and metabolomic analyzes were performed by GC/MS in all patients. Pathological specimens were scored according to tubular atrophy (TA) and interstitial fibrosis (IF) grades. As a result of proteomic analysis, epithelial growth factor, megalin, cubulin and cadherins were observed among 51 proteins whose levels were significantly lower in the AA group compared to the control group. While uromodulin was lower in the AA group than in the MN group; ribonuclease 1 and α-1-microglobulin were observed at higher levels in the AA group. In Gene Ontology (GO) analysis, the biological processes with the highest fold enrichment value were digestion and homophilic cell adhesion. Myo-inositol and urate were higher in the AA compared to MN, while D-mannitol and N-acetylglutamic acid were higher in the AA compared to control group in metabolomic analysis. IF and TA scores were higher in the AA compared to other groups (median 2, [3-0]). In our comparative urine omics analysis, the main molecules that distinguish the AA amyloidosis were associated with high tubulointerstitial damage. In addition, network and GO analyzes indicated downregulate adhesion proteins between tubule cells, suggesting a possible increased urinary shear stress.
Benzer Tezler
- Akut rejeksiyonda ve kronik allograft nefropatisinde panel reaktif antikor ve Fcγ reseptör gen polimorfizmi
Başlık çevirisi yok
NEŞE ÖZKAYIN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2004
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıEge ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEVGİ MİR
- Ailevi akdeniz ateşi(AAA) tanılı hastalarda atak durumunu belirlemede immatur granülosit yüzdesi etkinliğinin değerlendirilmesi
Evaluation of the percentage effectiveness of immatur granulocyte in determining the attack status in patients diagnosed of family mediterranean fever
PELİN ÖZCAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıTokat Gaziosmanpaşa ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ARİF İSMET ÇATAK
- Sekonder amiloidoz saptanan 59 vakada klinik ve laboratuar bulgularının analizi
Analysis of clinical and laboratory findings in 59 cases with secondary amiloidosis
KADİR GÖKHAN ATILGAN
Tıpta Yan Dal Uzmanlık
Türkçe
2007
NefrolojiSağlık BakanlığıNefroloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ RIZA ODABAŞ
- Analysis of total ada activity in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) of DADA2 patients
DADA2 hastalarının periferik kan mononükleer hücrelerinde total ada aktivitesinin analizi
TURNA DEMİRCİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Alzheimer hastası bireylerde bazı mikroRNA'ların ekspresyonlarının araştırılması
Investigation of expression of certain mirnas in patients with alzheimer's disease
MEHMET TUĞHAN KIZILTUĞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Tıbbi BiyolojiMersin ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET EMİN ERDAL