Streptococcus pneumoniae için DNA aptamerlerin geliştirilmesi ve karakterizasyonu
Development and characterization of DNA aptamers against streptococcus pneumoniae
- Tez No: 480014
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. ABDULLAH TAHİR BAYRAÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karamanoğlu Mehmetbey Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 114
Özet
Pnömokoklar çocuklarda, yaşlılarda, immün yetmezliği olanlarda yaptığı enfeksiyonlarla dünyada başta gelen hastalık nedenleri arasında bulunmaktadır. Son yıllarda antibiyotiklere dirençli Streptococcus pneumoniae suşları giderek yaygınlaşmıştır. Aptamerlerin yüksek afinite ve seçicilik özellikleri sayesinde, terapötik, biyoanalitik uygulama ve moleküler tanı alanlarında kullanımlarının yüksek potansiyele sahip oldukları yapılan çalışmalarda gösterilmiştir. Bakteriyel-SELEX aptamer üretim yöntemi ile bakterilerdeki bilinmeyen biyomarkörlerin tespit edilmeleri sağlanabilmekte ve geliştirilen bu aptamerler tanı amaçlı kullanılabilmektedir. Bu çalışmada S. pneumoniae'ya karşı bakteriyel SELEX yöntemi kullanılarak aptamerler geliştirilmiştir. SELEX esnasında S. pneumoniae (ATCC® 49619™) hedef olarak kullanılırken, Streptecoccus mutans (ATCC® 25175™), Streptococcus pyogenes (ATCC® 19615™) ve Enterococcus faecalis(ATCC® 19433™) negatif seçilimde kullanılarak aptamerlerin özgünlüğü arttırılmıştır. Yapılan 20 turluk SELEX sonrasında zenginleşen diziler yeni nesil dizileme ile belirlenmiş ve sentezlenmiştir. Test edilen aptamerler arasında üç aday submikromolar seviyede (844,7±163,6 nM, 1984,8±347,5 nM, 661,8±111,3 nM) Kd değerlerine sahip olup S. pneumoniae'nın dört farklı suşuna karşı bağlanma etkinliği göstermiş fakat seçilimde kullanılan bakterilere etkin bağlanma göstermemiştir. Aptamerlerin bağlanma etkinlikleri floresans spektroskopi, floresans mikroskopi ve akım sitometrisi kullanılarak gösterilmiştir. Bununla birlikte geliştirilen aptamerlerin biyofilm oluşumu seçici olarak inhibe ettiği gösterilmiştir. Geliştirilen bu aptamerler literatürde bulunan ilk S. pneumoniae aptamerleridir, fonksiyonel olarak S. pneumoniae'e bağlanmakta ve anti pneomococcal potansiyeli bulunmaktadır.
Özet (Çeviri)
Pneumococci is among the foremost causes of disease in children, the elderly and people with immune deficiency. Lately, antibiotic-resistant Streptococcus pneumoniae strains have become more and more prevalent. In studies conducted, aptamers through their high affinity and selectivity, have been proven to be of high potential in therapeutic and bioanalytical application and molecular diagnosis. The detection of unknown biofactors in bacteria has been made possible by the bacterial-SELEX aptamer production procedure and these aptamers can then be used for diagnostic purposes. In this study, aptamers against S. pneumoniae have been synthesized through the bacterial-SELEX procedure; S. pneumoniae (ATCC® 49619™) has been used as target while the distinction of the aptamers have been provided by using Streptecoccus mutans (ATCC® 25175™), Streptococcus pyogenes (ATCC® 19615™) and Enterococcus faecalis(ATCC® 19433™) in negative selection. After 20 rounds of SELEX, strains that have been enriched had been detected by new generation sequencing and synthesized. Three candidates among all the aptamers tested demonstrated Kd value in the submicromolar level (844,7±163,6 nM, 1984,8±347,5 nM, 661,8±111,3 nM) and showed binding activity to four different strains of S. pneumoniae, but not to the bacteria used in negative selection. Binding activities of aptamers have been demonstrated with the help of fluorescence spectroscopy, fluorescence microscopy and flow cytometry. It has also been shown that aptamers selectively inhibit the development of biofilm. These aptamers are the first S. pneumoniae aptamers found in the literatüre, they bind S. pneumoniae functionally, and they have anti pneumococcal potential.
Benzer Tezler
- Streptococcus pneumoniae bakterisine özgü aptamer seçimi
Selection of aptamers targeted to streptococcus pneumoniae
ÖZGÜR GÖKMEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
BiyokimyaGebze Yüksek Teknoloji EnstitüsüKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ TÜRKAN
- Menenjit ön tanısı almış hastaların beyin omurilik sıvılarında neisseria meningitidis, streptococcus pneumoniae, haemophilus influenzae, grup b streptokok ve listeria monocytogenes'in kültür ve multiplex pcr ile araştırılması
The cerebrospinal fluids of patients diagnosed with meningitis neisseria meningitidis, streptococcus pneumoniae, haemophilus influenzae, group b streptococcal and multiplex pcr of listeria monocytogenes with culture and research
SEZER TOPRAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HRİSİ BAHAR TOKMAN
- Enfeksiyonlardan sıklıkla izole edilen streptococcus pneumoniae serotipleri için heterodupleks analizi ile serotiplendirme ve yöntemin gerçek zamanlı florometrik nükleik asit saptama sistemine uyarlanması
Serotyping the frequently isolated serotypes of streptococcus pneumniae byheteroduplex analysis and modificatio of this technique to real-time fluorometric nucleic acid detection system
AHMET PINAR
Doktora
Türkçe
2004
MikrobiyolojiHacettepe ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞEMSETTİN USTAÇELEBİ
- Klinik örneklerden izole edilen streptococcus pneumoniae serotiplerinin heterodupleks yöntemiyle serotiplendirilmesi
Serotyping of streptococcus pneumoniae serotypes which were isolated from clinical samples by heteroduplex method
DİDEM ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
MikrobiyolojiHacettepe ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET PINAR
- Göknar öz ve diri odun özütlerinin kimyasal içeriklerinin belirlenmesi, antimikrobiyal ve dna koruma özelliklerinin incelenmesi
Determination of chemical content, examination of antimicrobial and dna protection properties of fir wood extracts
SİNAN BUYURUKCU
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Ormancılık ve Orman MühendisliğiKastamonu ÜniversitesiSürdürülebilir Tarım ve Tabii Bitki Kaynakları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET CENGİZ BALOĞLU