Streptococcus pneumoniae için DNA aptamerlerin geliştirilmesi ve karakterizasyonu
Development and characterization of DNA aptamers against streptococcus pneumoniae
- Tez No: 480014
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. ABDULLAH TAHİR BAYRAÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karamanoğlu Mehmetbey Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Pnömokoklar çocuklarda, yaşlılarda, immün yetmezliği olanlarda yaptığı enfeksiyonlarla dünyada başta gelen hastalık nedenleri arasında bulunmaktadır. Son yıllarda antibiyotiklere dirençli Streptococcus pneumoniae suşları giderek yaygınlaşmıştır. Aptamerlerin yüksek afinite ve seçicilik özellikleri sayesinde, terapötik, biyoanalitik uygulama ve moleküler tanı alanlarında kullanımlarının yüksek potansiyele sahip oldukları yapılan çalışmalarda gösterilmiştir. Bakteriyel-SELEX aptamer üretim yöntemi ile bakterilerdeki bilinmeyen biyomarkörlerin tespit edilmeleri sağlanabilmekte ve geliştirilen bu aptamerler tanı amaçlı kullanılabilmektedir. Bu çalışmada S. pneumoniae'ya karşı bakteriyel SELEX yöntemi kullanılarak aptamerler geliştirilmiştir. SELEX esnasında S. pneumoniae (ATCC® 49619™) hedef olarak kullanılırken, Streptecoccus mutans (ATCC® 25175™), Streptococcus pyogenes (ATCC® 19615™) ve Enterococcus faecalis(ATCC® 19433™) negatif seçilimde kullanılarak aptamerlerin özgünlüğü arttırılmıştır. Yapılan 20 turluk SELEX sonrasında zenginleşen diziler yeni nesil dizileme ile belirlenmiş ve sentezlenmiştir. Test edilen aptamerler arasında üç aday submikromolar seviyede (844,7±163,6 nM, 1984,8±347,5 nM, 661,8±111,3 nM) Kd değerlerine sahip olup S. pneumoniae'nın dört farklı suşuna karşı bağlanma etkinliği göstermiş fakat seçilimde kullanılan bakterilere etkin bağlanma göstermemiştir. Aptamerlerin bağlanma etkinlikleri floresans spektroskopi, floresans mikroskopi ve akım sitometrisi kullanılarak gösterilmiştir. Bununla birlikte geliştirilen aptamerlerin biyofilm oluşumu seçici olarak inhibe ettiği gösterilmiştir. Geliştirilen bu aptamerler literatürde bulunan ilk S. pneumoniae aptamerleridir, fonksiyonel olarak S. pneumoniae'e bağlanmakta ve anti pneomococcal potansiyeli bulunmaktadır.
Özet (Çeviri)
Pneumococci is among the foremost causes of disease in children, the elderly and people with immune deficiency. Lately, antibiotic-resistant Streptococcus pneumoniae strains have become more and more prevalent. In studies conducted, aptamers through their high affinity and selectivity, have been proven to be of high potential in therapeutic and bioanalytical application and molecular diagnosis. The detection of unknown biofactors in bacteria has been made possible by the bacterial-SELEX aptamer production procedure and these aptamers can then be used for diagnostic purposes. In this study, aptamers against S. pneumoniae have been synthesized through the bacterial-SELEX procedure; S. pneumoniae (ATCC® 49619™) has been used as target while the distinction of the aptamers have been provided by using Streptecoccus mutans (ATCC® 25175™), Streptococcus pyogenes (ATCC® 19615™) and Enterococcus faecalis(ATCC® 19433™) in negative selection. After 20 rounds of SELEX, strains that have been enriched had been detected by new generation sequencing and synthesized. Three candidates among all the aptamers tested demonstrated Kd value in the submicromolar level (844,7±163,6 nM, 1984,8±347,5 nM, 661,8±111,3 nM) and showed binding activity to four different strains of S. pneumoniae, but not to the bacteria used in negative selection. Binding activities of aptamers have been demonstrated with the help of fluorescence spectroscopy, fluorescence microscopy and flow cytometry. It has also been shown that aptamers selectively inhibit the development of biofilm. These aptamers are the first S. pneumoniae aptamers found in the literatüre, they bind S. pneumoniae functionally, and they have anti pneumococcal potential.
Benzer Tezler
- Boğazdan izole edilen coliform bakterilerin B- laktamaz enzim aktivitelerinin tesbit edilmesi ve B-laktamaz pozitif coliformların penisilinetkisinin inaktivasyonunun in vitro deneylerle gösterilmesi
The Detection of beta-lactamasa activity of coliform bacteria isolated from th roat cultures and slovving the inactivation of penicilin by this beta lactamase produced by this caliform organisms
GÜVEN URAZ
Doktora
Türkçe
1986
MikrobiyolojiGazi ÜniversitesiGenel Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERDOĞAN BERKMAN
- Kadın genital bölgesi vajen ve serviks mikrobiyal flora dağılımı ve enfeksiyon etkeni patojen mikroorganizmaların tanımı
The Distrubition of microbial flora of vagina nd cervix in women genital tract and description of pathooen microorganism which are infection agent
NİHAL YÜCEL
- Değişik kaynaklardan temin edilen etlerin mikrobiyolojik kalite kontrolleri üzerinde araştırma
Başlık çevirisi yok
BENGÜ KAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
Gıda MühendisliğiAnkara ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET AKIN
- Tonsillo-faranjitis şüpheli 7-17 yaş grubundaki öğrencilerin boğaz kültürlerinden soyutulan aerob patojen mikroorganizmalar
Başlık çevirisi yok
SAFFET ELÇİ
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
MikrobiyolojiDicle ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERALP ARIKAN