Differentiation of filamentous fungi by polymerase chain reaction (PCR) and Fourier transform infrared (FTIR) spectroscopy
Filamentöz fungusların polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve Fourier dönüşüm kızılötesi (FTIR) spektroskopisi ile ayırt edilmesi
- Tez No: 482455
- Danışmanlar: DOÇ. DR. AYŞE HANDAN BAYSAL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Gıda Mühendisliği, Food Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 123
Özet
Fourier Dönüşüm Kızılötesi (FTIR) Spektroskopisi, hedef mikroorganizmanın kimyasal kompozisyonunun belirlenmesi veya fonksiyonel grupların tanımlanmasında kullanılan hızlı, etkili, hassas ve düşük maliyetli bir yöntemdir. Lipidler, karbonhidratlar ve nükleik asitler gibi biyo-moleküllerin özgül kızılötesi ışık frekanslarına karşılık gelen kendine özgü 'titreşimsel' parmak izleri ve karakteristik işlevsel grupları olduğundan, herhangi bir bileşik için elde edilen FTIR spektrumu, o bileşiğin parmak izini oluşturur. Bu çalışmanın amacı, farklı filamentöz fungus türlerini ayırt etmek için FTIR spektroskopisinin yeterliliğini araştırmaktır. Bu çalışmada, farklı bağlardan toplanan Erkence türü zeytinler, farklı küf türü izolasyonu için kullanıldı. Bunun için, fungus izolatları, oda sıcaklığında 25 ° C'de Malt Extract Agar (MEA) ve Czapek Yeast Agar (CYA) üzerinde 10 gün boyunca inkübe edildi. Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) kullanılarak 15 farklı cins ve 53 tür belirlendi ve DNA dizilimi açısından karakterize edildi. FTIR spektroskopisi 71 türe yeni bir teknik olarak uygulandı. Önceki çalışmalardan toplanmış 18 tanımlanmış tür de FTIR spektroskopisi için kullanıldı. Sonuçların istatistiksel analizi Temel Bileşen Analizi (PCA) kullanılarak yapıldı. FTIR spektroskopisi filamentöz fungusların ayrılmasında potansiyel olarak güçlü bir yaklaşım sağladığı belirlendi.
Özet (Çeviri)
Fourier transform infrared (FTIR) spectroscopy is considered to be a rapid, reliable, sensitive, and a cost-effective technique, which could be used as an efficient tool for microorganism identification. Since bio-molecules, such as lipids, carbohydrates, and nucleic acids, have their own unique 'vibrational' fingerprints and characteristic functional groups, which correspond to specific infrared light frequencies, FTIR spectrum obtained for any compound gives the information on the unique 'fingerprint'. The objective of this study was to investigate the ability of FTIR spectroscopy for differentiating different species of filamentous fungi. In this study, Erkence cultivar olives which were collected from different orchards were used for different fungal strain isolation. The fungi isolates were grown on Malt Extract Agar (MEA) and Czapek Yeast Agar (CYA) at room temperature of 25ºC for 10 days. 15 different genera and 53 species were identified by using Polymerase Chain Reaction (PCR) and characterized in terms of DNA sequencing. FTIR spectroscopy was applied to 71 species as a novel technique to identify fungi. 18 pre-defined species that were collected fom previous studies, were also used for FTIR spectroscopy investigation. Statistical analysis of the data was performed by using a principal component analysis (PCA). FTIR spectroscopy provides a potentially powerful approach to differentiate filamentous fungi.
Benzer Tezler
- Transkripsiyon faktörü p53 tümör supressör proteininin p60-katanin (KATNA1) promotoru ile etkileşimi
Interaction between transcription factor p53 tumor suppressor and p60-katanin (KATNA1) promoter
MEHTAP KAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Investigation effects of pterostilbene on differentiation and adipogenesis in 3T3-L1 cells
3T3-L1 hücrelerinde pterostılben'in farklılık ve adipogenez üzerine etkilerinin incelenmesi
BİRGÜL GÜLNAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyomühendislikAdana Alparslan Türkeş Bilim Ve Teknoloji ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SİBEL ÖZDAŞ
- Güneydoğu Anadolu otoktonu üst kretase-paleosen yaşlı birimlerin mineralojik-petrografik ve jeokimyasal özelliklerinin incelenmesi (Mardin-Dargeçit)
Investigation of the upper cretaceous-paleogene Southeastern Anatolia autochthonous mineralogical-petrographic and geochemical characteristics of the elderly unit
ADİLE KÜBRA AKMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Jeoloji MühendisliğiBatman ÜniversitesiJeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEMA TETİKER
- İnek ve koyun dilinde intermediyer filamanlardan sitokeratin, laminin, desmin ve vimentinin diferansiyel dağılımı
Differantial distribution of cytokeratin, laminin, desmin and vimentin from intermediate filaments in cow and sheep tongue
FATMA ÇELENK
Doktora
Türkçe
2022
Histoloji ve EmbriyolojiDicle ÜniversitesiVeteriner Histoloji ve Embriyoloji Ana bilim Dalı
PROF. DR. BERNA GÜNEY SARUHAN
- Cell surface localization and expression of cell surface receptor integrin alpha5/beta1 during proliferation and neural differentiation of human bone marrow mesenchymal stem cells (hMSCs)
Hücre yüzey reseptörü integrin alfa5/beta1?in insan kemik iliği mezenkimal kök hücre (hMSCs) proliferasyonu ve nöral farklılaşma sırasında hücre yüzeyi lokalizasyonu ve ekspresyonu
NİHAL KARAKAŞ