İnsan BAX geni 5′ kodlamayan dizide transkripsiyon faktörü bağlanma bölgelerinin delesyonunun gen ekspresyonu üzerine etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of deletion of transcription factor binding sites in human BAX gene 5′ noncoding sequence on gene expression
- Tez No: 483586
- Danışmanlar: PROF. DR. ORHAN ERDOĞAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Atatürk Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 99
Özet
Bu çalışmada, proapoptotik bir gen olan insan BAX geni 2000 bç'lik 5′ kodlamayan dizisi Ensembl veri tabanı kullanılarak belirlendi. Bu bölge işlevsel özelliklerine göre PCR yöntemiyle 1400 bç, 930 bç ve 390 bç'lik parçalara ayrıldı. Çoğaltılan parçalar pGEM-T Easy vektörüne aktarılarak Escherichia coli JM109 bakterisine transfer edildi. Daha sonra elde edilen bölgeler Lusiferaz vektörüne (pGL-3 basic vektör) aktarıldı. Saflaştırılan plazmitler MCF-7 hücrelerine transfekte edildi. Oluşturulan konstraktların lusiferaz aktivitesi, kontrol vektörüne göre ölçümü yapıldığında 930 bç'lik parçanın en yüksek aktivite gösterdiği tespit edildi. Genomatix veritabanı kullanılarak 930 bç'lik parça, SWI / SNF transkripsiyon faktör bağlanma bölgelerinin yerleşimine göre 797 bç, 673 bç, 230 bç ve 185 bç'lik parçalara ayrıldı. Çoğaltılan parçaların lusiferaz aktivitesi kontrol vektörü ile kıyaslandığında en yüksek aktivitenin 673 bç'lik bölgede bulunan SWI-SNF3 ve SWI-SNF4 olarak adlandırdığımız transkripsiyon faktör bağlanma bölgelerinde olduğu tespit edildi. Böylece daha sonraki çalışmalarda tespit edilen transkripsiyon faktör bağlanma bölgeleri üzerinde site spesifik mutagenezler yapılarak 5′ kodlamayan dizisi üzerindeki farklı transkripsiyon faktörleri ile etkileşimlerinin belirlenmesi mümkün olacaktır.
Özet (Çeviri)
In this study, the human BAX gene, a proapoptotic gene, was identified the 2000 bp 5′ noncoding sequence by using the Ensembl database. According to the functional features of this region, 1400 bc, 930 bc and 390 bc fragments were separated by PCR method. The amplified fragments were transferred to the pGEM-T Easy vector and transferred to Escherichia coli JM109 bacteria. Subsequently, the obtained regions were transferred to the luciferase vector (pGL-3 basic vector). Purified plasmids were transfected into MCF-7 cells. Oluşturulan konstraktların lusiferaz aktivitesi, kontrol vektörüne göre ölçümü yapıldığında 930 bç'lik parçanın en yüksek aktivite gösterdiği tespit edildi. Using the Genomatix database, 930 bp fragments were divided into 797 bp, 673 bp, 230 bp and 185 bp fragments according to the location of the SWI / SNF transcription factor binding sites. Çoğaltılan parçaların lusiferaz aktivitesi kontrol vektörü ile kıyaslandığında en yüksek aktivitenin 673 bç'lik bölgede bulunan SWI-SNF3 ve SWI-SNF4 olarak adlandırdığımız transkripsiyon faktör bağlanma bölgelerinde olduğu tespit edildi. Thus, site-specific mutagenesis on transcription factor binding sites detected in later studies will allow interaction with different transcription factors on the 5'non-coding sequence.
Benzer Tezler
- Ejder meyvesinin (Hylocereus türleri) biyokimyasal karakterizasyonu ve antikanserojenik özelliklerinin araştırılması
Biochemical characterization and anti-cancerogenic properties of dragon fruit (Hylocereus species)
NURAY BAKAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyokimyaSelçuk ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERDAR KARAKURT
- İnsan servikal kanser (HELA) hücreleri üzerine nanotaşıyıcı sistemlere yüklenmiş Doksorubisin'in sitotoksik etki ve bazı genlerin ekspresyon profillerinin belirlenmesi.
Cytotoxic effect of doxorubicin loaded on nanocarrier systems on human cervical cancer (HELA) cell line and determination of some genes expression profiles.
KENAN UTKU
Doktora
Türkçe
2020
BiyokimyaSivas Cumhuriyet ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YAVUZ SİLİĞ
- Salvia chrysophylla'nın insan karaciğer hücre hattında (HEPG2) sitotoksik ve apoptotik etkilerinin araştırılması
Investigation of cytotoxic and apoptotic effects of Salvia chrysophylla in human liver cell line (HEPG2)
RAHİMENUR ARSLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Mühendislik BilimleriPamukkale ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ASLI SEMİZ
- Yeni sentezlenen antitirozinaz aktiviteye sahip kojik asit türevlerinin A375 malin melanoma hücre hattında sitotoksisite ve hücre ölümü üzerine etkisinin aydınlatılması
The effect of kojic acid derivatives with new synthesized antithyrosinase activity on cytotoxicity and cell death in the A375 malign melanoma cell line
RIDVAN FELEKOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyokimyaHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE ERCAN
- Androctonus crassıcauda (Olıver 1807) akrep ham zehri uygulanmış kolon kanseri hücre hattı (HT-29) üzerindeki gen expresyon düzeyinin qpcr yöntemi ile belirlenmesi
Determination of gene expression levels in colon cancer cell line (HT-29) treated with Androctonus crassicauda (Oliver 1807) scorpion venom using the qpcr method
NAME PERKTAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyolojiKırıkkale ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NAZİFE YİĞİT KAYHAN