Libraries and tools for viewing and editing biological maps in sbgn
Sbgn ile biyolojik haritaların gösterimi ve dÜzenlenmesi için kütüphane ve araçlar
- Tez No: 484055
- Danışmanlar: PROF. UĞUR DOĞRUSÖZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 81
Özet
Hücresel prosesler ve yolaklar hakkında bilgi Systems Biology Graphical Notation (SBGN) gibi hesaplanabilir standart formatlarda artarak daha ulaşılabilir bir hale geliyor. Bu bilginin etkin olarak görselleştirilmesi biyolojik bilgi analizi için temel bir gereklilik. Biyolojik bilgi analizi hızla web tabanlı platformlara taşınmakta; bu yüzden bu platformları ve diğer kullanım senaryolarını destekleyen çok yönlü web tabanlı yolak görselleyici ve düzenleyicilere büyük bir ihtiyaç var. Bu ihtiyacı karşılamak için modüler bir yazılım mimarisi geliştirmeyi öneriyoruz. Önerilen mimari yeniden kullanılabilir web tabanlı kütüphaneler ve bu kütüphaneleri kullanarak geliştirilen kolaylıkla uyarlanabilir ve gömülebilir araçlar içeriyor. Kütüphanelerimiz SBGNViz.js, SBGN diyagramlarıyla gösterimlenen yolak modellerini görselleştirmek için bir işleyici ve uygulama programlama arayüzü sağlayan Cytoscape.js tabanlı bir kütüphane, ve ChiSE.js, SBGN diyagramlaryla gösterimlenen yolak modellerini görselleştirmek ve inşa etmek için SBGNViz.js tabanlı bir kütüphane, ve çok yönlü Cytoscape.js eklentilerinden oluşmakta. Bu kütüphaneleri kullanarak geliştirilen araçlarımız sırasıyla SBGNViz.js ve ChiSE.js için birer örnek uygulama olan SBGNViz Viewer ve Newt'i içermekte. Newt, moleküler kompleksler ve kompartımanlar gibi bileşik yapıları, örgü ve hizalama yönergeleri gibi ileri şemalaştırma olanaklarını, durgun ve artımlı yerleştirme algoritmalarını, ve büyük haritalarda karmaşıklık yönetimini destekleyen ilk web tabanlı araç olarak geliştirilmekte.
Özet (Çeviri)
Information about cellular processes and pathways is becoming increasingly available in detailed, computable standard formats including Systems Biology Graphical Notation (SBGN). Effective visualization of this information is a key recurring requirement for biological data analysis, especially for -omic data. Biological data analysis is rapidly migrating to web based platforms thus there is a substantial need for sophisticated web based pathway viewing and editing tools that support these platforms and other use cases. We propose to develop a modular software architecture to meet this need. This proposed architecture includes reusable web based libraries and easily customizable and embeddable tools developed using these libraries. Our libraries include SBGNViz.js, a Cytoscape.js based library providing a renderer and an API to develop tools visualizing pathway models represented by SBGN Diagrams, and ChiSE.js, an SBGNViz.js based library to visualize and construct pathway models represented in SBGN Diagrams, and miscellaneous Cytoscape.js extensions. Our tools are built using these libraries and include SBGNViz Viewer and Newt, which are sample applications for SBGNViz.js and ChiSE.js, respectively. Newt is being developed to become a first web based, open source SBGN editor with full support for compound structures such as molecular complexes and compartment, advanced diagramming facilities including grid and alignment guidelines, static and incremental layout, and complexity management of large maps.
Benzer Tezler
- Efficient querying of sbgn maps stored in a graph database
Çizge veri tabanında depolanan sbgn haritalarının etkili sorgulanması
MUSTAFA ENES KARACA
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ
- A multimodal sensor analysis framework for vehicular mobile applications
Araç içi mobil uygulamar için çok-kipli algılayıcı analiz alt yapısı
FATİH ORHAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilişim Sistemleri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. PEKİN ERHAN EREN
- Kütle spektrometresi temelli görüntüleme için yeni bir veri işleme yazılımının geliştirilmesi
Developing of a new data processing softwarefor mass spectrometry based imaging
BETÜL KARABUDAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyokimyaKarabük ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HACI MEHMET KAYILI
DR. ÖĞR. ÜYESİ HAKAN YILMAZ
- Inverse dynamics control of a humanoid robot arm
İnsansı bir robot kolunun ters dinamik kontrolü
OĞUZHAN CEBE
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Mekatronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMekatronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞENİZ ERTUĞRUL
- Methods and tools for visualisation and management of SBGN Process Description maps
SBGN proses diyagramlarının yönetimi ve gösterimi için geliştirilen metotlar ve araçlar
MECİT SARI
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ