Alabalıklarda infeksiyöz pankreatik nekroz virüsü (ıpnv), infeksiyöz hematopoietik nekroz virüsü (IHNV), viral hemorajik septisemi virüsü (vhsv) varlığının araştırılması ve IPNV izolatlarının VP2 ve VP5 gen bölgelerindeki varyasyonlarına göre virülenslerinin incelenmesi
Detection of infectious pancreatic necrosis virus (IPNV), SHSV (viral hemorrhagic septicemia virus),ihnv (infectious hematopoietic necrosis virus)in trout and virulence based on VP2, VP5 gene regions
- Tez No: 487130
- Danışmanlar: PROF. DR. SONER ALTUN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Veteriner Hekimliği, Veterinary Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Uludağ Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Su Ürünleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 113
Özet
Türkiye'de gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss) işletmelerinde İnkefsiyöz Pankreatik Nekroz Virüsü (IPNV) yaygın iken Viral Hemorajik Septisemi Virüsü (VHSV) 2006'da tespit edilmiş ancak İnfeksiyöz Hematopoietik Nekroz Virüs (IHNV) varlığı bildirilmemiştir. Bu çalışmada Türkiye'nin 6 farklı bölgesinde IPNV, VHSV, IHNV varlığı ve IPNV izolatlarının VP2 ve VP5 gen bölgelerinin filogenetik gruplandırması yapılarak virülensleri incelenmiştir. Virüs izolasyonu BF-2 ve EPC hücre kültürleri kullanılarak, identifikasyonu ise ELISA (Enzyme Linked Immuno Assay) ve RT-PCR (Ters Transkriptaz-Polimeraz Zincir Reaksiyonu) ile yapılmıştır. IPNV suşlarının genogrupları ve virülens motiflerini belirlemek için dizi analizi yapılmıştır. IPNV suşlarının immun gen uyarımlarının belirlenmesi amacıyla ise TO (Atlantik somon ön böbrek hücre hattı) hücre kültürü kullanılmış ve bu hücre kültüründeki IFN, Mx ve Viperin gen miktarları RT-qPCR (Eş Zamanlı Ters Transkriptaz-Polimeraz Zincir Reaksiyonu) ile ölçülmüştür. Çalışmada VHSV ve IHNV tespit edilemezken IPNV'nin tüm bölgelerde yaygın ve prevalansının %27,14 olduğu saptanmıştır. VP2 gen bölgesinin sekans ve filogenetik analiz sonuçları Türkiye'den izole edilen IPNV suşlarının genogrup 5'te (serotip Sp-A2) yer aldığını ve amino asit dizilimine göre tüm suşların P217T221 motifini barındırdığını göstermiştir. VP5 gen bölgesi nükleotit ve amino asit dizi analiz sonuçları suşların birbirlerine %97-100 benzer olduğunu ortaya koymuştur. VP2 ve VP5 gen bölgelerinin filogenetik analiz sonuçları ile suşların coğrafi kökenleri arasında herhangi bir ilişki saptanamamıştır. Hücre kültüründe yapılan immun yanıt çalışmalarında suşların IFN, Mx ve Viperin genlerini uyardığı tespit edilirken suşlar arasında immun yanıt uyarımlarının anlamlı sonuçlar vermediği tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Infectious Pancreatic Necrosis Virus (IPNV) in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) farms in Turkey is prevalent while in VHSV (Viral Hemorrhagic Septicemia Virus) has been reported in 2006, but IHNV (Infectious Hematopoietic Necrosis Virus) are detected yet. In this study, presence of IPNV, VHSV, IHNV and phylogenetic analysis of VP2 and VP5 genes and virulence of IPNV in six different regions of Turkey were examined. Virus isolation was performed using BF-2 and EPC cell cultures, and identification was performed by ELISA and RT-PCR. Sequence analysis was performed to determine the genogroups and virulence motifs of IPNV strains. TO cell culture was used in order to determine the induction of immune genes and IFN, Mx and Viperin genes was measured by RT-qPCR. In all of Prevalance of IPNV was found 27.14% while VHSV and IHNV were not detected. IPNV VP2 gene region was sequenced for analysis of phylogenetic examinationand IPNV starins of were belomged to genogroup 5 (serotype Sp-A2) and the amino acid sequence showed all strains had P217T221 amino acid motif. The VP5 gene region nucleotide and amino acid sequence analysis results showed that the strains were 97-100% similar to each other. The phylogenetic analysis results of VP2 and VP5 gene regions did not reveal any relationship between the strains and their geographical origins. However IFN, Mx and Viperin immune genes were induced by IPNV stains, there were no significant results.
Benzer Tezler
- Isparta bölgesi'nde gökkuşağı alabalıkları (Oncorhynchus mykiss)'nda viral hastalıkların tespiti üzerinde bir araştırma
A research on detection of viral diseases in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) in Isparta region
ALİ ÖZDAMAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Su ÜrünleriIsparta Uygulamalı Bilimler ÜniversitesiSu Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞEGÜL KUBİLAY
- Doğu Karadeniz Bölgesindeki alabalık kuluçkahanelerinde ve yavru alabalıklarda bazı viral etkenlerin araştırılması
İnvestigation of some viral pathogens in trout hatcheries and juveniles in Eastern Black Sea Region
HÜSEYİN ALP
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Veteriner HekimliğiMehmet Akif Ersoy ÜniversitesiViroloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. SİBEL HASIRCIOĞLU
PROF. DR. OYA BULUT
- Alabalıklarda (Oncorhynchus mykiss, walbaum) enfeksiyöz pankreatik nekrozis (IPN) hastalığının teşhisinde enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) yönteminin geliştirilmesi
Development of enzyme linked immunosorbant assay (ELISA)method for diagnosis of infectious pancreatic necrosis disease in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss, walbaum)
BUKET ÖZKAN ÖZYER
Doktora
Türkçe
2007
Bilim ve TeknolojiEge ÜniversitesiSu Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAŞMET ÇAĞIRGAN
- Yerli infeksiyöz pankreatik nekrozis virüs (IPNV) izolatlarının moleküler karakterizasyonu ve patojenite denemeleri
Molecular charactarisation of local infectious pancreatic necrosi̇s virus (İPNV) isolates and pathogenicity trials
YÜKSEL DURMAZ
Doktora
Türkçe
2018
Veteriner HekimliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiViroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HARUN ALBAYRAK
- Tunceli ilindeki alabalıklarda yersinia ruckeri infeksiyonunun maldı-TOF MS yöntemiyle identifikasyonu ve sekans analizi
Identification and sequence analysis of yersinia ruckeri infection in trout in Tunceli province by maldi-TOF MS
GÖKÇE GÜRBÜZ ELGÜN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyoteknolojiMunzur ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÜLKÜ ÖZBEY
PROF. DR. GÖKBEN ÖZBEY