Geri Dön

Sünger mikrobiyomunun metagenomik yöntemlerle belirlenmesi

Determination of sponge microbiome by metagenomic approaches

PDF İndir

  1. Tez No: 488283
  2. Yazar: EBRU EMİRİYE KAVRUK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ELİF ESİN HAMEŞ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2017
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 110

Özet

Denizel çevrelerdeki mikrobiyal çeşitliliği oluşturan mikroorganizmaların çoğunluğunun süngerlerle simbiyotik yaşam sürdürdükleri uzun süredir bilinmektedir. Bu çeşitliliğin aydınlatılmasında geleneksel kültivasyon tekniklerinin yetersizliği nedeniyle mikroorganizmanın genetik materyalinin kullanıldığı metagenomik yaklaşımlar son yıllarda önemli bir yere sahiptir. Bu tez çalışmasında Akdeniz'den toplanan Agelas oroides, Ciocalypta carballoi, Petrosia ficiformis ve Sarcotragus foetidus sünger türlerinin mikrobiyal çeşitliliği metagenomik yöntemlerle araştırılmıştır. Örneklerden metagenomik DNA izolasyonu yapılarak, 16S rDNA-V3 ve ITS1 primerleriyle PCR'da çoğaltılmış, 16S rDNA-V3 amplikonları %0-50 ve %40-70; ITS1 amplikonları ise %0-50 denatürant konsantrasyonunda Denatüre Gradient Jel Elektroforezi'nde (DGGE) yürütülmüştür. %40-70 gradientinde yürütülen 16S rDNA-V3 fragmentleri daha etkili şekilde ayrılmış, sırasıyla 20 ve 14 adet bant izole edilmiştir. %0-50 denatürasyon gradientinde yürütme sonucunda ise 10 adet fungal bant izole edilmiştir. Toplamda 44 adet bant izole edilmiş ve dizi analizleri yapılmıştır. Bu dizilerin BLAST analizleri yapılarak yakın oldukları mikroorganizmalar belirlenerek MEGA6 programıyla filogenetik ağaçları çizilmiştir. 16S rDNA-V3 dizileri için KY379824-KY379849, ITS1 dizileri için KY363543-KY363552 erişim numaralarıyla GenBank'a kaydedilmiştir. Agelas oroides, Ciocalypta carballoi, Petrosia ficiformis ve Sarcotragus foetidus süngerlerindeki bakteriyel çeşitliliğin fungal çeşitliliğe göre fazla olduğu belirlenmiştir. Süngerlerde en sık rastlanan Proteobacteria filumu üyeleri çalışmada kullanılan tüm örneklerde belirlenmiştir. P. ficiformis'ten elde edilen bantların, BLAST sonucunda benzerlik gösterdiği dizilerin denizel çevrelerden elde edilen 16S rDNA dizileri olduğu tespit edilmiştir. A. oroides süngerinde saptanan karasal kaynaklı kültive edilmemiş Roseospirillum sp. bu süngerde ilk defa belirlenmiştir. Literatürde kaydı çok yeni ve henüz hakkında az çalışma olan C. carballoi süngerindeki BLAST sonucunda kültive edilmemiş karasal kaynaklı Cellulomonas sp. ve Actinobacterium olduğu tespit edilmiştir. Fungal çeşitlilik ise yalnızca A. oroides ve P. ficiformis süngerinde belirlenmiştir. A. oroides'den elde edilen 4 adet fungal bandın ise denizel sedimentlerden elde edilen kültive edilmemiş fungus dizileriyle benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. P. ficiformis süngerinden elde edilen fungal bandın BLAST sonucunda ise kaynaklı kültive edilmemiş liken oluşturan karasal Trichopezizella relicina ilk kez bu çalışma ile belirlenmiştir.

Özet (Çeviri)

It has been known that most of the microorganisms that constitutes microbial diversity in marine environments has symbiotic relationship with sponges. The metagenomic approaches in which the genetic material of the microorganism is used due to the inadequacy of conventional cultivation techniques exposing this diversity took an important place in the recent years. In this thesis, microbial diversity of Agelas oroides, Ciocalypta carballoi, Petrosia ficiformis and Sarcotragus foetidus sponges collected from Mediterranean sea has been analyzed by metagenomic methods. Metagenomic DNA was isolated and amplified by PCR with 16S rDNA-V3 and ITS1 primers. 0-50% and 40-70% denaturant concentrations were used for Denaturing Gradient Gel Electrophoresis of 16S rDNA-V3 amplicons and 20 and 14 bacterial bands were isolated respectively. 0-50% denaturant concentration was used for Denaturing Gradient Gel Electrophoresis of ITS1 amplicons and 10 fungal bands were isolated. Totally 44 bands were isolated and sequenced. BLAST analysis were performed to define the nearest sequence match and phylogenetic trees were constructed by using MEGA6 software. Sequences have been registered to GenBank with accession numbers; KY379824-KY379849 for the 16S rDNA-V3 sequences, KY363543-KY363552 for the ITS1 sequences. It was determined that bacterial diversity of A. oroides, C. carballoi, P. ficiformis and S. foetidus was higher than their fungal diversity. Most common Proteobacteria phylum members were identified in all sponges. In this thesis, uncultured Roseospirillum sp. was determined in A. oroides for the first time. Uncultured terrestrial Cellulomonas sp. and Actinobacterium was also determined in C. carballoi. Fungal diversity was determined only in A. oroides and P. ficiformis. Fungal sequences obtained from A. oroides, was found highly similar to uncultured fungal sequences obtained from marine sediments. Uncultured lichen forming terrestrial Trichopezizella relicina from P. ficiformis was identified in this study for the first time.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    589919

    Assesment of genes that play role in phenolic compound degradation in olive orchard microbiome

    Zeytinlik mikrobiyomunda fenolik madde indirgenmesinde rol alan genlerin değerlendirilmesi

    ERTUĞRUL ACAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Genetikİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FERDA SOYER DÖNMEZ

  2. Tez No

    742064

    Sünger hücrelerinin nanoboyuta indirgenmesi için yeni bir yaklaşım

    A new approach to mining foam cells to nanosize

    EMRE BENZER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Mühendislik BilimleriErciyes Üniversitesi

    Nanobilim ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ŞERİFE SAÇMACI

  3. Tez No

    290304

    Foam filter for sludge thickening

    Sünger filtre ile çamur yoğunlaştırma

    ATİLLA ATMACA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    Çevre MühendisliğiMarmara Üniversitesi

    Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ORHAN GÖKYAY

  4. Tez No

    424502

    Sünger benzeri ağ yapılı ZnO fotokatalizör malzeme üretimi ve fotokatalitik veriminin model bir herbisit üzerinde belirlenmesi

    Fabrication of a reticulated ZnO photocatalyst material and determination of it's photocatalytic efficiency on a model herbicide

    MEHMET AKSOY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Mühendislik BilimleriGebze Teknik Üniversitesi

    Malzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. KORAY ÖZTÜRK

  5. Tez No

    424503

    Sünger yapılı ZnO seramik fotokatalizör üretimi ve fotokatalitik aktivite incelemesi

    Production of ZnO ceramic foam catalyst and examining of photocatalytic activity

    MEMNUNE DAĞLAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Bilim ve TeknolojiGebze Teknik Üniversitesi

    Malzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. KORAY ÖZTÜRK

Geri Dön