Investigation of the effect of circadian clock disruption on DNA methylation
Sirkadiyen saat bozulmasının DNA metilasyonu üzerine etkisi
- Tez No: 492626
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NURİ ÖZTÜRK, DOÇ. DR. MÜSLÜM AKGÖZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Moleküler Tıp, Genetik, Onkoloji, Molecular Medicine, Genetics, Oncology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Sirkadiyen saat, organizmaya çeşitli metabolik işlevleri sürdürmede yardımcı olan ~24 saatlik bir zamana sahip biyolojik salınımdır. Hücre döngüsü, DNA tamiri gibi birçok biyokimyasal yollar, sirkadiyen saatinin kontrolü altındadır. Bu temel yolaklardaki anormallikler, tümör gelişimiyle yakından ilişkilidir. Öte yandan, hücresel homeostaz için DNA metilasyonu önemlidir ve anormal metilasyon kanserle yakından ilişkilidir. Buradan yola çıkılarak, tez çalışmasında sirkadiyen saat bozulmasının meme kanserinde biyolojik belirteç olarak kullanılan genlerin metilasyon profilini etkileyip etkilemediği araştırıldı. Bu çalışmada, meme dokusundan kaynaklanan iki epitelyal hücre dizisi kullanılmıştır. MCF10A, farelerde tümör oluşturmayan hücre hattı iken; MDA-MB-231, invaziv meme kanseri hücre hattıdır. Sirkadiyen saat genleri olan Clock, Bmal1, Cryptochrome genleri CRISPR tekniği ile susturuldu. Western blot analizi ile genlerin susturulduğu gösterildi. DNA izolasyonunun ardından, tüm örnekler bisülfit çevrimine tabii tutuldu. Örnekler BRCA1, RASSF1A ve RARβ primerleriyle qPCR'da çoğaltıldı. Metilasyon profilleri, Yüksek çözünürlüklü Erime Analizi (HRM) yöntemi ile analiz edildi. Sirkadiyen saat gen mutantları, ana hücre hatları ile kıyaslandı ve metilasyon profili değişimleri incelendi. Tüm mutantlar, ana hücre hatları ile aynı metilasyon profilini sergilediği gözlemlendi. Clock, Bmal1ve Cryptochrome 1&2 genlerinin ''knockout'' edilmesinin, BRCA1, RASSF1A ve RARβ genlerinin metilasyon durumları üzerine bir etkisi olmadığı bulundu. Kullanılan yabanıl tip hücrelerde biyolojik saatin resetlenmemiş olması sebebi ile her iki fazda bulunan popülasyonlar birbirinin etkisini söndürmektedir. Bu durumun yabanıl hücrelerde ortalama ''knockout'' fenotipi oluşturması nedeniyle yabanıl ve knockout hücre hatları arasındaki metilasyon farkının ayırt edilemediği düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
The circadian clock is a biological oscillator with a ∼24-hour period that helps organisms maintain various metabolic functions. Many biochemical pathways, such as the cell cycle and DNA repair, are controlled by the circadian clock. The abnormalities in these pathways are closely related to tumour development. However, the DNA methylation pathway is also important for cellular homeostasis and its breakdown is closely associated with cancer. Therefore, we investigated whether the disruption of the circadian clock affects the methylation profile of genes used as biomarkers in breast cancer. In this study, we used two breast epithelial cell lines; MCF10A is non-tumorigenic and MDA-MB-231 is invasive. Clock, Bmal1 and Cryptochrome genes were knocked out by the CRISPR technique. The knockout of genes was shown by western blot. After DNA isolation, all samples were subjected to the bisulfite conversion. Samples were amplified with BRCA1, RASSF1A and RARβ primers on qPCR. The methylation profiles were analysed by High-Resolution Melting (HRM). The circadian clock gene mutants were compared to their parental cell lines. The circadian clock mutants exhibited the same methylation status as the parent cells. The knockout of the Clock, Bmal1 and Cryptochrome 1&2 genes was found to have no effect on the methylation status of the BRCA1, RASSF1A and RARβ genes. The populations in both phases quenched each other because the biological clock in the wild-type cells used was not reset. The difference between the wild and knockout cells may not have been distinguished because this created the average knockout phenotype in the wild.
Benzer Tezler
- CLOCK/BMAL1 etkileşimini düzenleyen küçük molekül CLK95'in farmakokinetik özelliklerinin incelenmesi
Investigation of the pharmacokinetic properties of the small molecule CLK95 which regulating CLOCK/BMAL1 interaction
WAAD SATOUF
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Eczacılık ve Farmakolojiİstanbul ÜniversitesiFarmakoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZELİHA PALA KARA
- Periodontal hastalığın patogenezinde sirkadiyen saat genlerinin incelenmesi
Investigation of circadian clock genes in the pathogenesis of periodontal disease
MERVE ÇEVİK
Diş Hekimliği Uzmanlık
Türkçe
2025
Diş Hekimliğiİnönü ÜniversitesiPeriodontoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CÜNEYT ASIM ARAL
DR. ÖĞR. ÜYESİ VESİLE ELİF TOY
- Myelodisplastik Sendrom (MDS) hastalarında sirkadiyen ritmi düzenleyen CLOCK, BMAL1, PER1 ve CRY1 genlerinin ve bu genleri hedefleyen mikroRNA'ların ifade düzeylerinin araştırılması
Investigation of the expression levels of CLOCK, BMAL1, PER1 and CRY1 genes, regulating circadian rhythm and of microRNAs targeting these genes in patients with myelodysplastic syndrome
CEMİLE ERSÖZ
- Sirkadyan ritim genetik ifadesinin kolorektal malignite üzerine etkisinin araştırılması
Investigation of the effect of circadian rhythm gene expression on colorectal malignancy
DÜNYA AVCILAR DİKİLİTAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
BiyolojiKocaeli ÜniversitesiMoleküler Gastroenteroloji ve Hepatoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DR. ÖĞR. ÜYESİ ESRA DUMAN
- Bipolar bozukluk hastalarında sirkadiyen ritim ilişkili CLOCK geni 3111 T/C (rs1801260) ve PER3 geni değişken sayıda ardışık tekrar (VNTR) polimorfizmlerinin yeme davranışı, sirkadiyen ritim örüntüsü ve uyku alışkanlıkları üzerine etkisinin incelenmesi
Investigation of the effects of circadian rhythm–related CLOCK gene 3111 T/C (rs1801260) and PER3 gene variable number tandem repeat (VNTR) polymorphisms on eating behavior, circadian rhythm pattern and sleep habits in patients with bipolar disorder
BURCU YATKIN GÜNEY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2026
GenetikSağlık Bilimleri ÜniversitesiRuh Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ IŞIK BATUHAN ÇAKMAK