Bacillus pumilus Y7 katalaz (katX2) geninin klonlanması
Cloning of catalase (katX2) gene from Bacillus pumilus Y7
- Tez No: 494768
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. YONCA YÜZÜGÜLLÜ KARAKUŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Biyoteknoloji, Biochemistry, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 98
Özet
Bacillus pumilus, mezofilik bir bakteri olup penisilin oksidaz ve/veya peroksidaz gibi ikincil bir aktiviteye sahip hücre içi katalaz enzimi üretmektedir. Bu çalışmada, enzime ait ikincil peroksidaz/oksidaz özelliğinin ayrıntılı olarak irdelenebilmesi için ileride gerçekleştirilmesi planlanan yönlendirilmiş mutasyon çalışmalarında kullanılmak üzere B. pumilus katalazını kodlayan katX2 geninin klonlanması ve Escherichia coli'de üretimi amaçlanmıştır. Restriksiyon enzimlerinden bağımsız gerçekleştirilen klonlama tekniğinde ilk olarak katX2 geni kimerik primerler (5'katX2; 3'katX2) ile bir araya getirilerek megaprimer oluşturulmuş ve sonrasında bu megaprimer ekspresyon vektörüne başarılı bir şekilde aktarılmıştır. Klonlama sırasında genomik DNA konsantrasyonu, primer bağlanma sıcaklık aralığı, polimeraz enzim tipi, vektör:megaprimer oranı, reaksiyon döngü sayısı ve koşulu başta olmak üzere birçok parametre denenerek optimizasyon çalışmaları yürütülmüştür. 510 amino asitten oluşan olgun proteini kodlayan katX2 genini taşıyan pET28aTEV vektörü E. coli BL21 (DE3 star) hücrelerine transforme edilmiştir. Transformantlarda katalaz aktivitesi için en yüksek değer (80 µmol/ml/dk) 30ºC'de, IPTG (0,1 mM) varlığında, 120 rpm çalkalama hızında 24 saat büyütüldüğü ekspresyon koşullarında ulaşılmıştır.
Özet (Çeviri)
A mesophilic soil microorganism Bacillus pumilus produces an intracellular catalase with secondary penicillin oxidase/peroxidase activity. The aim of this study was to clone B. pumilus catalase encoding gene (katX2) and express the gene in Escherichia coli for further investigation of its secondary activity via site directed mutagenesis studies. katX2 gene was first amplified as megaprimer which includes chimeric primers (5'katX2 and 3'katX2) by using restriction free cloning technique and then the megaprimer was successfully inserted into expression vector. During cloning, optimization studies were performed by testing several parameters including genomic DNA concentration, primer binding temperature, polymerase enzyme type, vector:megaprimer rate, number of reaction cycles and conditions. The pET28aTEV vector carrying catalase encoding katX2 gene consisting of 510 amino acids was transformed into E. coli BL21 (DE3 star) cells. Catalase activity of the transformants reached at their highest level (80 µmol/ml/min) when cells were expressed at 30°C and 120 rpm for 24 hours in the presence of IPTG (0.1 mM).
Benzer Tezler
- Bacillus pumilus Y7 tarafından üretilen katalaz enziminin saflaştırılması ve karakterizasyonu
Purification and characterization of catalase enzyme produced by Bacillus pumilus Y7
SEMİH IŞIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyokimyaKocaeli ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YONCA YÜZÜGÜLLÜ KARAKUŞ
- Bacillus pumilus Y7 alkalen proteaz enziminin bentonit ile non-kovalent immobilizasyonu
Non-covalent immobilization of Bacillus pumilus Y7 alkaline protease with bentonite
NECLA CENGİZ ŞEKERLİ
- İzmit ve çevresindeki topraklardan izole edilen Bacillus türlerinin moleküler yöntemlerle tanımlanması ve biyokimyasal karakterizasyonu
Biochemical characterization and identification of Bacillus species isolated from Izmit and surrounding soil by using molecular methods
ARZU SERTEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
MikrobiyolojiKocaeli ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. YONCA YÜZÜGÜLLÜ KARAKUŞ
- Bacillus pumilus (NRLL B-212) ile pektin ve tarımsal atıklardan pektinaz üretiminin incelenmesi
Investigation of pectinase production from pectin and agricultural wastes by Bacillus pumilus (NRLL B-212)
ÖZLEM TEPE
Doktora
Türkçe
2012
Çevre MühendisliğiFırat ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ARZU Y. DURSUN
- Doğal kaynaklardan izole edilen Bacillus pumilus'un 16S rRNA ile moleküler tanımlanması, kitinaz enzimi aktivitesi, endüstriyel uygunluğunun araştırılması
A study on the molecular identification of Bacillus pumilus isolated from natural sources by 16S rRNA, chitinase enzyme activity and its potential industrial bene fitability
YAKUP EMRE KIZILER
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyoteknolojiAtatürk ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NESLİHAN DİKBAŞ