Fındık bitkisinde yaprak açım zamanıyla ilgili transkripsiyon faktörlerinin biyoinformatik araçlarla belirlenmesi
Determination of the transcription faktor in the hazelnut plant with leaf time by bioinformatic tools
- Tez No: 494835
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MUSA KAVAS
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Transkripsiyon faktörleri genlerin transkripsiyonunu düzenlemek için DNA'daki belli bir diziye bağlanabilen proteinlerdir. bHLH, NAC, AP2, MYB ve WRKY transkripsiyon ailelerinin üyeleri, strese tepki ve gelişimin düzenlenmesi de dahil olmak üzere çeşitli biyolojik süreçlerde önemli roller üstlenmektedirler. Birçok ökaryotik canlı bu ailenin proteinlerini taşıyorsa da, AP2, bHLH, NAC, WRKY ve MYB aileinin üyelerinin biyolojik işlevleri her bitkide kapsamlı bir şekilde değerlendirilmemiştir. Bu tez çalışmasında, biyoinformatik araçlar ile AP2, bHLH, NAC, WRKY ve MYB genlerinin in silico analizleri yapılmıştır. Karşılaştırmalı ifade analizi için Palaz, Tombul ve Çakıldak genotipleri kullanılmıştır. In silico karşılaştırmalı genomik araçlar kullanarak 76 AP2, 62 bHLH, 53 NAC, 105 MYB ve 43 WRKY transkripsiyon faktörü ailesine ait protein kodlayan genler belirlenmiştir. In silico analizlerinden sonra filogenetik ağaçlar oluşturulmuştur ve 3D protein homolojisi görselleştirilmiştir. Son olarak AP2, bHLH, NAC, WRKY ve MYB ailesi genlerinin ekspresyon seviyeleri in silico ve qRT-PCR analizi ile değerlendirilmiştir.
Özet (Çeviri)
Transcription factors are proteins that can bind to a particular sequence in DNA to regulate the transcription of genes. Members of the bHLH, NAC, AP2, MYB, and WRKY transcription gene families play crucial roles in a variety of biological processes, including regulation of stress response and development. Although many eukaryotes carry proteins of this family, the biological functions of AP2, bHLH, NAC, WRKY, and MYB family members have not been deeply assessed in plants. In this thesis, in silico analyzes of AP2, bHLH, NAC, WRKY and MYB genes were performed by bioinformatics analyzes. For comparative expression analysis, Palaz, Tombul and Çakıldak genotypes were used. Using in silico comparative genomic tools, genes encoding proteins from 76 AP2, 62 bHLH, 53 NAC, 105 MWB, 43 WRKY transcription factor families have been identified. After in silico analysis phylogenetic trees were created and 3D protein homology visualized. Finally, the expression levels of the AP2, bHLH, NAC, WRKY, and MYB family genes were evaluated by in silico and qRT-PCR analysis.
Benzer Tezler
- Fındıkta destek sulamanın besin elementi konsantrasyonu üzerine etkisi ve besin elementlerinin sezonsal değişimi
The effect of supplemental irrigation on nutritional element concentration and seasonal distribution of nutritional elements in hazelnut
MEHMET AKGÜN
Doktora
Türkçe
2022
ZiraatOrdu ÜniversitesiToprak Bilimi ve Bitki Besleme Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KÜRŞAT KORKMAZ
- Fındık iç zarı değerlemesinde biyolojikproses uygulamaları
Biological process applications for hazelnutskin valorization
ISMAIL MAHMOOD YASEEN AL MAFRACHI
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
BiyomühendislikGiresun ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EVREN ALTIOK
- Fındığın fenolojik, morfolojik ve meyve özellikleri üzerine budama sistemlerinin etkisi
Effect of pruning systems on phenological, morphological and fruit characteristics of hazelnut
HALİT ÇOĞALAN
- Dolgu malzemelerinin bitkilendirilmiş sistemlerde farklı çevresel parametrelere etkilerinin incelenmesi
Investigation of the effects of fillers on various envornmental parameters in planted systems
HASAN ÖZER
Doktora
Türkçe
2024
Çevre MühendisliğiSakarya ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖMER HULUSİ DEDE