Biyofiziksel çalışmalar için DsRed (mCherry) floresan proteinin Escherichia coli'de üretilmesi
Expression of DsRed (mCherry) fluorescence protein in Escherichia coli for biophysical studies
- Tez No: 496569
- Danışmanlar: PROF. DR. İSA GÖKÇE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Biyokimya, Bioengineering, Biotechnology, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Bakteri proteinleri, Genetik-biyokimyasal, Moleküler biyoloji, Rekombinant protein üretimi, Bacterial proteins, Genetics-biochemical, Molecular biology, Recombinant protein production
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gaziosmanpaşa Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Yeni bir biyoteknolojik çalışma alanı olarak görülen floresan proteinlerin keşif ve uygulama serüveni on yıllar öncesine dayanmaktadır. İlk keşfedilen ve ilk defa ekspresyonu yapılan floresan protein olan Yeşil Floresan Protein 'den (GFP) sonra birçok floresan protein bulunmuş ve üretimi yapılmıştır. Birçok araştırma sahasında geniş bir kullanım alanı olan floresan proteinlerin yeni keşfedilenlerinden birisi de Kırmızı Floresan Proteindir (RFP). Bu çalışmamızda daha ileri çalışmalarda kullanmak üzere Kırmızı Floresan Proteinin (RFP) bir varyantı olan DsRed (mCherry) floresan proteininin uygun bir vektör sistemi kullanılarak Escherichia coli ekspresyon sisteminde üretimi hedeflenmiştir. Çalışmamızda ilk olarak mCherry proteinini kodlayan gen biyoinformatik çalışmalar ile tespit edilerek ticari olarak sentezlettirilmiştir. Bir vektör içerisinde gelen gen, farklı restriksiyon enzimleriyle kesilerek izole edilmiş ve sonrasında ligasyon ile oluşturulan pET28mCherry vektörü kullanılarak E coli DH5α hücreleri transformasyona uğratılmıştır. Rekombinant plazmitlerin doğrulama kesimleri yapıldıktan sonra mCherry proteininin sentezlenebilmesi için E. coli BL21 pLysE kompetent hücreleri transformasyona uğratılmıştır. Son olarak da expresyonu gerçekleştirilen mCherry proteini E. coli hücrelerinden afinite kolon kromotografisi kullanılarak saflaştırılmıştır.
Özet (Çeviri)
The discovery and application adventure of fluorescent proteins as a new biotechnological research field goes back decades. After the Green Fluorescent Protein (GFP), which was the first discovered and expressed, a lot of different colour fluorescent proteins has also been found and produced. Red Fluorescent Protein (RFP) which is one of the recently discovered fluorescent proteins that has a very wide usage in research. The aim of this study that producing DsRed (mCherry) fluorescent protein, which is a variant of Red Fluorescent Protein (RFP) in Escherichia coli expression system using a suitable vector for further investigation. In this research, the gene encoding for mCherry fluorescent protein was first modified by bioinformatical tools and then commercially synthesized. The mCherry gene that arrived in a plasmid vector was first isolated by cutting with different restriction enzymes and E. coli DH5α cells were transformed using ligated pET28mCherry vector. The confirmation of the recombinant mCherry plasmids have been made by restriction enzyme digestion. E. coli BL21 pLysE competent cells was transformed using pET28mCherry vector for mCherry protein production. Finally, the expressed mCherry protein was purified from the E. coli cells using affinity column chromatography.
Benzer Tezler
- Biyokaplama yolu ile üriterik JJ stentlerin geliştirilmesi üzerine biyofiziksel çalışmalar
Biophysical studies to enhance ureteric JJ stents utilizing bio-coating
OMAR ALHOMSI
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Biyoteknolojiİstanbul ÜniversitesiBiyofizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. LEMAN YALÇINTEPE GUNEŞTUTAR
DOÇ. DR. BAŞAK GÜNÇER
- BIOPHYSICAL STABILITY EVALUATION OF A VACCINE CANDIDATE CONTAINING PA, EF, AND LF TOXINS AND CONFORMATIONAL STUDIES ON RECOMBINANT PROTECTIVE ANTIGEN
PA, EF VE LF TOKSİNLERİNİ İÇEREN BİR AŞI ADAYININ BİYOFİZİKSEL STABİLİTESİNİN DEĞERLENDİRİLMESİ VE REKOMBİNANT KORUYUCU ANTİJEN ÜZERİNE KONFORMASYONEL ÇALIŞMALAR
ENES FURKAN SAKAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
BiyoteknolojiGebze Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. ELİF DAMLA ARISAN
PROF. DR. ŞEBNEM ERÇELEN CEYLAN
- Bitkilerin biyoelektrik potansiyelini kullanarak ortam sıcaklığını tahmin etmek için yeni bir derin öğrenme modeli
A new deep learning model for predicting ambient temperature using the plants' bioelectric potential
HASRI AKBAR AWAL ROZAQ
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolGazi ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OKTAY YILDIZ
- Kraniyofasiyal kemiğin rejenerasyonu için in situ 3B biyobaskı stratejisinin geliştirilmesi
Development of in situ 3D bioprinting strategy for the regeneration of craniofacial bone
OSAMA HINDI
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyomühendislikAnkara ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. PINAR YILGÖR HURİ
- Adrenokortikal karsinomda kullanılan mitotan ve streptozotosinin model membranlarda moleküler düzeydeki etkilerinin biyofiziksel tekniklerle incelenmesi
Investigation of the effects of mitotan and streptozotocin used in adrenocortical carcinoma on model membranes at the molecular level using biophysical techniques
GAMZE YILDIZ