Geri Dön

Genome Wide Association Studies (GWAS) metodu aracılığı ile kültür (Cicer arietinum L.) ve yabani nohut (C. reticulatum) populasyonlarında danede P, Cu, K, Mo, Se elementleri ile ilişkili DNA markörlerinin saptanması

Identification of DNA markers associated with P, Cu, K, Mo, Se elements in seeds through Genome Wide Association Studies (GWAS) in cultivated (Cicer arietinum L.) and wild (C. reticulatum L.) chickpea

PDF İndir

  1. Tez No: 498552
  2. Yazar: ESİN ÖZKURU
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MUHAMMED BAHATTİN TANYOLAÇ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Genetik, Bioengineering, Biotechnology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Nohut, C.reticulatum, C.arietinum, ilişki haritalama, populasyon yapısı, bağlantı dengesizliği (LD), TASSEL, Chickpea, C.reticulatum, C.arietinum, Association mapping, population structure, Linkage disequilibrium (LD), TASSEL
  7. Yıl: 2018
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 99

Özet

İlişki haritalama metodu, bağlantı dengesizliğine dayanan, kompleks kantitatif özellikler ile ilişkili genlerin belirlenmesinde kullanılan güçlü ve etkili bir metotdur. Bu çalışmada 107 yabani (C. reticulatum) ve 73 kültür (C. arietinum) olmak üzere 180 nohut genotipi kullanılarak genotyping by sequencing (GBS) analizleri gerçekleştirilmiş, analizler sonucunda 121.840 yüksek kalitede SNP markörü saptanmıştır. SNP markörleri kullanılarak STRUCTURE programı aracılığıyla populasyon yapısı analizleri gerçekleştirildiğinde populasyonun 2 (K=2) ana gruba ayrıldığı belirlenmiştir. Saptanan SNP markörleri ile nohut danesindeki P, Cu, K, Mo ve Se elementi konsantrasyonlarına ait fenotipik veriler ile TASSEL (Trait Analysis by Association, Evoluation and Linkage) programı aracılığıyla MLM(Q+K) analizleri gerçekleştirilerek 5 fenotipik özellik ile istatistiksel olarak yüksek ilişkili 26 SNP tanımlanmıştır. Bu çalışma P, Cu, K, Mo ve Se elementlerinde yabani ve kültür nohut çeşitleri kullanılarak gerçekleştirilmiş ilk ilişki haritalama çalışmasıdır ve gelecekteki ilişki haritalama, marker destekli seleksiyon ve ıslah çalışmalarına yardımcı olacaktır.

Özet (Çeviri)

Association mapping analysis is a powerful and efficient linkage disequilibrium (LD) based methodology for identification of marker-trait associations of complex quantitative traits. In this study genotyping by sequencing (GBS) analysis were performed by using a total of 180 individuals including 107 wild (C. reticulatum) and 73 cultivated (C. arietinum) Cicer species and 121.840 high-quality SNPs were identified. Population structure was identified as 2 main groups (K=2) by using STRUCTURE software for identified SNP markers. Marker-trait associations between identified SNPs and P, Cu, K, Mo and Se nutrient concentrations was determined by MLM(Q+K) analysis in Trait Analysis by Association, Evoluation and Linkage (TASSEL) software and statistically significant markers associated with 5 phenotypic traits were identified. This is the first association mapping study with wild and cultivated Cicer species for P, Cu, K, Mo and Se elements. The results of this study suggests that association mapping is a useful methodology for further association mapping, marker assisted selection and plant breeding studies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    512035

    Genome wide association studies (GWAS) metodu aracılığı ile kültür (Cicer arietinum L.) ile yabani nohut (C. reticulatum) populasyonlarında danede Fe, Zn, Ca, Mn, Mg ve besin değeri bileşenleri ile ilişkili DNA markörlerinin saptanması

    Identification of DNA markers associated with Fe, Zn, Ca, Mn, Mg elements and nutritional value components in seeds through genome wide association studies (GWAS) in wild (Cicer reticulatum) and cultivated chickpea (Cicer arietinum L.)

    NUR KARACA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyoteknolojiEge Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUHAMMED BAHATTİN TANYOLAÇ

  2. Tez No

    383013

    Investigation of the impacts of linkage disequilibrium on SNP selection studies

    Tek nükleotit polimorfizm (SNP) seçimi çalışmalarında bağlantı dengesizliğinin etkilerinin incelenmesi

    EKİN KANTAR ÖZÇIRPAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    GenetikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GERHARD WİEHELM WEBER

    DOÇ. DR. CEM İYİGÜN

  3. Tez No

    574491

    Türk fasulye genetik kaynaklarında bazı agronomik özellikler için genomik bölgelerin genom çapı ilişkili çalışmalar (GWAS) ile tanımlanması

    Identification of genomic regions for various agronomic traits in turkish common bean germplasm with genome wide association studies (GWAS)

    MUHAMMAD AZHAR NADEEM

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    ZiraatBolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FAHEEM SHAHZAD BALOCH

  4. Tez No

    442637

    Impact analysis algorithms for biological interaction networks

    Biyolojik etkileşim ağları için etki analizi algoritmaları

    OZAN ÖZIŞIK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolYıldız Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BANU DİRİ

    YRD. DOÇ. DR. RÜŞTÜ MURAT DEMİRER

  5. Tez No

    895444

    Ceviz meyvesinde demir ve mangan konsantrasyonunu belirleyen genlerin GWAS metodu ile belirlenmesi

    Detection of genes determining iron and manganase concentration in walnut fruit by GWAS method

    ÖZGE DOĞANAY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyoteknolojiEge Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. DUYGU ATEŞ

Geri Dön