Genome Wide Association Studies (GWAS) metodu aracılığı ile kültür (Cicer arietinum L.) ve yabani nohut (C. reticulatum) populasyonlarında danede P, Cu, K, Mo, Se elementleri ile ilişkili DNA markörlerinin saptanması
Identification of DNA markers associated with P, Cu, K, Mo, Se elements in seeds through Genome Wide Association Studies (GWAS) in cultivated (Cicer arietinum L.) and wild (C. reticulatum L.) chickpea
- Tez No: 498552
- Danışmanlar: PROF. DR. MUHAMMED BAHATTİN TANYOLAÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Genetik, Bioengineering, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Nohut, C.reticulatum, C.arietinum, ilişki haritalama, populasyon yapısı, bağlantı dengesizliği (LD), TASSEL, Chickpea, C.reticulatum, C.arietinum, Association mapping, population structure, Linkage disequilibrium (LD), TASSEL
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 99
Özet
İlişki haritalama metodu, bağlantı dengesizliğine dayanan, kompleks kantitatif özellikler ile ilişkili genlerin belirlenmesinde kullanılan güçlü ve etkili bir metotdur. Bu çalışmada 107 yabani (C. reticulatum) ve 73 kültür (C. arietinum) olmak üzere 180 nohut genotipi kullanılarak genotyping by sequencing (GBS) analizleri gerçekleştirilmiş, analizler sonucunda 121.840 yüksek kalitede SNP markörü saptanmıştır. SNP markörleri kullanılarak STRUCTURE programı aracılığıyla populasyon yapısı analizleri gerçekleştirildiğinde populasyonun 2 (K=2) ana gruba ayrıldığı belirlenmiştir. Saptanan SNP markörleri ile nohut danesindeki P, Cu, K, Mo ve Se elementi konsantrasyonlarına ait fenotipik veriler ile TASSEL (Trait Analysis by Association, Evoluation and Linkage) programı aracılığıyla MLM(Q+K) analizleri gerçekleştirilerek 5 fenotipik özellik ile istatistiksel olarak yüksek ilişkili 26 SNP tanımlanmıştır. Bu çalışma P, Cu, K, Mo ve Se elementlerinde yabani ve kültür nohut çeşitleri kullanılarak gerçekleştirilmiş ilk ilişki haritalama çalışmasıdır ve gelecekteki ilişki haritalama, marker destekli seleksiyon ve ıslah çalışmalarına yardımcı olacaktır.
Özet (Çeviri)
Association mapping analysis is a powerful and efficient linkage disequilibrium (LD) based methodology for identification of marker-trait associations of complex quantitative traits. In this study genotyping by sequencing (GBS) analysis were performed by using a total of 180 individuals including 107 wild (C. reticulatum) and 73 cultivated (C. arietinum) Cicer species and 121.840 high-quality SNPs were identified. Population structure was identified as 2 main groups (K=2) by using STRUCTURE software for identified SNP markers. Marker-trait associations between identified SNPs and P, Cu, K, Mo and Se nutrient concentrations was determined by MLM(Q+K) analysis in Trait Analysis by Association, Evoluation and Linkage (TASSEL) software and statistically significant markers associated with 5 phenotypic traits were identified. This is the first association mapping study with wild and cultivated Cicer species for P, Cu, K, Mo and Se elements. The results of this study suggests that association mapping is a useful methodology for further association mapping, marker assisted selection and plant breeding studies.
Benzer Tezler
- Genome wide association studies (GWAS) metodu aracılığı ile kültür (Cicer arietinum L.) ile yabani nohut (C. reticulatum) populasyonlarında danede Fe, Zn, Ca, Mn, Mg ve besin değeri bileşenleri ile ilişkili DNA markörlerinin saptanması
Identification of DNA markers associated with Fe, Zn, Ca, Mn, Mg elements and nutritional value components in seeds through genome wide association studies (GWAS) in wild (Cicer reticulatum) and cultivated chickpea (Cicer arietinum L.)
NUR KARACA
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyoteknolojiEge ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHAMMED BAHATTİN TANYOLAÇ
- Investigation of the impacts of linkage disequilibrium on SNP selection studies
Tek nükleotit polimorfizm (SNP) seçimi çalışmalarında bağlantı dengesizliğinin etkilerinin incelenmesi
EKİN KANTAR ÖZÇIRPAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GERHARD WİEHELM WEBER
DOÇ. DR. CEM İYİGÜN
- Türk fasulye genetik kaynaklarında bazı agronomik özellikler için genomik bölgelerin genom çapı ilişkili çalışmalar (GWAS) ile tanımlanması
Identification of genomic regions for various agronomic traits in turkish common bean germplasm with genome wide association studies (GWAS)
MUHAMMAD AZHAR NADEEM
Doktora
Türkçe
2019
ZiraatBolu Abant İzzet Baysal ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FAHEEM SHAHZAD BALOCH
- Impact analysis algorithms for biological interaction networks
Biyolojik etkileşim ağları için etki analizi algoritmaları
OZAN ÖZIŞIK
Doktora
İngilizce
2016
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolYıldız Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BANU DİRİ
YRD. DOÇ. DR. RÜŞTÜ MURAT DEMİRER
- Ceviz meyvesinde demir ve mangan konsantrasyonunu belirleyen genlerin GWAS metodu ile belirlenmesi
Detection of genes determining iron and manganase concentration in walnut fruit by GWAS method
ÖZGE DOĞANAY