Investigation and molecular characterization of barley yellow dwarf viruses in wheat fields (Triticum aestivum L.) of Diyarbakir province by multiplex RT-PCR
Diyarbakır ili buğday (Triticum aestivum L.) tarlalarında arpa sarı cücelik virüslerinin multipleks RT-PCR ile araştırılması ve moleküler karakterizasyonu
- Tez No: 503402
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ MUSTAFA USTA, PROF. DR. EMAD M. AL- MAAROOF
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 100
Özet
Diyarbakır ili buğday alanlarında Arpa sarı cücelik virüslerini (Barley/Cereal yellow dwarf viruses: BYDV-PAV, MAV, SGV, RMV ve CYDV-RPV) belirlemek amacı ile 2016 yılında survey çalışmaları yürütülmüştür. BYDV (PAV, MAV, SGV, RMV) ve CYDV-RPV'nin varlığını araştırmak için multipleks RT-PCR ve RT-PCR yöntemleri kullanılmıştır. Diyarbakır ilinde varlığı tespit edilen virüslerde BYDVPAV'ın kılıf protein geninin moleküler karakterizasyonuda da gerçekleştirilmiştir. Bölgedeki buğday tarlalarından rastgele 365 adet buğday yaprak örneği toplanmıştır. Testlenen 365 buğday örneğinden 13' ünün BYDV-PAV (% 3.5), 9'unun BYDV-SGV (% 2.4), 5'inin CYDV-RPV (% 1.3) ile bulaşık oldukları tespit edilmiştir. Tespit edilen BYDV-PAV virüs türünden bir izolat rasgele seçilerek kılıf protein geni karakterize edilmiştir. BYDV-PAV (Gen bankası Ulaşım No. KX774424) virüsünün kılıf protein geninin tamamı klonlanarak üniversal primerler ile DNA dizilemesi gerçekleştirilmiştir. BYDV-PAV Diyarbakır izolatının dünyadaki 21 farklı izolatın nükleik asitleri ile % 81.43-98.2 % arasında değişen oranlarda benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. Bu çalışma ile BYDV-PAV, BYDV-SGV, CYDV-RPV virüsleri Diyarbakır ilindeki buğday alanlarında ilk defa rapor edilmiştir
Özet (Çeviri)
In order to ascertain the presence of Barley/Cereal yellow dwarf viruses (BYDV-PAV, MAV, SGV, RMV, and CYDV-RPV), in wheat fields, a survey was conducted in the year of 2016 in Diyarbakir province. Presence of BYDV viruses (PAV, MAV, SGV, RMV, and CYDV-RPV) was investigated by using multiplex RT-PCR and RT-PCR methods. A total of 365 wheat leaf samples were randomly collected from wheat fields of Diyarbakir province. As a result of tests the wheat samples were found to be infected by BYDV-PAV, BYDV-SGV and CYDV-RPV with the percentage of (3.5 %), (2.4 %) and (1.3 %), respectively. Detected mix infections of BYDVPAV+BYDV-SGV, BYDV-PAV+ CYDV-RPV, BYDV-SGV+ CYDV–RPV, and BYDV-PAV+ BYDV-SGV+ CYDV-RPV were 2.2 %, 0.8 %, 0.8 %, and 0.8 % respectively. A virus isolate was selected randomly and its coat protein gene was characterized. Complete coat protein gene of BYDV-PAV virus (Genbank accession no. KX774424) was cloned and sequenced with the universal primers. BYDV-PAV Diyarbakir isolate was compared with 21 isolates from other regions in the world. The nucleotide sequence of BYDV-PAV Diyarbakir isolate was showed 81.43 % - 98.3 % similarities with the world isolates. The present study is the first report for documentation of BYDV-PAV, BYDVSGV and CYDV-RPV viruses in wheat fields in Diyarbakir province in Turkey
Benzer Tezler
- Mardin ili buğday üretim alanlarındaki arpa sarı cücelik virüs (Barley yellow dwarf viruses; BYDVs)'lerinin multipleks rt-pcr yöntemi ile araştırılması ve bazı virüs izolatlarının moleküler karakterizasyonları
Molecular characterizations of some virus isolates and investigation of Barley yellow dwarf viruses (BYDVs) in the wheat production areas in Mardin province by multiplex rt-pcr
ABDULSELAM KARAOZAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MUSTAFA USTA
- Ege Bölgesi buğday üretim alanlarında BYDV (Barley Yellow Dwarf Virus)'nın bulunma durumunun ve moleküler özelliklerinin belirlenmesi üzerinde araştırmalar
The investigations on the detection and molecular characterization of BYDV (Barley Yellow Dwarf Virus) on wheat production areas in the Aegean Region of Turkey
DENİZ ÇAPKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
ZiraatEge ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. İSMAİL CAN PAYLAN
- Agrobacterium tumefaciens enfeksiyonu ile ilişkili konak faktörlerin arpa (Hordeum vulgare L.) bitkilerinde araştırılması
Investigation of host factors associated with Agrobacterium tumefaciens infection in barley (Hordeum vulgare L.) plants
NADIA EL SARRAF
Doktora
Türkçe
2018
Genetikİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE FİLİZ GÜREL
- İzmir, Manisa ve Denizli illerinde arpa yaprak lekesi hastalığı etmeni Rhynchosporium commune'nin yaygınlığı, tanılanması, moleküler karakterizasyonu ve mücadelesi üzerine araştırmalar
Investigations of prevalence, identification, molecular characterization and disease management of barley leaf blotch Rhynchosporium commune in İzmir, Manisa and Denizli barley fields
ŞERİFE NERGİS BAYAR