A study for the detection of known and novel mutations in the cyctic fibrosis transmembrane conductance regulator gene
Sistik fibroz transmembran regülatör genindeki yeni ve bilinen mutasyonların tanımlanması
- Tez No: 50498
- Danışmanlar: PROF. DR. ASLI TOLUN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 1996
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 90
Özet
Otozomal çekinik karakterde olan sistik fibrozis (CF) en ciddi ve yaygın kalıtsal hastalıklardan biridir. Hastalık, sistik fibroz transmembran regülatör proteinini (CFTR) kodlayan gendeki mutasyonlardan kaynaklanmaktadır. Yirmiyedi eksondan oluşan gen bölgesi 1480 amino asidin oluşturduğu bir iyon kanalı proteinini kodlamaktadır. Gendeki en yaygın mutasyon olan AF508 dünya genelinde taranmış olan 30.000 beyaz ırk kromozomunun yüzde 67'sinde gözlenmiştir. Bu güne kadar hastalığa neden olan 600'den fazla mutasyon tanımlanmıştır, ancak Türk toplumundaki mutasyonlann tamamı henüz bilinmemektedir. En yaygın mutasyon olan AF508'in Türk hastalanndaki sıklığının az olduğu bilinmektedir. Bu çalışmada bu mutasyonun sıklığı yüzde 13 olarak belirlenmiştir. Mutasyonlann tümünü belirlemek için sistematik bir çalışma başlattık. İlk olarak, komşu ülkelerin toplumlarında sık görülen bazı mutasyonlar (Q220X, L346P, N1303K ve W1282X) için hastalan taradık. Bu mutasyonlann hastalanmızda yokluğu ya da sıklığının azlığı genin tüm eksonlannın mutasyon için taranmasının daha etkin bir strateji olacağım düşündürdü. Çalışma için denature edici gradientli gel elektroforezi (DGGE) tekniği seçildi. Altmışiki hastada genin ilk ve son eksonlan dışındaki tüm kodlama bölgesinde baz değişiklikleri araştınldı. Daha sonra DNA dizi analizi ile bu değişikliklerin moleküler temeli (mutasyon ya da polimofizm olduklan) kolayca belirlenebilecektir. Baz değişikliklerinin gen kodlama bölgesinde rastgele bir dağılım gösterdiğj ve görülme sıklıklarının nispeten düşük oranlarda olduğu ortaya çıkmıştır. Dolayısı ile toplumda AF508'in dışında çok sık görülen bir mutasyonun var olmadığı anlaşılmıştır. Türk toplumunun çok heterojen bir yapı gösterdiği bu çalışma ile de kanıtlanmış olmaktadır.
Özet (Çeviri)
Cystic fibrosis (CF) is one of the most common and severe autosomal recessive genetic disorders worldwide. It results from mutations in the gene encoding the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR). The gene has 27 exons which encode a 1480 amino acid transmembrane ion channel protein. The major CF mutation AF508 accounts for about 67% of the 30000 CF Caucasian chromosomes screened worldwide. Moreover, more than 600 other mutations have been identified, each with a frequency of at the most a few percent. The mutations responsible for CF in the Turkish population are not yet known. In the Turkish patients, AF508 is found at a significantly lower frequency (13%), which indicates that CF is caused predominantly by other mutations. A systematic study was initiated to characterize the CF mutations. First, we screened for four mutations which are frequent in neighboring geographical areas, and found them to be infrequent. It became obvious that, an efficient, quick and reliable mutation screening method which would cover all of the coding region was needed. We applied to 124 CF chromosomes the DGGE technique to analyze all of the gene except for the first and last exons with the purpose of detecting any variants in the gene. These variants would later be subjected to DNA sequence analysis to determine mutations or polymorphisms which they represent. Our previous hypothesis that the profile of CF mutations in the Turkish population shows great heterogeneity is consistent with the data obtained. As expected, several mutations and variants were identified which were distributed randomly throughout 14 exons in the coding regions of the CFTR gene, each of which would account for a relatively small fraction of the CF mutations.
Benzer Tezler
- Liquid biopsy analysis in Glioma: Pre-operative detection of IDH1, IDH2 and tert gene mutations in circulating free tumor DNA
Glıoma'da likit biyopsi analizi: Kanda dokaşan serbest tümör DNA'sındaki IDH1, IDH2 ve tert gen mutasyonlarının pre-operatif tespiti
MAİDE NUR PAKSOY
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
GenetikBahçeşehir ÜniversitesiSağlık Bilimleri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TİMUÇİN AVŞAR
- Pompe hastalığı tanılı olgularda glukozidaz alfa asit gen mutasyonlarının incelenmesi
Investigation of glucosidase alpha acid gene mutations in patients with pompe disease
ÜMMÜ RANA GÖKMEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
GenetikAkdeniz ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE ESRA MANGUOĞLU
- Disease gene identification using linkage and exome analyses
Bağlantı ve ekzom analizleri kullanarak hastalık geni keşfi
İLKER KARACAN
Doktora
İngilizce
2019
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Spectrum of cystic fibrosis mutations and haplotype analysis in Turkish CF families
Türk CF ailelerinde kistik fibroz mutasyonlarının spektrumu ve haploit analizi
TUNCER ONAY
- Türkiye'deki hiperkolesterolemi ve propiyonik asidemi hastalıklarına neden olan genetik patolojilerin belirlenmesi ve özgül mutasyon çeşitlerinin gen ifadelerinin araştırılması
Identification of genetic pathologies which cause hyper cholesterolaemia and propionic acidemia diseases in Turkey and investigation of gene expressions of spesific mutation types
MUSTAFA MERT SÖZEN