Genomic organization of the ATM gene
ATM geninin organizasyonu
- Tez No: 50540
- Danışmanlar: PROF.DR. ASLIHAN TOLUN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Ataksi telenjektazi, Genler, Neoplazmlar, Ataxia telangiectasia, Genes, Neoplasms
- Yıl: 1996
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
VI ÖZET Otozomal çekinik bir hastalık olan ataksi-telanjektezi (A-T) toplumda az görülen ve çeşitli semptomları olan rjörolojilrbTri'^sTairktîr. A-T hastaları belli tip kanserler için yüksek risk grubu oluşturmaktadırlar. A-T taşıyıcılarınında kanser olma riskinin normal topluma göre dört kat daha fazla olduğu, ayrıca A-T taşıyıcısı olan kadınlarının meme kanserine yakalanma riskinin normalden beş kat fazla olduğu düşünülmektedir. Hastalığa yol açan gen olan ATM yeni bulunmuştur. Yayınlanmış olan komplementer DNA (cDNA) dizisi, RNA örneği mevcut hastalarda mutasyon taramasını yapılabilir kılmıştır. Ancak birçok durumda A-T hastalarının yalnızca genomik DNA örnekleri mevcuttur. Bu durum ATM geninin taşıyıcılarda kansere yol açan mekanizmasını çalışmak istiyen gruplar için de bir zorluk teşkil etmektedir. Bu çalışmada genomik DNA örneğinden mutasyon taraması yapılabilmesi için ATM geninin organizasyonu belirlenmiştir. ATM gen dizisinin tümünü içeren bir YAC DNA'sı kullanılarak hem Expand Long Template PCR sistemi, hem de standart PCR sistemi ile ATM geninin çeşitli bölgeleri çoğaltılarak dizi analizi ile bu bölgelerin ekson-intron sınırları belirlenmiştir. Belirlenen intronik diziler kullanılarak her eksonu ve ona komşu intronik dizileri çoğaltmak için primer dizileri dizayn edilmiştir. YAC DNA'sından belirlenen bu diziler genomik DNA kullanılarak doğrulanmıştır. ATM geninin 72 kilobaz uzunluğunda olup 37 eksonu bulunduğu gösterilmiştir. Dizi analizlerinin sonucunda D11S2179 markörünün intron 34'te olduğu saptanmıştır. ileride yapılacak olan mutasyon çalışmalarında kullanılmak üzere üç tane çoklu ekson amplifikasyon sistemi geliştirilmiştir. Bu sistemle ekson 2, 23, 29 ve 33; ekson 2, 11, 19, 26 ve 33; ile ekson 10, 22, 24 ve 34 tek reaksiyonla çoğaltılabilmektedir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT Ataxia-telangiectasia (A-T) is inherited in a autosomal recessive fashion, and is a rare neurological disorder with many diverse symptoms. The patients are under high risk for certain cancers. Also it is estimated that the heterozygotes have a fourfold increased predisposition to cancer when compared with the general population, and that heterozygote women have a fivefold increased risk of predisposition to breast cancer. The gene leading to the disorder has been recently cloned and designated as ataxia-telangiectasia mutated (ATM). The published cDNA sequence facilitated mutation screening for patients whose RNA samples were available. This is a handicap when only the genomic DNA of A-T patients are available, as in most cases. The same concern is true for research groups who would like to study the mechanisms by which the ATM gene renders certain people predisposed to cancer. To facilitate rapid screening of genomic DNA for mutations, the genomic organization of the ATM gene was analyzed in this study. A YAC clone which contained the whole genomic sequence of the ATM gene was used as template both in Expand Long Template PCR system and in standard PCR. The amplified segments were used as template in cycle sequencing reactions to identify the exon-intron boundaries. It was then possible to design intronic primer pairs to amplify each exon individually. Verification of the sequences of both the exons and the flanking regions were done by using genomic DNA as template. A total of 37 exons were identified in the ATM gene and shown to span 72 kb. By sequence analysis the marker D1 1 S2179 was localized to intron 34. To be used in further studies in mutation screening, three multiplex reactions were designed that amplified: Exons 2, 23, 29 and 33; exons 2, 11, 19, 26 and 33; and exons 10, 22, 24 and 34.
Benzer Tezler
- Molecular investigation of CHEK2 variants of unknown significance (VUS) found by genetic screening of breast and colorectal cancer patients and healthy individuals in Turkish population
Türk popülasyonunda meme ve kolorektal kanser hastaları ile sağlıklı bireylerde genetik tarama ile saptanan klinik önemi bilinmeyen CHEK2 varyantlarının moleküler incelemesi
NİSAN DENİZCE CAN
Doktora
İngilizce
2026
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Plum pox virus-türkiye izolatlarının tüm genom analizleri ve filogenetik ilişkilerinin belirlenmesi
Complete genome analysis and phylogenetic relationship of turkish isolates of Plum pox virus
AHMET CEYLAN
Doktora
Türkçe
2017
GenetikErciyes ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MİKAİL AKBULUT
YRD. DOÇ. DR. KAHRAMAN GÜRCAN
- Differential expression of proteins in active and inactive phases of Behçet's syndrome
Behçet sendromunun aktif ve inaktif fazlarında farklı protein ekspresyonları
KIYMET ASLI KİREÇTEPE AYDIN
Doktora
İngilizce
2019
Tıbbi Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- “Subtractive”hibridizasyon cDNA kütüphanesinden elde edilen kalbe özgü yeni genlerin genomik organizasyonlarının belirlenmesi ve fonksiyonel analizleri
Prediction of genomic organization and functional analysis of the heart specific novel genes isolated from the subtractive hybridization cDNA library
BİLGE ŞADAN ÖZSAİT SELÇUK
- Kanser tedavisinde kullanılan kimyasal ajanlara karşı dirençte rol oynayan genomik dengesizliklerin belirlenmesi
The detection of the genomic imbalances associated with the emergence of a resistance to chemical agents used in cancer therapy
HAYRİYE VERDA ERKIZAN
Doktora
Türkçe
2004
Tıbbi BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. OĞUZ ALTUNGÖZ