Genomic organization of the ATM gene
ATM geninin organizasyonu
- Tez No: 50540
- Danışmanlar: PROF.DR. ASLIHAN TOLUN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 1996
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 55
Özet
VI ÖZET Otozomal çekinik bir hastalık olan ataksi-telanjektezi (A-T) toplumda az görülen ve çeşitli semptomları olan rjörolojilrbTri'^sTairktîr. A-T hastaları belli tip kanserler için yüksek risk grubu oluşturmaktadırlar. A-T taşıyıcılarınında kanser olma riskinin normal topluma göre dört kat daha fazla olduğu, ayrıca A-T taşıyıcısı olan kadınlarının meme kanserine yakalanma riskinin normalden beş kat fazla olduğu düşünülmektedir. Hastalığa yol açan gen olan ATM yeni bulunmuştur. Yayınlanmış olan komplementer DNA (cDNA) dizisi, RNA örneği mevcut hastalarda mutasyon taramasını yapılabilir kılmıştır. Ancak birçok durumda A-T hastalarının yalnızca genomik DNA örnekleri mevcuttur. Bu durum ATM geninin taşıyıcılarda kansere yol açan mekanizmasını çalışmak istiyen gruplar için de bir zorluk teşkil etmektedir. Bu çalışmada genomik DNA örneğinden mutasyon taraması yapılabilmesi için ATM geninin organizasyonu belirlenmiştir. ATM gen dizisinin tümünü içeren bir YAC DNA'sı kullanılarak hem Expand Long Template PCR sistemi, hem de standart PCR sistemi ile ATM geninin çeşitli bölgeleri çoğaltılarak dizi analizi ile bu bölgelerin ekson-intron sınırları belirlenmiştir. Belirlenen intronik diziler kullanılarak her eksonu ve ona komşu intronik dizileri çoğaltmak için primer dizileri dizayn edilmiştir. YAC DNA'sından belirlenen bu diziler genomik DNA kullanılarak doğrulanmıştır. ATM geninin 72 kilobaz uzunluğunda olup 37 eksonu bulunduğu gösterilmiştir. Dizi analizlerinin sonucunda D11S2179 markörünün intron 34'te olduğu saptanmıştır. ileride yapılacak olan mutasyon çalışmalarında kullanılmak üzere üç tane çoklu ekson amplifikasyon sistemi geliştirilmiştir. Bu sistemle ekson 2, 23, 29 ve 33; ekson 2, 11, 19, 26 ve 33; ile ekson 10, 22, 24 ve 34 tek reaksiyonla çoğaltılabilmektedir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT Ataxia-telangiectasia (A-T) is inherited in a autosomal recessive fashion, and is a rare neurological disorder with many diverse symptoms. The patients are under high risk for certain cancers. Also it is estimated that the heterozygotes have a fourfold increased predisposition to cancer when compared with the general population, and that heterozygote women have a fivefold increased risk of predisposition to breast cancer. The gene leading to the disorder has been recently cloned and designated as ataxia-telangiectasia mutated (ATM). The published cDNA sequence facilitated mutation screening for patients whose RNA samples were available. This is a handicap when only the genomic DNA of A-T patients are available, as in most cases. The same concern is true for research groups who would like to study the mechanisms by which the ATM gene renders certain people predisposed to cancer. To facilitate rapid screening of genomic DNA for mutations, the genomic organization of the ATM gene was analyzed in this study. A YAC clone which contained the whole genomic sequence of the ATM gene was used as template both in Expand Long Template PCR system and in standard PCR. The amplified segments were used as template in cycle sequencing reactions to identify the exon-intron boundaries. It was then possible to design intronic primer pairs to amplify each exon individually. Verification of the sequences of both the exons and the flanking regions were done by using genomic DNA as template. A total of 37 exons were identified in the ATM gene and shown to span 72 kb. By sequence analysis the marker D1 1 S2179 was localized to intron 34. To be used in further studies in mutation screening, three multiplex reactions were designed that amplified: Exons 2, 23, 29 and 33; exons 2, 11, 19, 26 and 33; and exons 10, 22, 24 and 34.
Benzer Tezler
- 'Subtractive' hibridizasyon cDNA kütüphanesinden elde edilen kalbe özgü yeni genlerin genomik organizasyonlarının belirlenmesi ve fonksiyonel analizleri
Prediction of genomic organization and functional analysis of the heart specific novel genes isolated from the subtractive hybridization cDNA library
BİLGE ŞADAN ÖZSAİT SELÇUK
- Bruton hastalığında BTK gen mutasyonlarının protein fonksiyonlarına etkisi ve genotip ve fenotip ilişkisi
The effect of BTK gene mutations on protein function and relation with genotype and phenotype at Bruton disease
SONA YAGUBOVA
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyoteknolojiEge ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AFİG BERDELİ
- Application of virus induced gene silencing of Brachypodium distachyon, a model organism for crops
Tahıllar için yeni model organizma olan, Brachypodium distachyon' da virüs indüklemesi yoluyla gen susturulması uygulaması
TURAN DEMİRCAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHİNUR S. AKKAYA
- Sağlıklı kişiler ve hemodiyaliz olgularında HGV RNA prevalansı
Başlık çevirisi yok
NERMİN ÖZTÜRK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1999
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıUludağ ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. REŞİT MISTIK
- Molecular cloning and characterization of the common 1b subtype of HCV from Turkey
Türkiye'de baskın olarak görünen hepatit C virüsü 1b alt tipinin moleküler klonlanması ve karakterizasyonu
ASLI ÖZTAN
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK