Application of virus induced gene silencing of Brachypodium distachyon, a model organism for crops
Tahıllar için yeni model organizma olan, Brachypodium distachyon' da virüs indüklemesi yoluyla gen susturulması uygulaması
- Tez No: 255645
- Danışmanlar: PROF. DR. MAHİNUR S. AKKAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Poaceae, Tahıllar, Poaceae, Cereals
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Tahıl ailesi tarımdaki kullanım alanlarının yoğunluğu sebebiyle bitki alemindeki en önemli ailedir. Bu zamana kadar, arpa ve buğdayın uygun olmayan özellikleri, tahıl ailesi üzerinde yapılmak istenen moleküler biyoloji çalışmalarını hep sınırlamış ve tahıl ailesine üye olan Brachypodium distachyon bu aile için model organizma olarak önem kazanmaya başlamıştır. Bu organizma, Arabidopsis thaliana, Oryza sativa, ve Zea mays gibi model organizma olarak kullanılan bitkilerle şu benzer özellikleri taşır: küçük genom, küçük fiziksel boyut, kısa yaşam döngüsü, çok emek istemeyen büyüme koşulu. Özellikle çeltik ve tahıl ailesinin diğer üyeleri arasındaki genetik mesafenin büyüklüğü anlaşıldıktan sonra, kompleks genoma sahip tahıl ailesinin incelenmesinde bu organizma anahtar bir bitki olmuştur. Virüs indüklenmesi yoluyla gen susturulması metodu RNA müdahalesini kullanan, hızlı ve etkili bir gen fonksiyonu kaybı yöntemidir (Holzberg et al. 2002, Liu et al. 2008). Barley stripe mosaic virus (BSMV) tek çenekli bitkilerin genlerini susturmak için kullanılan en etkili vektördür. Bu virus üçlü RNA genomuna sahip olup arpa, buğday, mısır ve yulafı enfekte edebilmektedir (Holzberg et al. 2002, Scofield 2005). Bu tezde BSMV aracılığıyla VIGS metodu kullanılıp Brachypodium distachyon bitkisinin Phytoene desaturase (PDS) geni susturulmuştur. Buna ek olarak Green flourescence protein (GFP) geni taşıyan BSMV enfeksiyonu sonrası, GFP ifadesi floresan mikroskopu altında incelenmiştir. Bildiğimiz kadarı ile, bu çalışma Brachypodium distachyon'da BSMV aracılığı ile VIGS metodu kullanılıp gen susuturulabildiğini gösteren ilk rapordur. VIGS'in Brachypodium distachyon bitkisinde başarısı tahıl ailesi üyelerinin genlerinin fonksiyon çalışmalarında yeni ve uygun bir yöntem olarak kullanılmasını sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
Grass family is most important family in plant kingdom due to intensive usage of crops in agriculture. To date, molecular biology researches on grass family have had limitations because of inappropriate characteristics of barley and wheat to conduct experiments on them. Brachypodium distachyon that belongs to grass family has recently emerged as a model organism for crops. It shares common characteristics for a model plant due to its small genome, small physical plant size, a short lifecycle, and less demanding growth requirements; as other model organisms; Arabidopsis thaliana, Oryza sativa, and Zea mays (Draper et al. 2001). Especially after appreciating, the genetic distance of O. sativa to grasses (Garvin et al. 2008), it become a key organism to understand complicated genomic organization of agriculturally valuable grasses. Virus-induced gene silencing (VIGS) is one of the revolutionary methods allowing a rapid and effective loss of a gene function through RNA interference (Holzberg et al. 2002; Liu et al. 2008). Barley stripe mosaic virus (BSMV) is still the most effective vector used in monocot gene silencing. It has a tripartite RNA genome having a wide range of infection ability for monocots including barley, oats, wheat, and maize as host (Holzberg et al. 2002; Scofield 2005). In this thesis, Phytoene desaturase (PDS) gene of Brachypodium distachyon was silenced via BSMV mediated VIGS. Additionally, with Green fluorescence protein (GFP) bearing BSMV transcripts, GFP expression was observed under fluorescent microscope. To our best knowledge, this is the first report demonstrating a VIGS via BSMV in Brachypodium distachyon. The success of virus induced gene silencing method in Brachypodium distachyon, will be a new convenient tool for evaluating functions of crop genes in this model organism.
Benzer Tezler
- Virüs aracılı gen susturma (VIGS) yöntemiyle haşhaş süspansiyon kültüründe alkaloid üretiminin modifikasyonu
Modification of alcaloide production in opium poppy suspension culture by virus induced gene silencing (VIGS) method
DENİZ ECE ŞALLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyoteknolojiYıldız Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMİHA ERİŞEN
DR. DENİZ KÖM
- ?Arpa'da (Hordeum vulgare L.) virüs aracılığıyla gen susturulması çalışmaları?
?Virus-induced gene silencing studies in barley(Hordeum vulgare L.)?
ELİF KARLIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
Biyoteknolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FİLİZ GÜREL
- RNAi aracılı gen susturma yönteminin bitki-patojen etkileşiminde kullanımı: PTTG_02001 efektör adayının fonksiyonel analizi
Use of RNAi-mediated gene silencing in plant-pathogene interaction: Functional analysis of PTTG_02001 effector candidate
NESLİHAN YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
GenetikTrakya ÜniversitesiBiyoteknoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMRA HASANÇEBİ
- Gα proteini susturulmuş arpa bitkilerinde fizyolojik ve moleküler analizler
Physiological and molecular analyses of plants silenced for Gα protein in barley
BURCU KARAHALİL
Doktora
Türkçe
2018
Genetikİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE FİLİZ GÜREL
- Hepatit B virusu ile enfekte olan hastalarda klinik gidiş ile TNF?, IFN?, IL-10, IL-17 ve IL-18 gen polimorfizimleri arasındaki ilişkinin belirlenmesi
The determination of relation between TNF?, IFN?, IL-10, IL-17, IL-18 gene polymorphisms and clinical course of patient which infected with hepatitis b virus.
ESRA NURLU TEMEL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSüleyman Demirel ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. F. ZEYNEP AKÇAM