Designing small molecule inhibitor screening through bh3 profiling
Bh3 profilleme yöntemi ile küçük molekül inhibitor tarama sisteminin dizayn edilmesi
- Tez No: 507375
- Danışmanlar: PROF. DR. SELMA HÜVEYDA BAŞAĞA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyomühendislik, Biochemistry, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 66
Özet
Programlanmış hücre ölümü mekanimanızması hücre iç ortamında normal dengenin korunması için oldukça kritik bir mekanizma olarak bilinmektedir. Mitokondri aracılığı ile düzenlenen hücre ölümü mekanizması BCL-2 protein ailesi tarafından kontrol edilmektedir. Bu mekanizmada gerçekleşen anormallikler hücre ölümünü yöneten sinyallerlerde ciddi deformasyonlara sebep olmaktadır. Hücrenin zarar gördüğü durumlarda, mekanizmadaki deformasyon kanser hücrelerinin hayatta kalmasını tetiklemektedir. Sadece BH3 bölgesine sahip BCL-2 proteinlerinin, mitokondriyal hücre ölümüne entegrasyonu antiapoptotic BCL-2 protein etkileşimi ile gerçekleşmektedir. Tüm anti-apoptotik proteinler BH3 bölgesine sahiptir ve bu yüzden BH3 profilleme yöntemi apoptotik proteinlerin bloklanmasını gözlemlemek için oldukça etkili bir yöntemdir. Miyeloid hücre lösemisi proteini MCL-1 geni tarafından kodlanır ve BCL-2 ailesinin antiapoptotik bir üyesidir. MCL-1 kanser hücrelerinin sağ kalımı için önemli olup, daha çok üretilmesi, kanser hücrelerinde kemoterapik ilaçlara karşı direnç geliştirmektedir. Tüm bulgular MCL-1 proteininin hücre ölümünde yerinin önemli olduğunu belirtmektedir. Amacımız, BH3 profilleme metodu çerçevesinde, otomatik pipetleme yardımıyla küçük molekül inhibitörü tarama sistemidizayn ederek hücre ölümü cevabını/eğilimini indüklemektir. Bu amaç doğrultusunda, otomatik pipetleme cihazı 80 molekülden oluşan kütüphane kullanılarak optimize edilmiştir. Ardından 1280 molekülden oluşan kütüphane, BH3 profilleme yöntemi ile taranmıştır. MCL-1 proteinini inhibe edebilecek spesifik moleküller belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Apoptotic cell death is a crucial programmed mechanism for homeostasis of tissue. Mitochondrial apoptotic cell death is governed by BCL-2 protein family members. Aberrations in mitochondrial-mediated apoptosis lead to impaired cell death signaling in response to cellular damage and thereby promotes cancer cell survival. Upon with selectively interacting antiapoptotic BCL-2 proteins, BH3-only BCL-2 proteins play a crucial role in governing cellular damage. All anti-apoptotic members of the BCL-2 protein family share a BH3 death domain, thus BH3 profiling enables us to assess the apoptotic blocks caused by cancer cells. The myeloid cell leukemia-1 protein encoded by MCL-1 gene and is an anti-apoptotic member of a BCL-2 protein family. It is known as a survival molecule for the cancer cells and overexpression of it confers a resistance against chemotherapeutic drugs for the treatment of several types of cancer. These findings point out that the significance of the small molecule inhibitor for MCL-1. We have designed a small molecule inhibitor screening with the aid of the automated pipetting system, epMotion5070, through BH3 profiling method to monitor priming to cell death in the context of MCL-1 dependence. We optimized the epMotion5070 by using a library, consisting of kinase inhibitors (80 molecules) for designing small molecule inhibitor screening. Then, we aimed to trigger mitochondrial apoptotic cell death via MCL-1 inhibitor molecules on non-small lung cancer cell lines ( H-23, H-1975) by screening a library (1280 molecules), which is accomplished by BH3 profiling. In this study, we identified specific small molecules for the inhibition of MCL-1.
Benzer Tezler
- Havasız arıtmanın fizikokimyasal dengelerle modellenmesi
The Modelling of anaerobic digesters with physico-chemical equilibria
GÜLER DARTAN (DEMİR)
- Designing of selective and potent inhibitors against histone deacetylase enzymes (HDAC6 VE HDAC10) via in silico screening and molecular modeling techniques for the treatment of cancer
Kanser tedavisi için siliko tarama ve moleküler modelleme teknikleri ile histon deacetilaz enzimlerine (HDAC6 VE HDAC10) karşı seçici ve etkili inhibitörlerin tasarlanması
NAZ MİNA MERT
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyomühendislikKadir Has ÜniversitesiHesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ
- Hiv-1 glikoprotein 41 molekülünün aktif bölgesinin substrat-bağlayıcı alanının moleküler kenetlenme yöntemiyle araştırılması
Exploration of substrate-binding region of the active site of Hiv-1 glycoprotein 41 molecule using molecular docking methods
ONUR ALTEN
- Computer aided drug design study of cyclin dependent kinase 2 (CDK2) inhibitors
Siklin bağımlı kinaz 2 (CDK2) inhibitörlerinin bilgisayar destekli ilaç tasarımı çalışması
ABDULİLAH ECE
Doktora
İngilizce
2011
Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA SEVİN DÜZ
- In silico screening of the approved drugs, peptidomimetics and designing of new peptides against Axl-Gas6 target
Onaylı ilaçların ve peptidomimetik ligantların Axl-Gas6 hedefine karşı in siliko taranması ve bu hedefe yönelik yeni peptitlerin tasarlanması
İLAYDA TOLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyofizikBahçeşehir ÜniversitesiSinir Bilimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
