Geri Dön

Designing small molecule inhibitor screening through bh3 profiling

Bh3 profilleme yöntemi ile küçük molekül inhibitor tarama sisteminin dizayn edilmesi

  1. Tez No: 507375
  2. Yazar: SEVDE NUR KARATAŞ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SELMA HÜVEYDA BAŞAĞA
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biyomühendislik, Biochemistry, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2018
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Sabancı Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 66

Özet

Programlanmış hücre ölümü mekanimanızması hücre iç ortamında normal dengenin korunması için oldukça kritik bir mekanizma olarak bilinmektedir. Mitokondri aracılığı ile düzenlenen hücre ölümü mekanizması BCL-2 protein ailesi tarafından kontrol edilmektedir. Bu mekanizmada gerçekleşen anormallikler hücre ölümünü yöneten sinyallerlerde ciddi deformasyonlara sebep olmaktadır. Hücrenin zarar gördüğü durumlarda, mekanizmadaki deformasyon kanser hücrelerinin hayatta kalmasını tetiklemektedir. Sadece BH3 bölgesine sahip BCL-2 proteinlerinin, mitokondriyal hücre ölümüne entegrasyonu antiapoptotic BCL-2 protein etkileşimi ile gerçekleşmektedir. Tüm anti-apoptotik proteinler BH3 bölgesine sahiptir ve bu yüzden BH3 profilleme yöntemi apoptotik proteinlerin bloklanmasını gözlemlemek için oldukça etkili bir yöntemdir. Miyeloid hücre lösemisi proteini MCL-1 geni tarafından kodlanır ve BCL-2 ailesinin antiapoptotik bir üyesidir. MCL-1 kanser hücrelerinin sağ kalımı için önemli olup, daha çok üretilmesi, kanser hücrelerinde kemoterapik ilaçlara karşı direnç geliştirmektedir. Tüm bulgular MCL-1 proteininin hücre ölümünde yerinin önemli olduğunu belirtmektedir. Amacımız, BH3 profilleme metodu çerçevesinde, otomatik pipetleme yardımıyla küçük molekül inhibitörü tarama sistemidizayn ederek hücre ölümü cevabını/eğilimini indüklemektir. Bu amaç doğrultusunda, otomatik pipetleme cihazı 80 molekülden oluşan kütüphane kullanılarak optimize edilmiştir. Ardından 1280 molekülden oluşan kütüphane, BH3 profilleme yöntemi ile taranmıştır. MCL-1 proteinini inhibe edebilecek spesifik moleküller belirlenmiştir.

Özet (Çeviri)

Apoptotic cell death is a crucial programmed mechanism for homeostasis of tissue. Mitochondrial apoptotic cell death is governed by BCL-2 protein family members. Aberrations in mitochondrial-mediated apoptosis lead to impaired cell death signaling in response to cellular damage and thereby promotes cancer cell survival. Upon with selectively interacting antiapoptotic BCL-2 proteins, BH3-only BCL-2 proteins play a crucial role in governing cellular damage. All anti-apoptotic members of the BCL-2 protein family share a BH3 death domain, thus BH3 profiling enables us to assess the apoptotic blocks caused by cancer cells. The myeloid cell leukemia-1 protein encoded by MCL-1 gene and is an anti-apoptotic member of a BCL-2 protein family. It is known as a survival molecule for the cancer cells and overexpression of it confers a resistance against chemotherapeutic drugs for the treatment of several types of cancer. These findings point out that the significance of the small molecule inhibitor for MCL-1. We have designed a small molecule inhibitor screening with the aid of the automated pipetting system, epMotion5070, through BH3 profiling method to monitor priming to cell death in the context of MCL-1 dependence. We optimized the epMotion5070 by using a library, consisting of kinase inhibitors (80 molecules) for designing small molecule inhibitor screening. Then, we aimed to trigger mitochondrial apoptotic cell death via MCL-1 inhibitor molecules on non-small lung cancer cell lines ( H-23, H-1975) by screening a library (1280 molecules), which is accomplished by BH3 profiling. In this study, we identified specific small molecules for the inhibition of MCL-1.

Benzer Tezler

  1. Havasız arıtmanın fizikokimyasal dengelerle modellenmesi

    The Modelling of anaerobic digesters with physico-chemical equilibria

    GÜLER DARTAN (DEMİR)

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1994

    Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    PROF.DR. HASAN ALİ SAN

  2. Designing of selective and potent inhibitors against histone deacetylase enzymes (HDAC6 VE HDAC10) via in silico screening and molecular modeling techniques for the treatment of cancer

    Kanser tedavisi için siliko tarama ve moleküler modelleme teknikleri ile histon deacetilaz enzimlerine (HDAC6 VE HDAC10) karşı seçici ve etkili inhibitörlerin tasarlanması

    NAZ MİNA MERT

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    BiyomühendislikKadir Has Üniversitesi

    Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ

  3. Hiv-1 glikoprotein 41 molekülünün aktif bölgesinin substrat-bağlayıcı alanının moleküler kenetlenme yöntemiyle araştırılması

    Exploration of substrate-binding region of the active site of Hiv-1 glycoprotein 41 molecule using molecular docking methods

    ONUR ALTEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    KimyaHacettepe Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. VİLDAN ADAR

  4. Computer aided drug design study of cyclin dependent kinase 2 (CDK2) inhibitors

    Siklin bağımlı kinaz 2 (CDK2) inhibitörlerinin bilgisayar destekli ilaç tasarımı çalışması

    ABDULİLAH ECE

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATMA SEVİN DÜZ

  5. In silico screening of the approved drugs, peptidomimetics and designing of new peptides against Axl-Gas6 target

    Onaylı ilaçların ve peptidomimetik ligantların Axl-Gas6 hedefine karşı in siliko taranması ve bu hedefe yönelik yeni peptitlerin tasarlanması

    İLAYDA TOLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyofizikBahçeşehir Üniversitesi

    Sinir Bilimi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SERDAR DURDAĞI