Investigation of colistin heteroresistance in multidrug resistant Acinetobacter baumannii
Çok sayıda ilaca dayanıklı Acinetobacter baumannii'in colistin heterorezistansının incelenmesi
- Tez No: 507600
- Danışmanlar: PROF. DR. ABDURRAHMAN AYVAZ, DR. SALMAN SHAHEER AHMED
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: A. baumannii, heterorezistans, popülasyon analiz profili, kolistin, A. baumannii, heteroresistance, Population Analysis Profile, colistin
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 61
Özet
A. baumannii'de kolistin direncinin ortaya çıkması, Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezi (CDC) tarafından endişe verici bir durum olarak kabul edilmektedir. Kolistin, A. baumannii'de çoklu ilaca dirençli son antibiyotiklerden biridir. Düzensiz antibiyotik kullanımı, farmakodinamik ve farmakokinetik özelliklerinin anlaşılmaması nedeniyle, bazı çalışmalar kolistin heterodirencinin ortaya çıktığını göstermekte ve bu durum kademeli olarak kolistin direncine yol açmaktadır. Heterodirenç, önceden duyarlı olan izolatların dirençli alt popülasyonlarının ortaya çıkması olarak tanımlanabilir. Kolistin direncinin ortaya çıkması klinik ve mikrobiyolojik sonuçları doğrudan etkilemektedir. Bu çalışmada, A.baumannii' nin klinik izolatlarında kolistin heterodirencinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bunun için çoklu ilaca dirençli Acinetobacter baumannii'ye ait toplam 15 klinik izolat balgam, idrar, kan, yara ve bronkoalveolar lavajdan izole edilmiştir. Bu izolatlar esas olarak Vitek 2 sistemi kullanılarak tanımlanmış ve PZR işlemiyle A. baumanii için blaOXA-51 gen markırı kullanılarak doğrulanmıştır. Çeşitli kolistin konsantrasyonu kullanılarak zaman-ölüm kinetik analizi yapılmış ve çeşitli zaman aralıklarındaki canlı koloniler sayılmıştır. Çeşitli konsantrasyonlarda (0.5, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 8 ve 10 µg / ml) hazırlanmış kolistin sülfat solüsyonundan 60 µl alınarak 24 saatlik bakteri hücre süspansiyonuna eklenmiş ve 48 saat sonra Popülasyon profil analizi belirlenmiş ve 11 gün boyunca seri pasaj işlemi gerçekleştirilmiş ve sonunda genetik profillemeyi belirlemek için RAPD-PZR analizi yapılmıştır. Ayrıca genomik DNA izolasyonu yapılarak DNA miktarı belirlenmiştir. Uygun primerler kullanılarak PZR analizi sonucunda toplam 15 klinik izolatın için blaOXA-51 geni taşıdığı belirlenmiştir. Referans suş ATCC 19606 ile 7 numaralı klinik izolatın artan kolistin konsantrasyonuna bağlı olarak zaman-ölüm kinetikleri belirlenmiş, ancak 0.5X MIC'da 2 saatte 4 koloni sayılmışken, 1X MIC'da sadece 3 koloni sayılmıştır. Popülasyon analiz profili sonucu toplam 15 klinik izolattan 6 tanesinin ve ATCC 19606 referans suşunun kolistin heterodirenci gösterdiği belirlenmiştir. RAPD-PZR yöntemi sonucunda 7 farklı genotipin varlığı ortaya çıkarılmıştır. Ayrıca bu çalışma sırasında bir zamanlar duyarlı olduğu bilinen A. baumannii kolonilerinde kolistin heterodirencinin varlığı belirlenmiştir. Heterodirenç belirlemek için daha ileri çalışmalara ihtiyaç vardır ve tüm genom sekanslama çalışmaları olayın moleküler kısmının da kuvvetli bir şekilde anlaşılmasını sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
The emergence of colistin resistance in A.baumannii is recognized as significant concern by Center for Disease Control and prevention (CDC). Colistin is one of the last-line antibiotic for multidrug resistance in A.baumannii. Due to irrational uses, lack of understanding of pharmacodynamics and pharmacokinectics, there are some reports showing colistin heteroresistance emergence and hence gradually lead to complete colistin resistance. Heteroresistance is defined as the presence of resistant sub-populations in previously susceptible isolate. The emergence of colistin resistance directly affects the clinical and microbiological outcomes. In this study we aim to determine colistin heteroresistance in clinical isolates of A.baumannii. A total of 15 clinical isolates of multidrug drug resistant Acinetobacter species were isolated from sputum, urine, blood, wounds and bronchoalveolar lavage. These isolates are primarily identified using Vitek 2 system and reconfirmed using PCR for blaOXA-51 gene marker for A.baumanii. Time-Killing kinetic assay was performed using various concentration of colistin and viable counting was performed at various time intervals. Population analysis profiling was performed using 60 μl/ml for 24 hours bacterial cell suspension with various concentrations (0.5, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 8, and 10 μg/ml) of colistin sulfate. Serial passage was performed for 11 days and finally RAPD-PCR was performed to determine genetic profiling. Genomic DNA was extracted and quantified and PCR for all the 15 clinical isolates were positive for blaOXA-51 gene. Time killing kinetics showed concentration-dependent-manner bactericidal effect of MIC=1µg/ml for isolate no.7 and ATCC 19606, however, 0.5X MIC in 2 hours less than 4 colonies were found and at 1X MIC just 3 colonies were counted. Population analysis show 6 clinical isolates and ATCC 19606 were colistin heteroresistant, sub-populations of these isolates grew 10 µg/ml and was supported by serial passaging. RAPD-PCR pattern revealed presence of 6 different genotypes. Our study demonstrated presence of heteroresistance, in once colistin-susceptible colonies of A. baumannii. Further studies are needed to establish hetero-resistance and microbiological outcomes, and whole genome DNA sequencing studies would also provide a strong understanding of molecular aspects causing colistin hetero-resistance.
Benzer Tezler
- Klinik stenotrophomonas maltophilia izolatlarında kolistin heterodirencinin araştırılması
Investigation of colistin heteroresistance in clinicalStenotrophomonas maltophilia isolates
ÜMRAN LİSTE
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
MikrobiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CUMHUR ÖZKUYUMCU
PROF. DR. BANU SANCAK
- Çeşitli klinik örneklerden izole edilen acinetobacter SPP. izolatlarında kolistine direnç ve heterodirencin araştırılması
Investigation of colistin resistance and heteroresistance in acinetobacter SPP. isolates from various clinical samples
ESRA AKKAN KUZUCU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
UZMAN MUSTAFA ÇAĞATAY
- Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae izolatlarında kolistin direncinin ve heterodirencin araştırılması
Investigation of colistin resistance and heteroresistance in isolates of Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae
ERKUT AFYONCU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiTrakya ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ CANAN ERYILDIZ
- Hacettepe Üniversitesi hastaneleri merkez laboratuvarından ardışık olarak izole edilen acinetobacter baumannii klinik izolatlarında kolistine direnç ve heterodirencin araştırılması
Investigation of colistin resistance and heteroresistance of acinetobacter baumannii clinical isolates consecutively isolated in hacettepe University Hospitals central laboratory
ECEM ÇAĞLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
MikrobiyolojiHacettepe ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DENİZ GÜR
- Yoğun bakım ünitelerinde kan kültürlerinden izole edilen karbapenem dirençli A. baumannii complex izolatlarında kolistin heterojen direncinin ve buna etki eden bazı faktörlerin araştırılması
Investigation of colistin heteroresistance and some factors effecting on heteroresistance among the carbapenem resistant A. baumannii strains isolated from the intensive care units
DENİZ GAZEL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
MikrobiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜŞERREF TATMAN OTKUN