Prevalence, molecular characterization, virulence factors and antimicrobial resistance of Cronobacter spp. in ready-to-eat foods
Tüketime hazır gıdalarda Cronobacter spp.'nin yaygınlığı, moleküler karakterizasyonu, virülans faktörleri ve antimikrobiyal dirençliliği
- Tez No: 507601
- Danışmanlar: PROF. DR. SEZA ARSLAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Abant İzzet Baysal Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 97
Özet
Cronobacter spp. Enterobacteriaceae ailesinin, Gram-negatif, spor oluşturmayan ve fakültatif anaerobik bir üyesidir. Birçok Cronobacter türü, bağışıklık sistemi zayıflamış bireylerde, yeni doğanlarda, bebeklerde ve yaşlılarda menenjit, sepsis ve nekrotizan enterokolit gibi ciddi hastalıklara neden olan fırsatçı patojenlerdir. Bu çalışmada, toplam 340 tüketime hazır gıda örneği Cronobacter spp.'nin varlığı için test edilmiştir. Test edilen 340 örneğin 59 (17,4%)'u Cronobacter spp. için pozitif bulunmuştur. Cronobacter ile kontamine örneklerden toplam 64 izolat elde edilmiştir. Fenotipik olarak adlandırılan Cronobacter izolatları, 16S rRNA, gluA ve türe özgü rpoB gen amplifikasyonu ile genotipik olarak da doğrulanmıştır. Genel olarak, 64 izolatın 39'u (% 61) Cronobacter sakazakii, 15'i (% 23,4) Cronobacter malonaticus, 3'ü (% 4,7) Cronobacter muytjensii, 3'ü (% 4,7) Cronobacter dublinensis, 2'si (% 3,1) Cronobacter turicensis ve 2'si (% 3,1) Cronobacter universalis olarak adlandırılmıştır. Tüm Cronobacter izolatları, dış zar protein A (ompA) ve çinko içeren metalloproteaz (zpx) dahil bazı virülans faktörleri kodlayan genlerin varlığı için incelenmiştir. 64 Cronobacter izolatının, 63'ü (% 98,5) ompA ve zpx genleri için pozitif olarak tespit edilmiştir. Tüm Cronobacter izolatlarında, bakterilerin adezyon, invazyon ve hayatta kalmasında rol oynayan biyofilm ve siderofor üretimi gibi diğer virülans faktörleri incelenmiştir. 64 Cronobacter izolatından tümü (% 100) siderofor üretimi için ve 56'sı (% 87,5) biyofilm oluşumu için pozitif bulunmuştur. Bu çalışmada, 64 Cronobacter izolatı ve C. sakazakii ATCC 29544 referans suşunu içeren ERIC-PCR sonuçları, 3 ile 12 arasında değişen amplifikasyon bantları göstermiştir. Tüm Cronobacter izolatları ERIC-PCR paternlerine göre 12 genotipe ayrılmıştır. Sonuçlar, ERIC-PCR paternleri ve izolasyon kaynakları arasında doğrudan bir ilişki olmadığını göstermiştir. Bu çalışmada, tüketime hazır gıdalardan izole edilen 64 Cronobacter spp.'nin yaygın olarak kullanılan 18 antimikrobiyal ajana karşı antimikrobiyal duyarlılığı incelenmiştir. Çoğu Cronobacter spp. % 81,3 oranında sefalotin'e karşı direçli bulunurken, sefoksitine % 32,8 ve ampisiline % 20,3 direnç tespit edilmiştir. Tüm Cronobacter izolatları gentamisin ve trimetoprim/sülfametoksazola duyarlıdır. Bu çalışma, Cronobacter türlerinin izolasyonu ve tanımlanması, onların bazı virülans özellikleri, ERIC-PCR ile genetik varyasyonları ve antimikrobiyal direnç profilleri üzerine güncel veri sağlaması itibariyle dikkate değerdir. Gıdada yeni ortaya çıkan bir patojen olarak Cronobacter türlerinin varlığının takip edilmesi tüketici sağlığı için önemlidir.
Özet (Çeviri)
The Cronobacter spp. are a member of the family Enterobacteriaceae, Gram-negative, non-spore forming and facultative anaerobic bacteria. Cronobacter species are opportunistic pathogens that can cause severe diseases such as meningitis, sepsis, and necrotizing enterocolitis in immunocompromised individuals, neonates, infants and elderly adults. In the present study, a total of 340 ready-to-eat foods were tested for the presence of Cronobacter spp. The 59 (17.4%) of the 340 tested samples were positive for Cronobacter spp. Out of the contaminated samples with Cronobacter, the 64 Cronobacter isolates were obtained. The phenotypically identified Cronobacter isolates were also confirmed genotypically by the 16S rRNA, gluA gene and species-specific rpoB gene amplification. Overall, out of all samples, 64 isolates were identified as 39 (61%) Cronobacter sakazakii, 15 (23.4%) as Cronobacter malonaticus, 3 (4.7%) as Cronobacter muytjensii, 3 (4.7%) as Cronobacter dublinensis, 2 (3.1%) as Cronobacter turicensis and 2 (3.1%) Cronobacter universalis. All Cronobacter isolates were examined for the presence of genes encoding some virulence factors including outer membrane protein A (ompA) and zinc-containing metalloprotease (zpx). Of the 64 Cronobacter isolates, 63 (98.5%) were positive for both the ompA and zpx gene. In all Cronobacter isolates, other virulence determinants such as biofilm formation and siderophore production, which have a role in adhesion, invasion, and survival of bacteria, were detected. Out of the 64 Cronobacter isolates, 64 (100%) and 56 (87.5%) were found to be positive for siderophore production and biofilm formation, respectively. In this study, the results of ERIC-PCR showed the amplification bands, ranging from 3 to 12, among the 64 Cronobacter isolates and C. sakazakii ATCC 29544 as a reference strain. ERIC-PCR fingerprints revealed that all the Cronobacter divided into 12 genotypes. The results demonstrated that there was no a direct relationship between ERIC-PCR fingerprints and sources of the isolation. In this study, the antimicrobial susceptibility of the 64 Cronobacter spp. from ready-to-eat foods to commonly used 18 antimicrobial agents was examined. Most Cronobacter spp. with a rate of 81.3% were resistant to cephalothin, 32.8% to cefoxitin and 20.3% to ampicillin. All the Cronobacter isolates were susceptible to gentamicin and trimethoprim/sulfamethoxazole. The present study is remarkable that it provides a current data on the isolation and identification of Cronobacter spp., some virulence characteristics, and genetic variation by the ERIC-PCR and antimicrobial resistance profiles of Cronobacter spp. The monitoring the presence of Cronobacter spp. as an emerging pathogen in food is essential for the health of consumers.
Benzer Tezler
- Bazı gıdalardan izole edilen escherıchıa colı suşlarında ki antimikrobiyal direnç ve virülans faktör genlerinin yaygınlığı ve dağılımının moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of prevalence and distribution of the antimicrobial resistance and virulence factor genes in escherichia coli strains isolated from some foods
CANSU BAŞAK ÖZIŞIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyomühendislikKırıkkale ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYTEN ÇELEBİ KESKİN
- Klinik örneklerden izole edilen escherichia coli izolatlarının moleküler epidemiyolojik karakterizasyonuve yüksek riskli ST131 klonunun araştırılması
Molecular epidemiological characterization of escherichia coli isolates isolated from clinical samples and investigation of HİGH-risk ST131 clone
ELİF AYDIN
Doktora
Türkçe
2022
MikrobiyolojiAtatürk ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELAHATTİN ÇELEBİ
- Molecular characterization of Helicobacter-activated B cells
Helıcobacter-aktive B hücrelerinin moleküler karakterizasyonu
NESTEREN MANSUR
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN
- Koyun orijinli escherıchıa colı O157:H7 izolatlarının moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of escherichia coli O157:H7 isolates from sheep origin
YILMAZ EMRE GENÇAY
Doktora
Türkçe
2014
Halk SağlığıKırıkkale ÜniversitesiMikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MURAT YILDIRIM
- The prevalence and molecular characterization of Listeria monocytogenes in Kirkuk/Iraq
Kerkük/Irak'ta Listeria monositojenlerin yaygınlığı ve moleküler karakterizasyonu
ASMAA SABAH MAHMOOD MAHMOOD
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÜLKÜ NİHAN YAZGAN TAVŞANOĞLU
PROF. DR. ASAL AZİZ TAWFEEQ