Identification of circular ribonucleic acids differentially expressed in apoptotic HeLa cells.
Apoptotik HeLa hücrelerinde farklı ifade edilen halkasal ribonükleik asitlerin tanımlanması.
- Tez No: 517633
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BÜNYAMİN AKGÜL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 53
Özet
Apoptoz, hayatta kalma, dengeleşim ve gelişim için gerekli olan programlanmış hücre ölümü mekanizmasıdır. Çeşitli protein kodlayan genler ve kodlayıcı olmayan RNA'lar apoptoz regülatörleri olarak rapor edilmiştir. Bununla birlikte, apoptozis regülasyonunda halkasal RNA'nın potansiyel rolleri hala bilinmemektedir. Bu çalışmada, apoptotik HeLa hücrelerinde farklı şekilde ifade edilen, yolak-ilaç spesifik ve / veya global halkasal RNA'ları ortaya çıkarmak için transkriptomik çalışma gerçekleştirdik. HeLa hücrelerinde apoptozu tetiklemek için sisplatin, doksorubisin, Fas mAb ve TNF-alfa kullanılmıştır. İlaçla muamele edilmiş hücreler ve kontrol hücrelerinin üç tekrarının apoptoz oranı akış sitometrisi ile ölçülmüş, farklı şekilde ifade edilen halkasal RNA'lar derin RNA dizilemesi ile tanımlanmıştır. Farklı olarak ifade edilen halkasal RNA adayları, ilk olarak padj değeri baz alınarak anlamlılıklarına göre sıralanmış daha sonra kat değişimi, yolak-ilaç spesifisitesine ve kaynak aldıkları genlere dayalı olarak sınıflandırılmıştır. Daha sonra, halkasal RNA adayları, onların kodlama potansiyellerini, potansiyel mikro RNA bağlama bölgelerini ve olası apoptotik yolaklara katılımlarını elde etmek için biyoinformatik olarak analiz edilmiştir. Ayrıca ıraksak primerler halkasal RNA adaylarının geri birleşme bağlantı dizisini doğrulamak için tasarlanmıştır. Lineer transkriptleri ortadan kaldırmak ve halkasal RNA'ları zenginleştirmek için RNAse R uygulaması yapılmıştır. Halkasal RNA adaylarının ifadesi RNAse R ile muamele edilmiş örnekte analiz edilmiştir. Halkasal pozitif kontrolün geri birleşme bağlantı dizisi TA klonlama ve dizileme ile doğrulanmıştır. Pozitif kontrol (circ-HIPK3), aday-8 ve aday-6 nın farklı ifadesi kantitatif PCR ile doğrulanmıştır.
Özet (Çeviri)
Apoptosis is a mechanism of programmed cell death that is essential for survival, homeostatis and development. Various protein coding genes and non-coding RNAs were reported as apoptosis regulators. However, the potential roles of circular RNA in the regulation of apoptosis are still unknown. In this study, we have performed transcriptomics study to reveal differentially expressed, pathway-drug specific and/or global circRNAs in apoptotic HeLa cells. Cisplatin (CP), doxorubicin (DOX), Fas mAb(FAS) and TNF-alpha (TNF-a) were used to trigger apoptosis in HeLa cells. Apoptosis rates of three replicates of treatment and control cells were measured by flow cytometry and differentially expressed circular RNAs were identified by deep RNA sequencing. Circular RNA candidates were firstly sorted based on their significance according to pad j value, further classified based on fold change, pathway-drug specificity and source genes. Then, circular RNA candidates were analysed bioinformatically to obtain their coding potential, potential miRNA binding sites and involvement in possible apoptotic pathways. Furthermore, divergent primers were designed to validate backsplicing junction sequence of circular RNA candidates. RNAse R treatment was used to eliminate linear transcripts and enrich circular RNAs. The expression of candidate circular RNAs was analysed RNAse R treated samples. Backsplicing junctions of positive circular control circ-HIPK3 was validated by TA cloning and sequencing. Differential expression of positive control (circ-HIPK3), candidate-8 and candidate-6 were validated by quantitative PCR.
Benzer Tezler
- Baş-boyun kanser hücrelerinde biyobelirteç olarak circRNA'ların tanımlanması ve radyoterapi'nin bu biyobelirteçler üzerindeki etkilerinin araştırılması
Identification of circular RNAs as biomarkers in head and neck cancer cells and investigation of the effects of radiotherapy on these biomarkers
SIRRI CAN MÜFTÜOĞLU
- Akciğer kanseri tedavisinde biyobelirteç adayları olarak circular RNA'ların tanımlanması
Identification of circular RNAS as biomarker candidates in LUNG cancer treatment
BÜŞRA APAYDIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiEge ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE CANER
- Leishmania infantum ile enfekte makrofajlarda circular rna gen ekspresyon değişikliklerinin değerlendirilmesi
Evaluation of circular rna gene expression changes in macrophages infected with leishmania infantum
HAMID ALIZADEH DASTJERD
- The development of circular economy-based decision support framework for construction project designs
İnşaat proje tasarımları için döngüsel ekonomi tabanlı bir karar destek çerçevesinin geliştirilmesi
MAHMUT ATTAROĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
İnşaat MühendisliğiYıldız Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. ZEYNEP IŞIK
DOÇ. DR. GÖKHAN DEMİRDÖĞEN
- Gerçek görüntüden elde edilen koordinatlarla robot kol hareket optimizasyonu
Optimization of the route for a robot arm by captured coordinate from a real image
MURAT KERT
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiMustafa Kemal ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ERSİN ÖZDEMİR