Investigation of occurence of autotransporter genes in Escherichia coli isolated from clinical and food sources and identification of phylogenetic relationship of E.coli strains by using pfge method
Gıda kaynaklı ve klinik örneklerden izole edilen Escherichia coli suşlarında ototransporter proteinlerın oluşumunun araştırılması ve filogenetik ilişkilerinin PFGE ile tespiti
- Tez No: 518576
- Danışmanlar: PROF. DR. IŞIL VAR ÖNGEL, PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 104
Özet
Ototransporter sistemler, bakterilerde patojeniteden sorumlu en önemli hücre elemenlarından birisi olup, sıklıkla farklı bakterilerden mobil genetik elemanlar olarak transfer edilirler ve konak hücrenın yeni virülans genlerini transfer edebilmesine imkân sağlarlar. Bu çalışma, E.coli suşlarına gerek metabolik faliyetlere katılan gerekse konak savunma sistemlerine karşı bakterinin korunmasında rol olan ototransporter genlerinin varlığı, dağılımı ve virülanspotensiyel katkılarınıortaya çıkartma amacı ile planlanmıştır. Böylece ototransporter genlerinin, E.coli suşlarının süreveyansındaki önemi ve gıdaların UPEC gibi ExIEC suşlarının insanlar arasında dağılımında rezervuar veya portör rollerinin olup olmadığıda sorgulanmıştır. Çalışmada intestinal sistem dışı klinik örneklerden izole edilmiş altmış beş ve gida örneklerindenizole edilmiş otuz beş E.coli suşu olmak üzere toplam 100 E.coli izolatıörnek olarak kullanılmıştır. PCR yöntemi ile yapılan bu genlerin prevalansı;Agn43 için %15,Tsh için % 1, UpaC için %6 ve UpaJ icin %8 olarak tespit edilmiştir. Buna karşılık Sat, Vat ve UpaB genlerine ait hedef gendizilerinin varlığı gösterilememiştir. E.colisuşları arasındaki genotipik ilişkinin gösterilmesi için PFGE metodu kullanılmıştır. İnsan ve gıda kaynaklı 89 izolatın 6'sında (%6. 8) klonal anlamlı bir ilişki bulunmadığı görülmüştür. Sonuç olarak klinik örneklerden izole edilen E.coli suşlarının gıda örneklerinden elde edilen suşlara göre daha yüksek prevalansa sahip olduğu belirlenmiştir. Bununla birlikte bazı ototransporterlerin. E.coli suşlarının çeşitliliği arasındaki spesifik dağılımı henüz belirlenmemiştir. Ototransporterin virülans faktörü ile olan ilişkisini tanımlamak ve anlamak için daha fazla çalışmaya ihtiyaç vardır.
Özet (Çeviri)
The autotransporter proteins constitute one of the most important cell components responsible for pathogenicity in bacteria and are frequently transferred as mobile genetic elements from different bacteria and allow the host cell to transfer new virulence genes. The purpose of this study was to identify the presence, distribution and virulence potential of autotransporter genes that are effective in the protection of the bacteria against host defence systems. Therefore, autotransporter genes have also been questioned the prevalence in the surveillance of E.coli strains and in the distribution of food among the people of the ExPEC strains, such as UPEC or whether or not there were porter roles. Sixty-five E.coli strains isolated from non-intestinal system clinical specimens and thirty-five E.coli strains isolated from the food sources. A total of 100 E.coli isolates were used in this study. The prevalence of the autotransporter-related genes was determined in the E.coli strains by using the PCR method which was as follows: Agn43 15%; Tsh 1%; UpaJ 8% and UpaC 6%. While that other genes such as Sat, Vat and UpaB genes could not be detected. It was used PFGE method for the detection of clonal relationships and was found in 6 (6.8%) out of 89 isolates of human and food isolates had a clonal relationship. In conclusion, E.coli strains isolated from clinical specimens were found to have higher prevalence autotransporter genes than E.coli strains isolated from food samples. However, the specific distribution of autotransporter among E.coli strains has not established yet.
Benzer Tezler
- Bazı organik tarım ürünlerinde aflatoksin, okratoksin a ve fumonisin varlığının araştırılması
Investigation of occurence of aflatoxin, ochratoxin a and fumonisin in some organic agricultural products
S. BETÜL KAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
Gıda MühendisliğiCelal Bayar ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HALİL TOSUN
- Sıçanlarda akut inflamasyon modelinde 8-izoprostaglandin F2a ve prostoglandin E2'nin oluşumu ile siklooksijenaz inhibitörlerinin ve vitamin E'nin bu oluşum üzerine etkileri
Investigation of occurence of 8-isoprostaglandin F2a and prostaglandin E2 in experimental inflammation model and effect of cyclooxygenase inhibitors and vitamin E on the occurence of these metabolites
NALAN ÇİÇEK ÖZDÖL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2003
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmakoloji ve Klinik Farmokoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET MELLİ
- Konut türü betonarme binaların deprem güvenliğinin incelenmesi
Investigation of seismic safety of type of residental reinforced concrete buildings
HAKAN DİLMAÇ
Doktora
Türkçe
2017
Deprem MühendisliğiSüleyman Demirel Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FUAT DEMİR
YRD. DOÇ. DR. HAMİDE TEKELİ
- Orta Marmara Havzası'nın aktif tektonik yapısının deniz jeofiziği akustik yöntemleriyle araştırılması
Investigation of the active tectonism in the Central Marmara basin bye acoustical means
DOĞA DÜŞÜNÜR
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
Jeofizik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiJeofizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. EMİN DEMİRBAĞ
- Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Kalp ve Damar Cerrahisi Anabilim Dalı'nda tedavi edilen periferik arter hastalarının kısa ve orta dönem sonuçları
Short and mid-term results of peripheral arterial patients treated in Adnan Menderes University Department of Cardiovascular Surgery
ÖMER FARUK RAHMAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Göğüs Kalp ve Damar CerrahisiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiKalp ve Damar Cerrahisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERDEM ALİ ÖZKISACIK