Mode-coupling analysis of allosteric interactions on Ack1
Ack1'de allosterik etkileşimlerin mod-bağlanma analizi
- Tez No: 519843
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ALKAN KABAKÇIOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Fizik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 64
Özet
Kanser araştırmalarında önemli bir role sahip olan ACK1 isimli proteinin allosterik özelliklerini yakın zamanda önerilmiş olan ve proteinlerin doğal yapısal dağılımlarında bulunan doğrusal olmayan etmenleri kullanan bir model ile inceliyoruz. Kullandığımız model, allosterik etkileşimlerin titreşimsel modların eşleşmesi sayesinde (yani doğrusal olmayan etkileşimler) iletildiği varsayımına dayanan çözümsel bir formulasyona dayanmaktadır. Aynı yöntemin başka proteinlerde allosterik açıdan önemli bölgeleri tahmin etmede başarılı olduğu daha önceden gösterilmiştir. Formulasyonun girdisi AMBER benzetim paketi ve ff14sb kuvvet-alanı kullanılarak proteininin denge yapısının tam-atomistik moleküler devingen yöntemle elde edilmiş gezingeleridir. Elde edilen gezingeler dağılım fonksiyonlarının doğrusal olmayan özelliklerini yakalayabilecek uzunluktadır (> 100 ns). Analizin çıktısı her amino aside onun mod-eşlenimindeki önemine göre atanmış bir mod-eşlenim puanıdır. Yüksek mod-eşlenim puanına sahip olan amino asitlerin ACK1 proteininin işlevsel bölgeleri ile iyi ilintilendiğini gözlemliyoruz. Bulgularımızın ACK1 hücresel haberleşmede kanser tedavisi için önemli bir boğum noktasını oluşturduğundan dolayı tedavisel sonuçları olabilir. Örnek olarak, meme kanserinin birkaç aşamasında ACK1 proteini kanser hücrelerinin dönüşümünü sağlayan imleşim rotalarında aracılık yapan Akt'nin fosforlanması ve etkinleşmesini sağlamaktadır
Özet (Çeviri)
We investigate allostery in ACK1 (a protein important for cancer research) by means of a recently proposed model which takes into account the nonlinear aspect of the native configurational distribution of the protein. The model we employ exploits an analytical formulation based on the physical picture that allosteric interactions communicate through coupling between vibrational modes of the system (hence the nonlinear analysis). It has been shown to predict allosterically relevant loci on several proteins. The input is the trajectories of full atomistic molecular dynamics of the equilibrium structure obtained using AMBER package with ff14sb force-field, which are long enough (>100ns) to capture the nonlinear aspects of the distribution function. The output of this analysis is a score assigned to each amino acid reflecting its relevance to mode-coupling. We observe that the sites with high mode-coupling score correlate well with the functional sites on the ACK1 protein. These findings may have therapeutic implications since ACK1 takes part as a signaling node that represents a possible target in cancer treatment. In several stages of cancer for instance in breast cancer, Ack1 promotes the phosphorylation and activation of Akt, an important mediator of signaling pathways that lead to transformation to cancer cells
Benzer Tezler
- Exploring functional dynamıcs of bacterial and human ribosome structures via coarse grained techniques
Bakteri ve insana ait ribozomal kompleks dinamiğinin kaba ölçekli teknikler ile araştırılması
PELİN GÜZEL
Doktora
İngilizce
2020
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE ÖZGE KÜRKÇÜOĞLU LEVİTAS
- Correlations between function changing mutations in glucocorticoid receptor's evolution and their significance to mode coupling
Glukokortikoid almaç evriminde işlev değişimine yol açan mutasyonların mod etkileşimi ile korelasyonu ve mod etkileşimi açısından önemi
BATUHAN KAV
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyofizikKoç ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ALKAN KABAKÇIOĞLU
- Modal analysis of myosin II and identification of functionally important sites
Myosin II mod analizi ve fonksiyonel olarak önemli yapıların tespiti
ONUR VAROL
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolKoç ÜniversitesiYRD. DOÇ. DR. DENİZ YURET
- Binding and mode coupling of proteins
Protein bağlanması ve proteinlerde mod bağlanması
MERT GÜR
Doktora
İngilizce
2010
BiyofizikKoç ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURAK ERMAN
- Performance analysis of structure irregularities according to the Turkish building earthquake code 2018
2018 Türkiye bina deprem yönetmeliğine göre yapı düzensizliklerinin performans analizi
AHMET GÖÇKEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
İnşaat MühendisliğiGaziantep Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ÖZAKÇA