Geri Dön

Mode-coupling analysis of allosteric interactions on Ack1

Ack1'de allosterik etkileşimlerin mod-bağlanma analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 519843
  2. Yazar: ARMIN HODAEI
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ALKAN KABAKÇIOĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2018
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Koç Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Fizik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 64

Özet

Kanser araştırmalarında önemli bir role sahip olan ACK1 isimli proteinin allosterik özelliklerini yakın zamanda önerilmiş olan ve proteinlerin doğal yapısal dağılımlarında bulunan doğrusal olmayan etmenleri kullanan bir model ile inceliyoruz. Kullandığımız model, allosterik etkileşimlerin titreşimsel modların eşleşmesi sayesinde (yani doğrusal olmayan etkileşimler) iletildiği varsayımına dayanan çözümsel bir formulasyona dayanmaktadır. Aynı yöntemin başka proteinlerde allosterik açıdan önemli bölgeleri tahmin etmede başarılı olduğu daha önceden gösterilmiştir. Formulasyonun girdisi AMBER benzetim paketi ve ff14sb kuvvet-alanı kullanılarak proteininin denge yapısının tam-atomistik moleküler devingen yöntemle elde edilmiş gezingeleridir. Elde edilen gezingeler dağılım fonksiyonlarının doğrusal olmayan özelliklerini yakalayabilecek uzunluktadır (> 100 ns). Analizin çıktısı her amino aside onun mod-eşlenimindeki önemine göre atanmış bir mod-eşlenim puanıdır. Yüksek mod-eşlenim puanına sahip olan amino asitlerin ACK1 proteininin işlevsel bölgeleri ile iyi ilintilendiğini gözlemliyoruz. Bulgularımızın ACK1 hücresel haberleşmede kanser tedavisi için önemli bir boğum noktasını oluşturduğundan dolayı tedavisel sonuçları olabilir. Örnek olarak, meme kanserinin birkaç aşamasında ACK1 proteini kanser hücrelerinin dönüşümünü sağlayan imleşim rotalarında aracılık yapan Akt'nin fosforlanması ve etkinleşmesini sağlamaktadır

Özet (Çeviri)

We investigate allostery in ACK1 (a protein important for cancer research) by means of a recently proposed model which takes into account the nonlinear aspect of the native configurational distribution of the protein. The model we employ exploits an analytical formulation based on the physical picture that allosteric interactions communicate through coupling between vibrational modes of the system (hence the nonlinear analysis). It has been shown to predict allosterically relevant loci on several proteins. The input is the trajectories of full atomistic molecular dynamics of the equilibrium structure obtained using AMBER package with ff14sb force-field, which are long enough (>100ns) to capture the nonlinear aspects of the distribution function. The output of this analysis is a score assigned to each amino acid reflecting its relevance to mode-coupling. We observe that the sites with high mode-coupling score correlate well with the functional sites on the ACK1 protein. These findings may have therapeutic implications since ACK1 takes part as a signaling node that represents a possible target in cancer treatment. In several stages of cancer for instance in breast cancer, Ack1 promotes the phosphorylation and activation of Akt, an important mediator of signaling pathways that lead to transformation to cancer cells

Benzer Tezler

  1. Tez No

    638208

    Exploring functional dynamıcs of bacterial and human ribosome structures via coarse grained techniques

    Bakteri ve insana ait ribozomal kompleks dinamiğinin kaba ölçekli teknikler ile araştırılması

    PELİN GÜZEL

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYŞE ÖZGE KÜRKÇÜOĞLU LEVİTAS

  2. Tez No

    397256

    Correlations between function changing mutations in glucocorticoid receptor's evolution and their significance to mode coupling

    Glukokortikoid almaç evriminde işlev değişimine yol açan mutasyonların mod etkileşimi ile korelasyonu ve mod etkileşimi açısından önemi

    BATUHAN KAV

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    BiyofizikKoç Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ALKAN KABAKÇIOĞLU

  3. Tez No

    313579

    Modal analysis of myosin II and identification of functionally important sites

    Myosin II mod analizi ve fonksiyonel olarak önemli yapıların tespiti

    ONUR VAROL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolKoç Üniversitesi

    YRD. DOÇ. DR. DENİZ YURET

  4. Tez No

    277020

    Binding and mode coupling of proteins

    Protein bağlanması ve proteinlerde mod bağlanması

    MERT GÜR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    BiyofizikKoç Üniversitesi

    Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BURAK ERMAN

  5. Tez No

    885781

    Performance analysis of structure irregularities according to the Turkish building earthquake code 2018

    2018 Türkiye bina deprem yönetmeliğine göre yapı düzensizliklerinin performans analizi

    AHMET GÖÇKEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    İnşaat MühendisliğiGaziantep Üniversitesi

    İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA ÖZAKÇA

Geri Dön