Klinik örneklerden izole edilen acinetobacter izolatlarında metallobetalaktamaz varlığının fenotipik ve genotipik yöntemlerle belirlenmesi
Phenotypic And Genotypic Determination Of Metallo Beta Lactamases In Acinetobacter Isolates Isolated From Clinical Samples
- Tez No: 519937
- Danışmanlar: PROF. DR. ASUMAN BİRİNCİ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 79
Özet
Acinetobacter cinsi bakteriler nonfermentatif, oksidaz negatif, aerop gram negatif mikroorganizmalardır. Geniş spektrumlu betalaktamlar, florokinolonlar ve aminoglikozidleri de içeren çoklu ilaç dirençli izolatlar nedeniyle Acinetobacter enfeksiyonlarının tedavisi çoğu kez güçlükle yapılmaktadır. Bu durumda karbapenemler tercih edilecek ilaçlardır. Fakat karbapenem dirençli Acinetobacter izolatları dünyada gittikçe artan oranlarda bildirilmektedir. Metallobetalaktamazlar (MBL), sınıf B betalaktamazlar olup aztreonam dışında karbapenemler de dahil tüm betalaktamları hidrolize edici kapasiteye sahiptir. Direnç yayılımını sınırlamak ve tedaviye yön vermek amacıyla karbapenem direnç tiplerinin rutin mikrobiyoloji laboratuvarlarında tespit edilmesi gerekmektedir. Genotipik yöntemler en güvenilir olmakla birlikte, alternatif olabilecek ucuz ve kolay fenotipik testler geliştirilmeye çalışılmaktadır. Bu amaç doğrultusunda Acinetobacter baumannii izolatlarında karbapenem direncine neden olan metallobetalaktamaz varlığını tespit etmek için fenotipik ve genotipik yöntemler uygulandı. Çalışmaya karbapenem dirençli 103 A. baumannii izolatı dahil edildi. Tür düzeyinde tanımlama MALDI-TOF MS (Biomeriux, Fransa) otomotize sistemle, izolatların antibiyotik duyarlılığı ise Vitek2 Compact (Biomeriux, Fransa) otomatize sistemle belirlendi. Metallobetalaktamaz tespiti için fenotipik ve genotipik yöntemler uygulandı. Fenotipik testler için çift disk sinerji testi (ÇDST), kombine disk difüzyon testi (KDDT), modifiye Hodge testi (MHT) ve karbapenem inaktivasyon testi (KİT) yapıldı. Genotipik olarak MBL üretiminden sorumlu NDM, VIM, IMP gen bölgelerini saptamak için multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yapıldı. Fenotipik testler içinde en yüksek pozitiflik oranı %95,1 ile KİT'e aittir. KİT'i %94,1 ile ÇDST, %86,4 ile KDDT takip etmiştir. En az pozitiflik oranı %70,8 ile MHT'de saptanmıştır. Yapılan tüm PZR'lerde pozitif kontrol olarak kullanılan NDM, VIM, IMP gen bölgelerine ait bandlarda görüntü saptanmasına rağmen klinik izolatların hiçbirinde NDM, VIM, IMP gen bölgelerinde pozitiflik saptanmamıştır. MBL üretimi fenotipik testlerde yüksek oranda saptanmasına rağmen moleküler yöntemlerle tespit edilememiştir. PZR'de daha çok sayıda gen bölgesi bakılması fenotipik testlerin güvenli bir şekilde duyarlılık ve özgüllüğünün belirlenmesini sağlar.
Özet (Çeviri)
Acinetobacter bacteria are nonfermentative, oxidase-negative, aerobic, gram-negative microorganisms. Acinetobacter infection treatment is frequently difficult due to multi drug resistant isolates including broad spectrum betalactam, fluoroquinolone and aminoglycoside antibiotics. In this situation preferred drug is carbapenem for Acinetobacter infections. However, carbapenem resistant Acinetobacter spp. isolation rate is increasing in the world. Metallobetalactamases (MBL) are found in class B betalactamase, have capacity of hydrolyzing all betalactams including carbapenem antibiotics except aztreonam. Carbapenem resistant species should be detected in routine microbiology laboratory for preventing the antibiotic resistance spread and choosing best treatment. Genotypic is the most reliable method and scientists are studying for developing cheap and easy phenotypic tests alternative to genotypic. For this purpose phenotypic and genotypic metots applied to detect presence of metallobetalactamase causing carbapenem resistance on Acinetobacter baumannii isolates. In this study, 103 carbapenem resistance A. baumannii strains are included. Species level identification and antibiotic sensitivity of strains are determined with MALDI-TOF MS (Biomeriux, France) automatised system and Vitek2 Compact (Biomeriux, France) respectively. In order to identify metallobetalactamase, phenotypic and genotypic methods are performed. For fenotypical tests; double disk synergy test (DDST), combined disk difusion test (CDDT), modified hodge test (MHT) and carbapenemase inactivation test (CIT) are performed. Multiplex PCR is performed in order to determine NDM, VIM, IMP gene areas are responsible for production of MBL on A. baumanni isolates. The maximum positive results were obtained at CIT in phenotipic tests. DDST and CDDT follow CIT with 94.1% and 86.4% positiveness ratio respectively. The minimal positiveness ratio with 70.8% is found in MHT. In all performed PCRs, images are determined on NDM, VIM, IMP gene areas bands that used for control, however in NDM, VIM, IMP genes areas of any clinical strains, positiveness are not determined. Although MBL production is determined with phenotypic methods highly, it is not determined with molecular methods. Searching more gene area on PCR provides to determine sensitivy and specificity of phenotypic tests safely.
Benzer Tezler
- Hastane enfeksiyonu etkeni olan karbapenem dirençli A. calcoaceticus-A. baumannii kompleks izolatlarındaki yaygın karbapenemaz genlerinin in house multipleks PCR ile araştırılması ve metallobetalaktamaz üretiminin fenotipik yöntemle saptanması
Investigation of the extensive carbapenemase genes in carbapenem resistant A. calcoaceticus-A. baumannii complex isolates that the cause of nosocomial infections by in house multiplex PCR and detection of metallobetalactamase production by phenotypic method
HİLAL BÖLÜKBAŞI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ KUDRET ADİLOĞLU
UZMAN UFUK ÖNDE
- Acinetobacter baumannii klinik suşlarının fenotipik ve genotipik özelliklerinin araştırılması
Investigation of phenotypic and genotypic characteristics of acinetobacter baumannii clinical isolates
NEZAHAT KOŞAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıHitit ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE SEMRA GÜRESER
- Acinetobacter baumannii izolatlarında biyofilm üretimi ve kolistin duyarlılıklarının biyofilm formasyonunda araştırılması
Investigation of biofilm formation in acinetobacter baumannii isolates and their colistin susceptibilties in biofilm formation
FİKRİYE MİLLETLİ SEZGİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET YILMAZ ÇOBAN
- Klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli acinetobacter baumannii izolatlarında karbapenemazların moleküler yöntemlerle incelenmesi
Investigation of carbapenemases by molecular methods in carbapenem-resistant acinetobacter baumannii isolates isolated from clinical specimens
NURSEDA BÜRKÜK
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ORHAN BAYLAN
- Farklı klinik örneklerden izole edilen çoğul dirençli acinetobacter baumannii izolatlarında tigesiklin, kolistin direncinin disk difüzyon, e-test ve otomatize sistem yöntemleri ile karşılaştırılması
Comparison of disc diffusion, e test and automated system methods for the determination of resistance to tigecyclin and colistin by multiple resistant acinetobacter baumanii isolates which isolated from different samples
NURİYE İSMİHAN ECE AKKÖK
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
MikrobiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MURAT ARAL