Proteomiks çalışmalarında fosfopeptitlerin spesifik olarak zenginleştirilmesi ve kütle spektrometrisi ile tayini için polikatyonik malzemelerin geliştirilmesi
Development of polycationic materials for specific enrichment and mass spectrometric detection of phosphopeptides in proteomic studies
- Tez No: 522208
- Danışmanlar: PROF. DR. BEKİR SALİH, DOÇ. DR. ÖMÜR ÇELİKBIÇAK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Kimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 87
Özet
Fosforilasyon canlı organizmaların hücre döngüleri içerisinde proteinler için en çok karşılaşılan translasyon sonrası modifikasyondur (post-translational modification, PTM) ve kinaz sinyal yollarıyla düzenlenmektedir. Bu sinyal döngüsü esnasında meydana gelen sorunlar genellikle kanser, diyabet, kronik iltihaplı veya nörodejeneratif hastalıklarla ilişkilendirilmektedir. Bu nedenle, fosforilasyonları tanımlayarak hücre içerisindeki kinaz aktivitesini izlemek amacıyla farklı analitik yaklaşımlar geliştirilmiştir. Fosforilasyonun tanımlanması bu hastalıkların ardında yatan nedenlerin anlaşılması ve tedavi edici yaklaşımların ortaya koyulabilmesi açısından büyük yarar sağlamaktadır. Protein fosforilasyonlarının tanımlanması amacıyla genellikle kütle spektrometrisi kullanılmaktadır. Kütle spektrometrisinin birçok avantajına rağmen, ortamda bulunan bol miktardaki fosfatlanmamış peptitlerin varlığında, fosfopeptitlerin tayin edilmesi oldukça zordur. Ayrıca kütle spektrometrik şartlarda fosfopeptitlerin iyonlaşma etkinlikleri, yapılarında bulunan fosfat gruplarının baskınlığı nedeniyle, fosforilasyona uğramamış emsallerine göre oldukça düşüktür. Bu nedenle, fosfoproteomik verilerin başarılı bir şekilde değerlendirilebilmesi için kütle spektrometrik analizler öncesinde fosfopeptitlerin, içinde bulundukları karmaşık ortamdan alınarak saflaştırılmaları amacıyla yüksek seçiciliğe sahip zenginleştirme metotlarının geliştirilmesi gerekmektedir. Bu çalışmada, kolay ve ucuz bir yöntem ile polimerik malzemeler sentezlenmiş, bu polimerik malzemelerin MALDI-MS uygulamalarında kullanılabilecek yüksek seçiciliğe ve etkinliğe sahip olup olmadıkları ve fosfopeptit zenginleştirme uygulamalarındaki performansları incelenmiştir.
Özet (Çeviri)
Phosphorylation is the most common post-translational modification and is regulated by kinase signaling pathways. Defects in this pathway may be related to various diseases such as cancer, diabetes, chronic inflammatory diseases or neurodegenerative diseases. Therefore, different analytical approaches have been developed to identify phosphorylation for following kinase activity in cells. The identification of phosphorylation may be helpful to understand the reasons behind disease conditions and in developing new therapeutic approaches. Mass spectrometry is generally used for monitoring changes in protein phosphorylation. However, even with the advantages of mas sspectrometry, it is difficult to detect phosphorylated peptides in the presence of high abundance of non-phosphorylated peptides. Furthermore, the ionization efficiencies of phosphorylated peptides are lower than those of their non-phosphorylated counterparts due to the presence of phosphorylated sites on the structure. Thus, the development of highly specific enrichment methods for phosphopeptides for complex mixtures has been necessary prior to their mass spectrometric analysis for the successful evaluation of phosphoproteomics data. Therefore, polymeric gel based materials were synthesized following an easy and inexpensive process, and their highly specific and efficient phosphopeptide enrichment performance in MALDI-MS applications were investigated in this study.
Benzer Tezler
- Matriks yardımlı lazer desorpsiyon/iyonlaşmalı kütle spektrometrisinde yapılacak proteolitik parçalanma temelli proteomik çalışmaları için, enzim immobilize edilmiş sol-jel yüzeylerin geliştirilmesi
Development of proteolytic enzyme immobilized sol-gel target surfaces for digestion based proteomic studies in matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry
ÖZLEM DEMİREL
- Malign perikard efüzyonunda proteomiks analizi ve malignite ile ilişkili protein profilinin belirlenmesi
Proteomic analysis of malignant pericard effusion and finding of protein profile which is related malignancy
SABİYE YILMAZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2009
BiyokimyaKocaeli ÜniversitesiKardiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLEK URAL
YRD. DOÇ. DR. MURAT KASAP
- Buğdayda kahverengi pas hastalığında bazal savunmada rol alan aday pampların proteomiks yaklaşımı ile incelenmesi
Examination of candidate pamp's role playing in basal defense in wheat brown rust disease with proteomic approach
MERVE ÇETİNTÜRK
- Graves hastalığı ve toksik multinodüler guatr'da tiroid dokusunun protein ekspresyon seviyelerinde oluşan farklılıkların proteomiks yaklaşımlar kullanılarak belirlenmesi
Determination of differences in protein expression levels of thyroid tissue in graves' disease and toxic multinodular goiter using proteomics approaches
DUYGU TEMİZ KARADAĞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıKocaeli Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BERRİN ARSLAN
- Türk propolisi ekstraktlarının prostat kanser hücre serilerinin proteomiğine etkisi
The effect of Turkish propolis extracts on proteome of prostate cancer cell lines
YAŞAM BARLAK
Doktora
Türkçe
2009
BiyokimyaKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ORHAN DEĞER