Molecular characterization of peptidyl-prolyl-cis/trans-isomerases (ppiases) and identification of their interacting partners in nosocomial pathogen clostridium difficile
Peptidil-prolil-cis/trans- izomerazlarlnln (ppiazlarln) nozokomiyal patojen clostrıdıum dıffıcıle'de moleküler karakterizasyonu ve etkileşim ortaklarının tanımlanması
- Tez No: 524860
- Danışmanlar: PROF. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları, Biotechnology, Genetics, Clinical Microbiology and Infectious Diseases
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 71
Özet
Clostridium difficile, dünya genelinde hastane kaynaklı enfeksiyonlara yol açan, toksin üreten bir patojendir ve Clostridium difficile enfeksiyonu (CDE) hastalığına neden olur. Toksinin neden olduğu CDE'nin fenotipi hafif ishalden toksik megakolona kadar değişir ve bu hastalık ölümle sonuçlanabilir. Peptidil-prolil-cis/trans-izomerazlar (PPİazlar), protein katlama ve şaperon aktivitelerine sahip proteinlerdir. Bu şekilde, bir yandan, genel protein olgunlaşma aşamalarının bir parçasıdırlar. Öte yandan, önemli fizyolojik veya patojenik özelliklerle ilgili fenotipleri destekleyen çok spesifik protein-protein etkileşimlerine dahil olabilirler. Gram-pozitif bakterilerde en çok analiz edilen PPİazlar, Bacillus subtilis'e ait yüzeyde ve membrana bağlı parvulin PrsA ve bunun Listeria monocytogenes, streptokoklar ve stafilokoklardaki homologlarıdır. Bu mikroorganizmalarda antibiyotik direnci, hemoliz veya invazyon gibi çeşitli fenotiplerle alakalı post translokasyonel protein katlama enzimleridirler. Hatta B. subtilis'te PrsA hücre canlılığı için bile gereklidir. Bununla beraber C. difficile PPİazları, biyokimyasal ve biyolojik açıdan araştırılmamış olup bu patojenin fizyolojisi ve virülansına katkıları bilinmemektedir. Bu çalışma dahilinde C. difficile'de siklofilin tipi PPİaz PpiB'yi analiz ettik ve bu enzimin sistein metabolizması. Ayrıca PpiB bu patojenin toksik etksinin baskılanmasıyla alakalı olabilir ve bu konu daha detaylı çalışılması gerekir. Dahası, PpiB'nin bazı proteinlerle etkileşebileceğini gösterdik fakat olası etkileşim ortaklarının PpiB'nin protein katlanması, toksin üretimi ve salınımını, DNA etkileşimi ve gen regülasyonu gibi çeşitli hücresel mekanizmalardaki rolünü anlamak için bu etkileşim ortaklarının daha fazla analize ihtiyaç duyduğu sonucuna vardık.
Özet (Çeviri)
Clostridium difficile is a toxin producing enteric pathogen leading to often hospital acquired infections worldwide. It causes the disease Clostridium difficile infection (CDI). The phenotype of the toxin caused CDI ranges from mild diarrhea to toxic megacolon and can result in death. Peptidyl-prolyl-cis/trans-isomerases (PPIases) are ubiquitous proteins with protein folding and chaperoning activities. As such they, on the one hand, are part of the very general protein maturation pathway. On the other hand, they can be involved in very specific protein-protein interactions supporting unique phenotypes related to important physiological or pathogenic features. In Gram-positive bacteria the most analysed PPIases are the surface exposed and membrane-associated parvulins PrsA of Bacillus subtilis and its homologs in Listeria monocytogenes, streptococci and staphylococci. These are post-translocational protein folding enzymes that have been connected to several phenotypes including antibiotic resistance, hemolysis or invasion. In B. subtilis PrsA is even essential for cell viability. In contrast, C. difficile PPIases are completely unexplored regarding their biochemical and biological properties. We analysed the cyclophilin-type PPIase PpiB of C. difficile and found that this enzyme could be associated with the cysteine metabolism. Besides, PpiB can repress the toxic effect of the pathogen, which should be studied more detailed. Furthermore, we found that PpiB interacts with other proteins but the interaction partners need further analysis to understand the role of PpiB in various cellular mechanisms like protein folding, toxin production and secretion, DNA interaction and gene regulation.
Benzer Tezler
- Fibrosarkoma ve deri fibroblast hücre hatlarının karşılaştırmalı proteomik analizleri
Comparative proteomic analysis of fibrosarcoma and skin fibroblast cell lines
ÖĞÜNÇ MERAL
- Yeni anti-theilerial ilaçların geliştirilmesi için theileria annulata peptidil prolil izomeraz geninin klonlanması ve inhibitör adaylarının in silico incelenmesi
Theileria annulata peptidyl prolyl isomerase gene cloning and in silico analysis of candidate inhibitors for new anti-theilerial drug design
SEZEN SPAHI
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLEK BALIK
- Gama radyasyonu ile çeltik (Oryza sativa L.) çeşitlerinde tuzluluk toleransının teşviki
Inducing salt tolerance in rice (Oryza sativa L.) varieties by gamma radiation
ALP AYAN
- Rumen bakteri ve funguslarının bazı enzimlerinin moleküler düzeyde karakterisazyonu
Molecular characterization of some enzymes in rumen bacteria and fungi
HALİT YÜCEL
Doktora
Türkçe
2022
BiyoteknolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiZootekni Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SAİT EKİNCİ
- Bazı yerli koyun ırklarında fekundite ile ilgili gen bölgelerinin moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of fecundity-related gene regions in some native sheep breeds
RAMAZAN AYMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
GenetikTekirdağ Namık Kemal ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FULYA ÖZDİL
DOÇ. DR. YALÇIN YAMAN