Computational investigation of peptide binding affinity and complex stability of major histocompatibility complex (MHC)
Major hıstokompatibilite kompleksinin peptit bağlanma afinitesinin ve kompleks stabilitesinin hesaplamalı araştırılması
- Tez No: 526611
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ PEMRA ÖZBEK SARICA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyofizik, Bioengineering, Biophysics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Majör Histokompatibilite Kompleks Molekülleri (MHC) antijenik peptitlere bağlanarak ve onları T hücre tanınması için hücre yüzeyinde sunarak adaptif immune cevabın düzenlenmesinde özgün bir rol oynayan heterodimerik hücre yüzey glikoproteinleridir. İnsanlarda MHC molekülleri İnsan Lökosit Antijeni (HLA) olarak adlandırılır. HLA-A2 farklı etnik popülasyonlarda yaygın olarak bulunan HLA-A alelidir. HLA-A*02:01 HLA-A2 alel varyantları arasında en yaygın olan ve HLA-A2 sınırlı sitotoksik T lemfosit cevaplarını çalışmak için çoğunlukla kullanılan alleldir. Son zamanlarda çalışmalar peptit temelli aşıların tasarlanması üzerine odaklanmıştır bu nedenle peptit immunojenitesini etkileyen faktörler detaylı araştırmalar için popüler konu olmuştur. Çeşitli çalışmalar o peptit immunojenitesi için afinite ve stabilitenin iki en önemli parametre olduğunu ileri sürmektedir. Bu yüzden, peptit bağlanma afinitesini ve peptit-MHC kompleks stabilitesini araştırmak için, çeşitli hesaplamalı teknikler kullandık. 12 peptit-HLA-A*02:01 kompleksi için DockTope web sunucusunu kullanarak moleküler doking çalışmaları gerçekleştirdik. Ardından, modellenmiş yapıların 100 ns parallel moleküler dinamik simülasyonlarını OPLS-AA/L potansiyel enerji fonksiyonunu kullanarak 310 K ve 473 K de gerçekleştirdik. Son aşamada, çiftli aminoasit etkileşim enerjilerini gRINN aracılığıyla hespladık ve bu 12 peptit-HLA-A*02:01 kompleksinin gözlenen stabilite farklılıklarında önemli rol oynayan kritik rezidüleri ortaya çıkardık. Sonuç olarak, hesaplamalı sonuçlarımız peptit immunojenitesi için stabilitenin daha anlamlı parametre olduğunu gösteren deneysel çalışmalarla aynı doğrultudadır.
Özet (Çeviri)
Major histocompatibility complex (MHC) molecules are heterodimeric cell surface glycoproteins playing a novel role in the regulation of the adaptive immune response by binding antigenic peptides and presenting them at the cell surface for T cell recognition. In humans, MHC molecules are called as Human Leukocyte Antigens (HLA). HLA-A2 is the most common HLA-A allele in different ethnic populations. Among the HLA-A2 allelic variants, HLA-A*02:01 is the most frequent one and it is commonly used to study HLA-A2-restricted cytotoxic T lymphocyte (CTL) responses. Recently, studies have focused on designing peptide based vaccines; hence the factors affecting the peptide immunogenicity has become a popular subject for detailed studies. Several studies proposed that affinity and stability are the two most significant parameters for peptide immunogenicity. Therefore, in order to investigate the peptide binding affinity and the stability of peptide-MHC complexes, we have employed various computational techniques. We performed molecular docking studies for 12 peptide-HLA-A*02:01 complexes using DockTope web server. Then, we carried out 100 ns parallel molecular dynamics simulations for the docked structures using GROMACS software with the OPLS-AA/L all-atom force field at 310 K and 473 K. In the final step, we calculated pairwise amino acid non-bonded interaction energies via gRINN tool and revealed the critical residues that play a role in the observed stability differences for these 12 peptide- HLA-A*02:01 complexes. As a result, our computational results are found to be inline with the experimental studies demonstrating that stability is a more significant parameter for peptide immunogenicity and that computational methods can also be used for the future studies in terms of determining stability of a peptide complex.
Benzer Tezler
- Enflamatuvar hastalıkların tedavisinde kullanılmak üzere yeni kaspaz-1 inhibitörlerinin in silico ve in vitro yöntemlerle araştırılması
Investigation of new caspase-1 inhibitors for use in the treatment of inflammatory diseases by in silico and in vitro methods
BENGÜ SEMA MUTAFOĞLU
- Investigation of protonation state dependent conformational dynamics of the nucleotide binding domain of Hsp70 protein homolog DnaK via computational methods
Hsp70 protein homoloğu DnaK'nin nükleotit bağlanma alaninin protonlanma haline bağlı konformasyonel dinamiklerinin hesapsal yöntemlerle incelenmesi
UMUT ÇAĞAN UÇAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
İstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Over kanser tedavisinde reseptör hedefli in siliko ligand tasarımının in vitro incelenmesi
In vitro investigation of receptor targeted in silico ligand design in ovarian cancer therapy
HİLAL ŞENTÜRK
Doktora
Türkçe
2024
Bezm-İ Alem Vakıf ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
Yükleniyor...
- Investigation of mutations in penicillin binding proteins in vancomycin-resistant enterococci and development of new ınhibitors as drug alternatives
Vankomisine dirençli enterokoklarda penisilin bağlayan proteinlerdeki mutasyonlarin araştirilmasi ve ilaç alternatifi olarak yeni inhibitörlerin geliştirilmesi
NEŞE ÇAĞLAYAN
Doktora
İngilizce
2024
Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiMedikal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Terapötik peptid yüklü polimerik nano ilaç formülasyonlarının geliştirilmesi ve moleküler modelleme çalışmaları ile incelenmesi
Development of therapeutic peptide-loaded polymeric nano drug formulations and investigation of their structures with molecular modeling studies
BİLGE BIÇAK