Co-expression Pairs and Modules (CoEX-PM): A Shiny application and an example case study on chromogranins
Ko-ekspresyon çiftleri ve modülleri (CoEX-PM): Bir Shiny aplikasyonu ve kromograninler üzerinde bir örnek olay incelemesi
- Tez No: 526750
- Danışmanlar: DOÇ. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoistatistik, Biology, Biostatistics
- Anahtar Kelimeler: Gen ifadesi, Genetik korelasyon, Uygulama yazılımı, Gene expression, Genetic correlation, Application software
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Nörobilim Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoenformatik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Gen ekspresyon profillerinin, özellikle alternatif metodlar yetersiz ve etkisiz kaldığında, etkin tümörijenez ve metastaz bio-belirteçleri oldukları kanıtlanmıştır. Bununla birlikte, yüksek verimli protokoller aracılığıyla elde edilen büyük veri kümelerini analiz ederek gen ekspresyon profilleri bulmaya çalışmak zorlu olabilir. R programlama dilinde bu tip analizleri kolaylaştıran çok sayıda yazılım paketi ücretsiz kullanıma açık şekilde yer almaktadır. Fakat, R'yi etkili bir şekilde kullanmak için gerekli olan nispeten sarp öğrenme eğrisi, bu paketlerin kullanılmasını kimi zaman engellemektedir. Bu tez kapsamında R programlama dili ve shiny paketini kullanarak CoEX-PM aplikasyonunu geliştirdim. CoEX-PM uygulaması, insan Affymetrix mikrodizi verilerini kullanır ve kullanıcıların çift yönlü korelasyon grafikleri oluşturmasına, kullanıcı tarafından seçilen GEO veri kümeleriyle meta-korelasyon analizi gerçekleştirmesine ve ilgili genler için WGCNA programı ile birlikte ko-ekpresyon gen modülleri oluşturmasına olanak tanır. CoEX-PM tüm bu analizleri gerçekleştirmesi için kullanıcıya bir arayüz sağlar, bu nedenle herhangi bir kodlama bilgisi veya tecrübesi gerektirmemektedir. Pheochromocytoma (PCC) ve nöroblastoma (NB), sırasıyla yetişkinlerde ve çocuklarda sık görülen nöral-krest kaynaklı tümörlerdir ve her ikisi de yüksek oranda morbidite ve mortalite ile ilişkilidir. Ek olarak, her iki tümör tipi de nöroendokrin tümör (NET) özelliklerini gösterir. Kromogranin A (CgA), orta derecede hassas ve spesifik olmayan bir nöroendokrin tümör markörü olarak rapor edilmiştir. Kromogranin ailesinin 7 üyesi vardır, bunlardan üçü kromogranin (CgA), kromogranin B (CgB) ve sekretogranin II (SgII) veya kimi zaman kromogranin C (CgC) olarak adlandırılır. Kromogranin / secretogranin aile üyelerinin PCC ve NB'de farklı ko-ekspresyon şekilleri gösterip göstermedikleri bilinmemektedir. Bu tezde, nöroendokrin tümör veri kümeleri üzerinde CoEX-PM uygulaması kullanılarak kromogranin / secretogranin paralog gen ailesinin gen ekspresyon imzaları analiz edilmiş, gen ağlarındaki ko-ekspresyon derecesi araştırılmıştır. Bulgular, kromogranin ekspresyon seviyesi ile bağlantılı, PCC ve NB'de özlü ve yüksek düzeyde birlikte ifade edilen fonksiyonel bileşenlerin varlığını göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Gene expression signatures have been proved to be effective biomarkers of tumorigenesis and metastasis especially when alternative methods are inconvenient or ineffective. Nevertheless, handling very large datasets obtained via high-throughput protocols to extract gene expression signatures may prove challenging. A great number of software packages that facilitate such analyses have been written in R programming language are publicly available and free. However, the relatively steep learning curve that is required to use R proficiently prevents the utilization of these packages. I have developed the Shiny application Co-expression Modules and Pairs (CoEX-PM) using R programming language and the R package shiny. The CoEX-PM application handles human Affymetrix microarray data and enables users to generate pairwise correlation plots, conduct meta-correlation analysis with user-selected GEO datasets along with co-expression module generation by WGCNA program for genes of interest. The CoEX-PM application provides the user with a GUI, therefore, does not require any coding knowledge to perform the analyses. Pheochromocytoma (PCC) and neuroblastoma (NB) are neural-crest derived tumors, common in adults and children, respectively and are both associated with high-rate of morbidity and mortality. In addition, both tumor types display neuroendocrine tumor (NET) characteristics. Chromogranin A (CgA) has been linked with NETs as a moderately sensitive and non-specific tumor marker. The chromogranin family consists of up to seven members, three of which are chromogranin (CgA), chromogranin B (CgB) and secretogranin II (SgII) or occasionally named as chromogranin C (CgC). However, it is not known whether chromogranin/secretogranin family members are differentially co-expressed in PCC and NB. Here, I investigate the degree of co-expression in gene networks by analyzing gene expression signatures of the chromogranin/secretogranin paralogous gene family using CoEX-PM application on neuroendocrine tumor datasets. The findings indicate the presence of concise and highly co-expressed functional components in PCC and NB driven by chromogranin expression signatures.
Benzer Tezler
- Discovering disease-causing genes by network analysis
Hastalığa neden olan genlerin ağ analizi ile bulunması
SAMET TENEKECİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolDokuz Eylül ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ZERRİN IŞIK
- Comprehensive transcriptome analysis of dizygotic twins and their parents with autism spectrum disorders
Otizm spektrum bozukluğuna sahip çift yumurta ikizleri ve ailelerinin kapsamlı transkriptom analizi
KAAN OKAY
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YAVUZ OKTAY
DOÇ. DR. GÖKHAN KARAKÜLAH
- Development of novel tools for cancer diagnosis, prognosis and treatment using intra- or inter-species transcriptome meta-analysis
Tür içi ve türler arası transkriptom meta-analizi kullanılarak kanser teşhisi, prognozu ve tedavisi için yeni araçların geliştirilmesi
HUMA SHEHWANA
Doktora
İngilizce
2017
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- A framework for gene co-expression network analysis of lung cancer
Akciğer kanserinin gen ortak ifade analizi için bir yöntem
ERHAN AKDEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
OnkolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoenformatik Bölümü
DOÇ. DR. TOLGA CAN
YRD. DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON
- Cloning sequencing and expression of L-lactate dehydrogenase gene from Clostridium thermocellum and isolation, characterization and transformation of various cellulolytic, thermophilic, ethanol-producing bacteria
Clostridium thermocellum'dan L-laktat dehidrogenaz geninin klonlanması ekspresyonu ve çeşitli sellülolitik, termofilik, etanol üreten bakterilerin izolasyonu, karakterizasyonu ve transformasyonu
MELEK ÖZKAN
Doktora
İngilizce
2002
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
DOÇ. DR. ZÜMRÜT ÖGEL