SNP moleküler işaretlerine dayalı havuç genetik haritasının geliştirilmesi
Development of carrot genetic map based on SNP molecular markers
- Tez No: 527480
- Danışmanlar: PROF. DR. AHMET İPEK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Ziraat, Biotechnology, Genetics, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Bursa Uludağ Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 60
Özet
Bu araştırmada, havuç bitkisinin Yeni Nesil Sekanslama ile DNA dizilemesi sonrası SNP moleküler işaretleyicilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Araştırmada, 2 havuç ıslah hattının melezi sonucu oluşan F1 bitkisinin kendilenmesiyle 94 adet F2 bitkisi kullanılmıştır. Wisconsin Üniversitesi Biyoteknoloji Laboratuvarı'nda Illumina HiSeq 2000 sisteminde GBS yöntemi ile ApeKI enzimi kullanılarak üretilen her bir F2 bitkisine ait DNA parçaları STACKS bilgisayar yazılımı ile analiz edilmiştir. Analiz sonucunda oluşan genotipler Joinmap 4.0 programına aktarılarak Genetik Bağlantı Haritası oluşturulmuştur. 13 adet Bağlantı Grubu (LG) oluşturulmuş, sayıları 54 ve 215 arasında değişen toplam 1 464 adet SNP moleküler işaretleyicisi harita üzerine yerleştirilmiştir. Bağlantı gruplarının toplam uzunluğu 793,4 cM olarak belirlenmiştir. Haritanın bütünü ele alındığında moleküler işaretleyiciler arası maksimum mesafe 9,5 cM, her bir moleküler işaretleyici arasındaki ortalama mesafe 0,54 cM olarak belirlenmiştir. Havuç genomunda GBS yöntemi ile SNP keşfi açısından dünyada yapılan ikinci araştırma bu tez çalışması olmuştur. Yapılan bu harita ile önemli ekonomik karakterlerin belirlenmesi amacıyla yapılacak QTL çalışmalarına katkıda bulunulacaktır.
Özet (Çeviri)
In the present research, we aimed SNP discovery via Next Generation DNA Sequencing Technology. In the study, 94 plants belonging to F2 were used because of the hybridization of the F1 plant, which is a cross-breeding line of the 2 carrot breeding lines. In the Illumina HiSeq 2000 system in the University of Wisconsin Biotechnology Laboratory, DNA fragments of each F2 plant produced by the GBS method using ApeKI enzyme were analyzed by STACKS computer software. The genotypes that result from the analysis were transferred to the Joinmap 4.0 program and Genetic Linkage Map was created. 13 Link Groups (LG) were created and a total of 1 464 SNP molecular markers ranging from 54 to 215 were placed on the map. The total length of the linking groups was determined as 793.4 cM. When the whole of the map is considered, the maximum distance between the molecular markers is 9.5 cM, and the average distance between each molecular marker is 0.54 cM. The second research on the carrot genome in the world for the discovery of SNP by the GBS method has been the work of this thesis. This map will contribute to QTL studies to determine important economic characteristics.
Benzer Tezler
- Biyocoğrafik soy tayininde kullanılan insersiyon delesyon lokuslarının polimorfizminin belirlenmesi
Başlık çevirisi yok
CEMALEDDİN ARSLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Adli Tıpİstanbul ÜniversitesiFen Bilimleri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. GÖNÜL FİLOĞLU TÜFEK
- Zeytinde (Olea europaea L.) yeni nesil DNA dizileme teknolojisi ile geliştirilen SNP moleküler işaretleyicilerine dayalı genetik haritanın oluşturulması
Development of SNP markers using next generation DNA sequencing technologies and construction of a SNP based genetic map in olive
KÜBRA YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyoteknolojiUludağ ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET İPEK
- Havuç (Daucus carota L.) bitkisinde Rf lokusu ile bağlantılı SNP moleküler işaretleyicilerin GBS yöntemi kullanılarak belirlenmesi ve doğrulanması
Identification and validation of SNP markers linked to Rf locus in carrot (Daucus carota L.) using GBS
SEVİN TEOMAN DURAN
- Kendilenmiş mısır (Zea mays indentata L.) hatlarının moleküler karakterizasyonu ve line X tester analiz yöntemiyle uyum yeteneklerinin belirlenmesi
Molecular characterization of inbred maize (Zea mays indentata L.) lines and determination of compatibility using line X tester analysis method
NERGİZ ÇOBAN
Doktora
Türkçe
2024
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN ÖZKAN
DOÇ. DR. GÖNÜL CÖMERTPAY
- Zeytinin (Olea europaea L.) yağındaki yağ asitlerinin bileşimini etkileyen gen veya gen bölgelerinin SNP moleküler işaretleyiciler kullanılarak haritalanması
Mapping of gene or genes effecting oil composition in olive using snp molecular markers
ALİ CAN KAYA
Doktora
Türkçe
2024
BiyoteknolojiBursa Uludağ ÜniversitesiBitki Islahı Genetiği ve Biyoteknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERYEM İPEK