Biotechnological approaches to the phosphorus cycle: Recombinant phytase production in bacillus subtilis
Fosfor döngüsüne biyoteknolojik yaklaşımlar: Bacillus subtilis'de rekombinant fitaz üretimi
- Tez No: 527515
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ BAHAR SOĞUTMAZ ÖZDEMİR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Genetik, Bioengineering, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yeditepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 82
Özet
Fosfor (P) bütün canlılar için gerekli bir makro besin olarak sınıflandırılmaktadır. Büyüme, protein sentezi, onarım ve enerji kullanımı gibi birçok yaşamsal süreçte kilit rol oynamaktadır. Fosfat (P2O5), P'nin en yaygın inorganik formu, çoğunlukla fitik asit ya da fitat (myo-inositol 1,2,3,4,5,6-hexakisphosphate) formunda bulunmaktadır, fakat bitkiler ve çoğu hayvan tarafından tüketilememektedir. Tarımsal alanlarda, P eksikliğini önlemek için yüksek seviyede inorganik fosfor gübresi kullanılmaktadır. Bu gübrelerin üretimi çoğunlukla fosfat kayalarına bağımlı olduğundan sürdürülemez bir stratejidir. Ayrıca, gübre kullanımı akuatik ortamlarda ötrofikasyona yol açmaktadır, bunun sonucunda ekosistem zarar görmektedir. Fitaz (3.1.3.8), fosfataz ailesinden bir enzim olup fitik asitin myo-inositol ya da daha düşük fosfat esterlerine hidrolize olmasını sağlamaktadır. P eksikliğinin giderilmesinde, özellikle mikrobiyal fitaz enzimi, gübre veya gıda/yem maddesi katkısı olarak kullanılmaktadır. Bu nedenle, çalışmalar hem fosfor döngüsüne hem de ilgili sektörlere katkıda bulunan yüksek verimli enzim üretimine odaklanmıştır. Bu çalışmada, hücre dışı protein salgılama özelliği nedeniyle Bacillus subtilis, recombinant fitaz üretimi için konakçı hücre olarak seçilmiştir. B. subtilis 168 suşundan klonlanan fitaz geni, proteaz yoksunu olan B. subtilis RIK1285 suşuna aktarılmıştır. Rekombinant proteinin hücre dışına lokalizasyonunda sinyal peptidlerinin önemi dikkate alınarak, farklı sinyal peptidleri ile hücre dışı en yüksek fitaz aktivitesi veren transformantlar elde edilmeğe çalışılmıştır. Fitaz aktiviteleri 0.03-0.3 U/mL arası değişkenlik gösteren toplamda yirmi dokuz tane B. subtilis transformantı elde edilmiştir. Seçilen rekombinant plazmidlerin sekanslama sonuçları, kolonilerin lipB ya da dltD sinyal peptidi içerdiğini ortaya çıkarmıştır. Ayrıca farklı büyüme ortamlarının karşılaştırması, besiyerinde bulunan pirinç kepeğinin enzim üretim verimini arttırdığını göstermiştir. Bu çalışma, rekombinant enzim üretim verimini arttırmak için sadece moleküler düzeydeki modifikasyonların değil, büyüme ortamı seçiminin de önemini vurgulamaktadır.
Özet (Çeviri)
Phosphorus (P) is classified as one of the most essential macronutrients for all living organisms. It plays a key role in many vital processes such as growth, protein synthesis, repair and energy utilization. Phosphate (P2O5), the common inorganic form of P, is mostly found as phytic acid or phytate form (myo-inositol 1,2,3,4,5,6-hexakisphosphate), which cannot be consumed by plants and most of the animals. In order to prevent P deficiency, inorganic phosphate fertilizers are excessively used in agriculture. This strategy is unsustainable since these fertilizers are mostly dependent on phosphate rocks. Besides, the use of fertilizers causes eutrophication in aquatic environments, which results in impairment of the ecosystem. Phytase (3.1.3.8) is an enzyme from the phosphatase family, which catalyzes the hydrolysis of phytic acid into myo-inositol and lower phosphate esters. Especially microbial phytase enzyme is used as a fertilizer or sometimes as a food/feed additive to overcome P deficiency. Therefore, studies have been focused on high yield enzyme production, which also has contribution to both phosphorus cycle and relevant industries. In this study, Bacillus subtilis was chosen as the host for recombinant phytase production due to its ability of extracellular protein secretion. Phytase gene was cloned from B. subtilis 168 strain and transferred to B. subtilis RIK1285, a protease deficient strain. Considering the importance of the signal peptide for the secretion, as an integral part of the cloning strategy, signal peptides have been screened from the transformants with varying phytase activity. In total, twenty-nine B. subtilis transformants were obtained with a phytase activity range of 0.03-0.3 U/mL. Sequencing of the selected recombinant plasmids revealed that the colonies contained the signal peptides, lipB or dltD. Also, comparison of different growth media showed that the presence of rice bran increased the efficiency of enzyme production. This study underlines the importance of not only the modifications on a molecular level but also the choice of growth medium for increasing the efficiency of recombinant enzyme production.
Benzer Tezler
- Bitkilerden elde edilecek bazı enzimlerin tekstil proseslerinde kullanılması
The textile applications of some enzymes plants
AYŞE USLUOĞLU
- Optimization of the xylanase production from marine derived Trichoderma pleuroticola 08ÇK001 strain
Denizel türevli Trichoderma pleuroticola 08ÇK001 izolatindan ksilanaz üretiminin optimizasyonu
ORLANDO JAVIER AYOS ONATE
- Establishment of Cas9 endonuclease technology in rye
Çavdarda Cas9 endonükleaz teknolojisinin kullanilmasi
MUHAMMAD ARSLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
ZiraatEge ÜniversitesiTohumluk Bilimi ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EVREN KOBAN BAŞTANLAR
DR. SAMEH SELİM
- Microarray based expression profiling of barley under boron stress and cloning of 3H boron tolerance gene
Bor stresi altında arpa gen ifade profillerinin mikrodizi analizi ile belirlenmesi ve 3H bor tolerans geninin klonlanması
MEHMET TUFAN ÖZ
Doktora
İngilizce
2012
BiyoistatistikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FÜSUN EYİDOĞAN
PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM
- Karadeniz alabalığı (Salmo trutta labrax) germ hücrelerinin kriyoprezervasyonu üzerine bir çalışma
A study on cryopreservation of germ cells in Black Sea salmon (Salmo trutta labrax)
EGE GÜNGÖR
Doktora
Türkçe
2024
Biyoteknolojiİstanbul ÜniversitesiSu Ürünleri Yetiştiriciliği ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYGÜL EKİCİ
DOÇ. DR. TAİJU SAİTO