PTRE / tet off plazmit sistemine oksijen bağımlı yıkım bölgesi eklenerek hipoksik şartlara bağımlı çalışan vektör sisteminin tasarlanması ve iskemik şartlardaki karakterizasyonunun yapılması
Designing a vector system that works in hypoxic conditions by adding oxygen dependent degradation (ODD) domain to ptre / tet-off plasmid system and chacterization of the system in ischemic conditions
- Tez No: 535016
- Danışmanlar: DOÇ. GÜLAY GÜLEÇ CEYLAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Tıbbi Biyoloji, Biyoloji, Genetics, Medical Biology, Biology
- Anahtar Kelimeler: Gen terapisi, Hipoksi, Prolin rezidüsü, Sentetik Biyoloji, Transkripsiyon Faktörü, Gen tedavisi, Prolin, Transkripsiyon-genetik, İskemi, Gene Threapy, Hypoxia, Proline residue, Synthetic Biology, Transcription Factor, Gene therapy, Proline, Transcription-genetic, Ischemia
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
İskemi, dokulara giden kan akımının kesilerek dokuda hücresel metabolizma için gerekli olan oksijen ve glikoz desteğinin ortadan kalkmasıdır. İskemik semptomlar belirgin olmadığı için hastalar zamanında gerekli tedaviyi alamamaktadır. Yapılan bu çalışmada, iskemi hasarlarına karşı etkin bir tedavi geliştirilmesi adına, hipoksi durumunda hedef terapötik protein regülasyonunu tetikleyecek bir gen terapi sistemi geliştirilmesi amaçlanmıştır. HIF-1α hücre içinde oksijen homeostazisi düzenlenmesinde görev alan temel bir transkripsiyon faktörüdür. Hipoksi durumunda, oksijen bağımlı hidroksillenme azaldığı için hücre içi miktarı artar. Bu vasfı, ODD bölgesinin varlığından kazanır. ODD bölgesini, TetR-VP16 transaktivatör proteini ile hibrit hale getirip yeni bir gen sistemi oluşturmak tezin temelini oluşturmaktadır. Bu gen sistemi, transaktivatör ve reportör iki plazmitten oluşmaktadır. Bir plazmitten sürekli olarak kimerik TET-ODD proteini üretilirken, sadece hipoksik durumda hücre içinde stabil kalan TET-ODD transkripsiyon faktörü hedef terapötik gen ekspresyonunu başlatacaktır. Yapılan deneylerde, tasarlanan ODD bağımlı gen sisteminden hipoksik şartlarda hedef protein ekspresyonunda 4 kata kadar artış izlendi (n=3, p<0.05). Ayrıca, western blot ile kimerik TET-ODD proteinin hipoksi stabilizasyonunda 6 katlık fark gözlendi. IF antikor testi ile de TET-ODD protein lokalizasyonunun ağırlıklı olarak sitoplazmada olduğu belirlendi. Ayrıca, yapılan protein modellemeleri ile tasarlanan kimerik proteinin yüksek verimde çalışacak formu ODD-TetR-VP16 transkripsiyon faktörü olarak belirlendi. Tasarlanan TET-ODD gen sisteminin hipoksiye verdiği ilk 6 saat içerisinde yanıt vermesi, iskemik durumlarda gen terapisinde kullanılmak için yararlı ve geliştirilebilir nitelikte olduğunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Tissue hypoxia, or ischemia, is the condition that describes the poor conveyance of oxygen and other vital products to tissues and organs. Ischemia progress silently, patients miss timely and proper treatments. In order to provide cardiovascular protection against ischemia and reperfusion, we are developing a vigilant gene therapy system whose expression level can be automatically up regulated by hypoxic ischemia. HIF-1α is a transcription factor that functions as a master regulator of oxygen homeostasis. HIF-1α protein levels increase under hypoxic conditions because of decreased O2 dependent prolyl-hydroxylation. ODD domain of HIF-1α was used as a switch to turn on the target gene expression in response to hypoxic signal. This hypoxia inducible plasmid system is a double plasmid system: transactivator plasmid and reporter plasmid. Chimeric transcription factor (TET-ODD) is being produced constantly from transactivator plasmid. In hypoxic condition, TET-ODD can stay stabilized in the cell and triggers expression of target gene. Our experiments showed that the ODD-mediated expression could quickly increase 4 fold within 6 hours of hypoxia (n=3) (p<0.05). Also, localization and stabilization of TET-ODD transcription factor was proved by immunofluorescence assay (IF) ad western blotting (WB) analysis. WB results showed that expression of TET-ODD protein increase 6-fold. The IF test showed that ODD linked tTA proteins were localized mainly in the cytoplasm. The ODD-TETR-VP16 protein showed high-ranking hydroxylation stability under hypoxia in protein modelling. From these results, we concluded that this hypoxia inducible double plasmid system could be used therapeutically to switch on genes that have proven beneficial effects in ischemia.
Benzer Tezler
- FDDI tabanlı bir ağ sistemi için etkin bir gerçek zamanlı iletişim yapısının tasarımı
Design of an efficient real time communication structure for an fddi based network system
FEZA BUZLUCA
Doktora
Türkçe
1997
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMRE HARMANCI
- Çok boyutlu gauss süreçlerine dayanan parametrik şekil tanıma yöntemleri ve bu yöntemlerle kalp aritmilerinin belirlenmesi
Parametric pattern recognation methods based on multi dimensional gauss processes and arrhythmias of heart are determined by these methods
GÖKHAN AÇIKGÖZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1993
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiPROF.DR. ERDAL PANAYIRCI
- Gömülü iletken cisimlerin elektromagnetik dalgalar yardımı ile zaman domeninde algılanması
Başlık çevirisi yok
SELÇUK PAKER
Doktora
Türkçe
1998
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BİNGÜL YAZGAN
- İki parçalı rezistif ve kondüktif şeritlerden düzlemsel dalgaların kırınımı
Plane-wave diffractıon by two-part resistive and conductıve strıps
ORHAN BIÇAKÇI
Yüksek Lisans
Türkçe
1993
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiDOÇ.DR. EREN ERDOĞAN
- Üretim planlama ve bir stok takip programı
Production planning and envanter control programming
DURAN YÜCEL