Biyomoleküllere yönelik moleküler damgalanmış polimerler için hesapsal yaklaşım
Computational approach for molecularly imprinted polymers for biomolecules
- Tez No: 535870
- Danışmanlar: PROF. DR. CENK SELÇUKİ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Bilim ve Teknoloji, Biyokimya, Biyoteknoloji, Science and Technology, Biochemistry, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 118
Özet
Moleküler olarak damgalanmış polimerlerin (MIP'ler) hazırlanması zaman alıcıdır. MIP'lerin hazırlanma protokolleri, monomer seçimi, kalıp molekülü için uygun porojen, çapraz bağlayıcı ve stokiyometri oranını içerir. Hesapsal yöntemleri kullanmak, zaman ve maliyeti kısaltabilir. Hedef molekül ve monomerler için başlangıç yapıları oluşturmak için, Spartan 16'da konformasyonel dağılım uygulanmıştır. Kompleksler üzerinde çalışılmıştır. İlk geometriler, moleküler mekanik yöntemle konformasyonel dağılımla elde edildikten sonra, bu geometriler yarı ampirik yöntemlerle hesaplandı. Bir sonraki aşamada, kompleksler arasından enerji olarak en kararlı ve bazı daha az kararlı yapılar seçildi. Bu kompleksler için ayrıca Yoğunluk Foksiyoneli Teorisi (DFT) yöntemi kullanılarak daha yüksek seviyelerde hesaplamalar gerçekleştirildi. DFT çalışmalarında, bu yapılar Gaussian 09'da ωB97XD fonksiyoneli ve 6-311++G(d,p) baz seti ile hesaplanmıştır. MIP sisteminde solvent etkisini gözlemlemek için, hesaplamalarda Polarizable Continuum Model (PCM) kullanılmıştır. Ayrıca çapraz bağlayıcı moleküllerin pre-polimerizasyon kompleksine etkileri incelendi. Hidrojen bağları, moleküler olarak basılmış polimerlerin oluşumu ve stabilitesi için önemlidir. Hidrojen bağı etkileşiminden zayıf etkileşimler de moleküler tanımada etkilidir. Bu çalışmada bu etkileşimler ve MIP üzerindeki etkileri incelendi.
Özet (Çeviri)
Although it is relatively simple to prepare molecularly imprinted polymers (MIPs), it may be time consuming. Preparation protocols of MIPs include selection of monomer(s), proper porogen and crosslinker for template molecule, and relative stoichiometry ratio. Using computational methods may decrease required time and cost. To generate input structures for the target molecule and the monomers, conformational distribution in Spartan 16 was used. The complexes were studied in several ratios. After initial geometries were obtained from conformational distribution by molecular mechanics method, these geometries were calculated by semiempirical methods. In the next stage, selected complexes were used including the most stable ones and some others for further investigation. These complexes are also calculated using higher levels of theory with Density Functional Theory (DFT) method. In DFT studies, these structures were calculated with ωB97XD functional in combination with 6-311++G(d,p) basis set as implemented in Gaussian 09. For observing solvent effect on MIP systems, Polarizable Continuum Model (PCM) was used in calculations. Moreover, the effects of cross-linking molecules on the pre-polymerization complex were investigated. Hydrogen bonds are important for the formation and stability of molecularly imprinted polymers. Dispersion effects are also effective in molecular recognition. In this study, these interactions and their effects on MIP were investigated.
Benzer Tezler
- Flexible multifunctional molecular vector construction for testing affinity applications
Afinite uygulamalarını test etmeye yönelik değişken çok işlevli moleküler vektör tasarımı
HASAN KAHRAMAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CANDAN TAMERLER
YRD. DOÇ. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
- Evaluation of targeted delivery of specific antisense oligonucleotides via engineered exosomes to combat COVID-19 disease using human airway epithelial cell cultures
Mühendislik yöntemleri ile elde edilen eksozom aracılı hedefe yönelik spesifik antisens oligonükleotidlerin COVİD-19 üzerindeki etkilerinin insan hava yolu epitel hücre kültürlerinde değerlendirilmesi
DENIZ MORTAZAVI
Doktora
İngilizce
2024
Moleküler TıpKoç ÜniversitesiHücresel ve Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN BAYRAM
- Termofilik Bacillus licheniformis SO5'den α-amilazın manyetik alan destekli üçlü faz ayırma sistemi ile saflaştırılması ve karakterizasyonu
Purification and characterization of α-amylase from thermophilic Bacillus licheniformis SO5 using magnetic field-assisted three phase partitioning
ŞEYMA ARAS
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyoteknolojiAtatürk ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MELDA ŞİŞECİOĞLU
- Recombinant expression and purification of aquaporins as membrane proteins from halophilic, thermophilic, and cold-adapted microorganisms
Halofilik, termofilik ve soğuk adaptasyonlu mikroorganizmalardan membran proteinleri olarak aquaporinlerin rekombinant ekspresyonu ve saflaştırılması
KADİRCAN CİVELEK
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
DR. ÖĞR. ÜYESİ NACİYE ESRA ATEŞ GENCELİ
- Machine learning and systems biology-based approaches for identification of key biomolecules in liver diseases
Karaciğer hastalıklarında anahtar biyomoleküllerin tanımlanması için makine öğrenmesi ve sistem biyolojisi temelli yaklaşımlar
BETÜL CÖMERTPAY
Doktora
İngilizce
2025
BiyomühendislikAdana Alparslan Türkeş Bilim Ve Teknoloji ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESRA GÖV