Geri Dön

Biyomoleküllere yönelik moleküler damgalanmış polimerler için hesapsal yaklaşım

Computational approach for molecularly imprinted polymers for biomolecules

PDF İndir

  1. Tez No: 535870
  2. Yazar: ERSİN GÜNDEĞER
  3. Danışmanlar: PROF. DR. CENK SELÇUKİ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Bilim ve Teknoloji, Biyokimya, Biyoteknoloji, Science and Technology, Biochemistry, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 118

Özet

Moleküler olarak damgalanmış polimerlerin (MIP'ler) hazırlanması zaman alıcıdır. MIP'lerin hazırlanma protokolleri, monomer seçimi, kalıp molekülü için uygun porojen, çapraz bağlayıcı ve stokiyometri oranını içerir. Hesapsal yöntemleri kullanmak, zaman ve maliyeti kısaltabilir. Hedef molekül ve monomerler için başlangıç yapıları oluşturmak için, Spartan 16'da konformasyonel dağılım uygulanmıştır. Kompleksler üzerinde çalışılmıştır. İlk geometriler, moleküler mekanik yöntemle konformasyonel dağılımla elde edildikten sonra, bu geometriler yarı ampirik yöntemlerle hesaplandı. Bir sonraki aşamada, kompleksler arasından enerji olarak en kararlı ve bazı daha az kararlı yapılar seçildi. Bu kompleksler için ayrıca Yoğunluk Foksiyoneli Teorisi (DFT) yöntemi kullanılarak daha yüksek seviyelerde hesaplamalar gerçekleştirildi. DFT çalışmalarında, bu yapılar Gaussian 09'da ωB97XD fonksiyoneli ve 6-311++G(d,p) baz seti ile hesaplanmıştır. MIP sisteminde solvent etkisini gözlemlemek için, hesaplamalarda Polarizable Continuum Model (PCM) kullanılmıştır. Ayrıca çapraz bağlayıcı moleküllerin pre-polimerizasyon kompleksine etkileri incelendi. Hidrojen bağları, moleküler olarak basılmış polimerlerin oluşumu ve stabilitesi için önemlidir. Hidrojen bağı etkileşiminden zayıf etkileşimler de moleküler tanımada etkilidir. Bu çalışmada bu etkileşimler ve MIP üzerindeki etkileri incelendi.

Özet (Çeviri)

Although it is relatively simple to prepare molecularly imprinted polymers (MIPs), it may be time consuming. Preparation protocols of MIPs include selection of monomer(s), proper porogen and crosslinker for template molecule, and relative stoichiometry ratio. Using computational methods may decrease required time and cost. To generate input structures for the target molecule and the monomers, conformational distribution in Spartan 16 was used. The complexes were studied in several ratios. After initial geometries were obtained from conformational distribution by molecular mechanics method, these geometries were calculated by semiempirical methods. In the next stage, selected complexes were used including the most stable ones and some others for further investigation. These complexes are also calculated using higher levels of theory with Density Functional Theory (DFT) method. In DFT studies, these structures were calculated with ωB97XD functional in combination with 6-311++G(d,p) basis set as implemented in Gaussian 09. For observing solvent effect on MIP systems, Polarizable Continuum Model (PCM) was used in calculations. Moreover, the effects of cross-linking molecules on the pre-polymerization complex were investigated. Hydrogen bonds are important for the formation and stability of molecularly imprinted polymers. Dispersion effects are also effective in molecular recognition. In this study, these interactions and their effects on MIP were investigated.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    251317

    Flexible multifunctional molecular vector construction for testing affinity applications

    Afinite uygulamalarını test etmeye yönelik değişken çok işlevli moleküler vektör tasarımı

    HASAN KAHRAMAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CANDAN TAMERLER

    YRD. DOÇ. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER

  2. Tez No

    778573

    Termofilik Bacillus licheniformis SO5'den α-amilazın manyetik alan destekli üçlü faz ayırma sistemi ile saflaştırılması ve karakterizasyonu

    Purification and characterization of α-amylase from thermophilic Bacillus licheniformis SO5 using magnetic field-assisted three phase partitioning

    ŞEYMA ARAS

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyoteknolojiAtatürk Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MELDA ŞİŞECİOĞLU

  3. Tez No

    879154

    Tuzluluk stresine karşı farklı biyomolekül uygulamalarının marul bitkisinde (Lactuca sativa) verim parametreleri ve antioksidan sistem üzerine etkileri

    Effects of different biomolecule applications against salinity stress on yield parameters and antioxidant system in lettuce plant (Lactuca sativa)

    ŞAFAK ESRA ASLAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyoteknolojiOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DENİZ EKİNCİ

  4. Tez No

    876081

    Multi-omics data integration in the prediction of potential biomarkers and therapeutics in human cancers

    Kanserlerde potansiyel biyobelirteç ve terapötiklerin tahmininde çoklu omik verilerin entegrasyonu

    GİZEM GÜLFİDAN YILDIZ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyomühendislikMarmara Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KAZIM YALÇIN ARGA

    DOÇ. DR. BESTE TURANLI

  5. Tez No

    890655

    Yeşil sentez gümüş nanopartikül katkılı nanofiber ile güçlendirilmiş polimetilmetakrilat (PMMA) rezin kompozitlerin üretilmesi ve antimikrobiyal ve mekanik aktivitelerinin değerlendirilmesi

    Production of polimethylmethacrylate (PMMA) resin composites with green synthesis silver nanoparticles doped nanofiber and evaluation of their antimicrobial and mechanical activities

    MERYEM ERDOĞDU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Diş HekimliğiNecmettin Erbakan Üniversitesi

    Protetik Diş Tedavisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALİ RIZA TUNÇDEMİR

Geri Dön