Geri Dön

Count based clustering and classification of RNA-seq data

RNA dizileme verilerinin kesikli yöntemler ile sınıflandırılması ve kümelendirilmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 535890
  2. Yazar: DİNÇER GÖKSÜLÜK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. AHMET ERGUN KARAAĞAOĞLU
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoistatistik, Genetik, Biostatistics, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Ayırma analizi, Binomial model, Biyoistatistik, Dizi analizi, Dizi analizi-RNA, Gen ifadesi, Genetik, Kümeleme, Sınıflandırma, Separation analysis, Binomial model, Bioistatistics, Sequence analysis, Sequence analysis-RNA, Gene expression, Genetics, Clustering, Classification
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoistatistik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Gen ifade çalışmaları sıklıkla farklı dokularda ve hücre yapılarında genlerin aktivasyon düzeylerini ölçmek amacıyla kullanılmaktadır. Gen ifade verileri gen ekspresyonu, sınıflama ve kümeleme gibi farklı amaçlar için kullanılabilir. Bu tez kapsamında RNA dizilemeden elde edilen gen ifade verilerinin kümelenmesi ve sınıflanması üzerinde durulmuştur. Poisson (PDAA) ve negatif binom (NBDAA) doğrusal ayırma analizleri kesikli, en yakın küçültülmüş küme merkezleri (KKM) ise sürekli yöntemler olarak seçilmiştir. Ayrıca, NBDAA yönteminin bir uzantısı olarak seyrek NBDAA algoritması bu tez kapsamında geliştirilmiştir. Kümeleme analizinde ise k-en yakın kümeler ve hiyerarşik kümeleme algoritmaları sürekli, Poisson ve negatif binom kümeleme algoritmaları ise kesikli algoritmalar olarak seçilmiştir. Sınıflama analizi için farklı senaryolar altında kapsamlı bir benzetim çalışması yapılmıştır. Ayrıca, üç farklı gerçek veri seti kullanılmıştır. Benzetim çalışması aşırı yayılım parametresinin performanslar üzerinde önemli bir etkisi olduğunu göstermiştir. Genel olarak kesikli dağılımlar daha iyi sınıflama performansı göstermiştir. NBDAA yöntemi aşırı yaygın veri setlerinde PDAA yöntemine göre daha iyi performans göstermiştir. Geliştirdiğimiz seyrek NBDAA yöntemi ise NBDAA yöntemine göre sınıflama performansı ve modeldeki değişken sayısı bakımından daha iyi performans göstermiştir. Aynı sınıflama algoritmaları gerçek veri setlerine de uygulanmış ve benetim çalışmasını destekleyici sonuçlar elde edilmiştir. Kümeleme performansları iki gerçek veri setinde kesikli ve sürekli dağılımlar için benzer sonuçlar vermiştir. Kümeleme analizi için hesaplama sürelerinin çok yüksek olması ve on binlerce değişken içeren veri setlerinde uzaklık matrislerinin hesaplanamaması gibi sebeplerden dolayı benzetim çalışması yapılamamıştır. Bu nedenle kümeleme analizi sonuçları için bir genelleme yapılamamıştır. Sonuç olarak, kesikli dağılımlara dayalı yaklaşımlar RNA dizileme verilerinin sınıflamasında öncelikli olarak tercih edilmelidir. Kümeleme analizinde ise kesikli veya sürekli dağılımlar isteğe göre tercih edilebilir. Ancak, kümeleme analizinde verilerin görselleştirilmesi amaçlanıyor ise dönüşüm uygulanması daha iyi grafiksel sonuçlar elde edilmesini sağlayabilir.

Özet (Çeviri)

In molecular biology, gene-expression based studies are frequently used for examining transcriptional activities in different tissue samples or cell populations. Gene expression data can be used for different tasks; e.g differential expression, classification and clustering. In this thesis we focused on clustering and classification of gene expression data obtained from RNA sequencing experiment. Poisson (PLDA) and negative binomial (NBLDA) linear discriminant analyses are selected as discrete, and nearest shrunken centroids (NSC) are selected as continuous classifiers in classification part. We proposed an extension of NBLDA as sparse classifier and compared its performance with other classifiers. In clustering part, we used k-means and hierarchical clustering as continuous, and Poisson and negative binomial clustering as discrete approaches. A comprehensive simulation study is conducted for classification part under different scenarios. Furthermore, we used three different real data sets. Simulation results showed that overdispersion has an important effect on model performances. Overall, discrete models performed better in classification. Among discrete classifiers, NBLDA outperformed PLDA when data set is highly overdispersed. Moreover, our proposed algorithm performed better than NBLDA algorithm in terms of prediction accuracy and sparsity. We also applied the same classifiers to three real data sets and found that results agree with the simulation results. Clustering, on the other hand, is applied to real data sets only. Unlike classification, discrete and continuous clustering approaches performed similar on two real data sets. We did not perform a simulation study for clustering scenarios due to several reasons: (i) simulations were computationally intensive, and (ii) dissimilarity matrices cannot be calculated when data set had several thousands of features. Therefore, we were not able to generalize clustering results. In conclusion, discrete statistical approaches should be preferred for classification while discrete or continuous approaches can be preferred for clustering purpose. However, if visualizing data is of interest in clustering, data should be transformed for better graphical results.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    707140

    Polikistik over sendromunun folikül sayımına dayalı tespitinde görüntü işleme ve evrişimsel sinir ağları kullanımı

    Usage of image processing and convolutional neural networks in detection of polycystic ovary syndrome based on follicle count

    PERİHAN GÜLŞAH GÜLHAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Elektrik ve Elektronik MühendisliğiSelçuk Üniversitesi

    Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜZİN ÖZMEN

  2. Tez No

    888530

    Development of operation and maintenance strategies for offshore wind industry based on big data management

    Büyük veri yönetimi ile açık deniz rüzgar endüstrisinde işletme ve bakım stratejilerinin geliştirilmesi

    UWE LUETZEN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Enerjiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Gemi ve Deniz Teknolojisi Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SERDAR BEJİ

  3. Tez No

    372865

    Karayolları 10. bölge araç trafiği karakteristiği ve benzetim modellemesi

    Traffic characteristics of general directorate of haighways 10th district and simulation modeling

    AMİR GOZALİ KASİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    İnşaat MühendisliğiGazi Üniversitesi

    İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. HİKMET BAYIRTEPE

  4. Tez No

    879799

    Temel klinik veriler ve laboratuvar parametreleri kullanılarak yapay zeka desteğiyle sepsis fenotiplerinin belirlenmesi

    Identification of sepsis phenotypes with artificial intelligence using basic clinical data and laboratory parameters

    MEHMET ÇELİK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Anestezi ve ReanimasyonDemiroğlu Bilim Üniversitesi

    Anesteziyoloji ve Reanimasyon Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA KEMAL ARSLANTAŞ

  5. Tez No

    692525

    TV ve set üstü cihaz arayüz kullanılabilirlik ölçümü

    Usability evaluation of TV and set-top box interfaces

    AYCAN PEKPAZAR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Endüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÇİĞDEM ALTIN GÜMÜŞSOY

Geri Dön