Bacterial expression of an effector protein of yellow rust pathogen and a resistance protein of wheat and characterization of the effector protein
Sarı pas patojenine ait bir efektör proteinin ve buğdaya ait bir direnç proteininin bakteri içinde ifadesi ve efektör proteinin karakterizasyonu
- Tez No: 535991
- Danışmanlar: PROF. DR. MAHİNUR S. AKKAYA, DR. ÖĞR. ÜYESİ SALİH ÖZÇUBUKÇU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 144
Özet
Sarı pas, Puccinia striiformis f. sp. tritici (Pst) patojeninin neden olduğu, dünyanın büyük bölümünde ve ülkemizde buğdayda rastlanan en önemli hastalıklardan birisidir. Patojen popülasyonunun virulanlığındaki hızlı değişimler daha önce dirençli olan varyeteleri hassas hale getirebilir. Bitki-patojen etkileşmesinde görevli ortak veya türe özgü genlerin bulunması bu genlerin görev aldığı biyolojik mekanizmaların anlaşılmasını sağlayacaktır. Bu tez kapsamında şunlar yapılmıştır: Buğdayda, Avr içeren patojen ırklarına karşı direnç gösteren Tayr10 proteini domainlerine ayrılmış ve bu domainleri kodlayan bölgeler E.coli ifade suşları içinde ifade edilmiş ve yeterli ifade miktarına ulaşan domainler İmmobilize Metal Afinite Kromatografisi (IMAC), Ultrafiltreleme ve boyut dışlama kromatografisi (SEC) ile saflaştırılmıştır. Aynı şekilde, Puccinia striiformis f. sp. tritici (Pst) patojeninin buğdayda hastalığa neden olan aday efektörü PstSCR1 proteinini kodlayan geni pstSCR1 E.coli ifade suşları içinde ifade edilerek IMAC, Ultrafiltreleme ve SEC ile saflaştırılmıştır. Çalışılan proteinler içerisinde yapı tayini için elde edilmesi gerekli olan miktar ve saflığa ulaşan protein olan saf PstSCR1 proteini ile, SAXS (Küçük açılı X-ışınısaçılması) ve NMR (Nükleer Manyetik Rezonans) yapı analizleri yapılarak proteinin nanometre düzeyinde üç boyutlu yapısı tayin edilmiştir. Ayrıca, PstSCR1 proteininin sekonder yapısı Dairesel Dikroizm Spektroskopisi (CDS) yöntemiyle belirlenmiş ve proteinin erime noktası (Tm) Diferansiyel Taramalı Florometri (DSF) ile tespit edilmiştir. Elde edilen bilgiler patojenin hastalık oluşturma mekanizması ve olası efektör-direnç proteini etkileşim çalışmaları için moleküler düzeyde önemli ipuçları sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
Yellow rust is one of the most important wheat disease encountered in large parts of the world and in our country caused by a pathogen which is called as Puccinia striiformis f. sp. tritici (Pst). Rapid alterations in the pathogen virulency can make previously resistant varieties susceptible to the disease. Finding out common or species-specific genes, participated in the plant-pathogen interactions will provide an understanding of the biological mechanisms of the disease. Within the scope of this thesis followings were carried out: Coding region of TaYr10 protein, which resists Avr containing pathogen races, were separated into its domains and these domains were expressed in E.coli expression strains and purified by Immobilized Metal Affinity Chromatography (IMAC), Ultrafiltration and Size Exclusion Chromatography (SEC). Similarly, coding gene of the candidate effector protein of Puccinia striiformis f. sp. tritici (Pst), pstSCR1 which causes disease was expressed in E.coli expression strains and purified by IMAC, ultrafiltration and SEC. Among the studied proteins, only PstSCR1 protein achieved the requisite amount and purity to further study the structural analysis. Using the pure PstSCR1 protein, structural analyses were carried out by SAXS and NMR and as a result, 3D structure of the protein was identified in nanometer levels by SAXS. Additionally, secondary structure of the PstSCR1 protein was identified by CDS and the melting point of the protein was determined DSF. The data obtained in these studies provide important clues at the molecular level for the future studies about the disease mechanism of the pathogen and possible effector-resistance protein interactions.
Benzer Tezler
- Investigation of subcellular localization of a yellow rust pathogen effector candidate
Sarı pas patojeni efektör adayının hücre içi lokalizasyonunun incelenmesi
AYŞE ANDAÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA
- Molecular genetic characterization of nod-like receptor 11 (NLRP11) in the regulation of adaptive immune responses
Edinsel bağışıklık cevabının düzenlenmesinde nod-benzeri reseptör 11 (NLRP11)'in moleküler genetik karakterizasyonu
İREM ÖZEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CEREN ÇIRACI
- Bacillus subtilis GntR ailesine ait LutR transkripsiyon faktörünün doğrudan kontrolü altındaki genlerin CHIP ve EMSA yöntemleriyle belirlenmesi
Determination of genes under the direct control of GntR-type transcriptional factor LutR in Bacillus subtilis PY79 by CHIP and EMSA methods
MURAT KEMAL AVCI
Doktora
Türkçe
2015
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYTEN KARATAŞ
- Examination of the correlation between Helicobacter pylori and T cell response with the determination of PD-1 expression level in gastric pathologies
Mide patolojilerinde PD-1 ekspresyon seviyesinin tayini ile Helikobakter pylori ve T hücre cevabı arasındaki korelasyonun incelenmesi
TEVRİZ DİLAN DEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN
- Investigation of the effect of valproic acid, an hdac inhibitor, on the relationship between oxidative stress and autophagy in human eosinophil
İnsan eosinofillerinde valproik asit ile oluşturulan oksidatif stres ve otofaji sonrası bağışık yanıtların incelenmesi
GÖKSU ÜZEL TURAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CEREN ÇIRACI