Lactobacillus plantarum'un moleküler yöntemler ile tanılanması ve genomik anti-faj sistemleri
Identification of Lactobacillus plantarum by molecular methods and genomic anti-phage systems
- Tez No: 537254
- Danışmanlar: PROF. DR. İHSAN YAŞA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: L.plantarum, anti-faj, CRISPR-Cas, L. plantarum, anti-phage, CRISPR-Cas
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 70
Özet
Laktik asit bakterileri (LAB), endüstriyel gıda fermentasyonlarında en sık kullanılan mikoorganizmalardır. LAB'ın probiyotik özelliği, çoklu ilaç dirençliliği, bakteriyosin üretimi, çeşitli enzim aktiviteleri gibi özelliklerinin yanı sıra bakteriyofajlara karşı dirençliliği de endüstriyel kullanım alanlarında önem arz etmektedir. Mikroorganizmalar evrimsel süreçte çeşitli hayatta kalma stratejileri geliştirmişlerdir. Bunlardan biri de genomik anti-faj sistemi olan CRISPR-Cas (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) savunmasıdır. CRISPR düzenli aralıklarla kümelenmiş kısa palindromik tekrarlar olarak tanımlanmaktadır. Bu tekrar dizileri arasına yerleştirilen yabancı genetik elemanların DNA dizileri ile CRISPR ilişkili (cas) genlerinin iş birliği ile gerçekleşen RNA temelli bir immün sistemdir. Bu çalışmada 40 Lactobacillus sp. izolatından Lactobacillus plantarum türlerinin hızlı tanısı, türe spesifik prob ve primerler ile Real-Time PCR 'da gerçekleştirilmiştir. İzolatlardan 25'i Lactobacillus plantarum olarak tespit edilmiştir. Tespit edilen 25 Lactobacillus plantarum için moleküler ve biyoinformatik yöntemler ile genomik anti-faj sistemi olan CRISPR-Cas lokuslarının varlığı araştırılmıştır. L.plantarum'un crispr dizilerine spesifik primer dizaynı gerçekleştirilmiştir. Klasik pcr denemeleri ile L. plantarum izolatlarından 14 'ünde Crispr lokusu saptanmıştır. Sonuçlar NCBI-Blast, CRISPRFinder ve CrisprTarget veritabanları kullanılarak analiz edilmiştir. Lactobacillus plantarum subsp. plantarum nF1-FD straininde 6 repeat ,5 spacer dizisi bulunmuştur. Diğer izolatlarda ise Crispr ilişkili proteinler (Dead/Deah box helikazlar) tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Lactic acid bacteria (LAB) are the most commonly used microorganisms in industrial food fermentations. The multidrug resistance, bacteriocin production, various enzyme activities and probiotic properties of LAB , as well as resistance against bacteriophages are also important in industrial use areas. Microorganisms have developed various survival strategies in the evolutionary process. One of these is the defense of the genomic anti-phage system CRISPR-Cas (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats). CRISPR is defined as clustered short palindromic repeats at regular intervals. This is an RNA-based immune system that is involved in the collaboration of CRISPR-related (cas) genes with DNA sequences of foreign genetic elements inserted between repeat sequences. In this study, rapid diagnosis of Lactobacillus plantarum species from 40 Lactobacillus sp. isolates was carried out in Real-Time PCR with species-specific probes and primers. 25 isolates were identified as Lactobacillus plantarum. For the determined 25 Lactobacillus plantarum, the presence of CRISPR-Cas loci of genomic anti-phage system was investigated by molecular and bioinformatics methods. Specific primer design for L.plantarum crispr arrays was performed. Crispr loci was found in 14 of L. plantarum isolates with classical polymerase chain reaction experiments. The results were analyzed using NCBI-Blast, CRISPRFinder and CrisprTarget databases. At Lactobacillus plantarum subsp. plantarum nF1-FD, 6 repeat, 5 spacer arrays were found. Crispr-related proteins (Dead / Deah box helicases) were detected in other isolates.
Benzer Tezler
- Bazı içilebilir fermente süt ürünlerinden identifiye edilen bakterilerin probiyotik özelliklerinin yakult üretiminde kullanılan lactobacillus casei shirota suşu ile karşılaştırılması
Comparison of probiotic properties of bacterias identified from fermented milk beverages and yakult microorganism lactobacillus casei shirota
YUSUF BİÇER
Doktora
Türkçe
2019
Besin Hijyeni ve TeknolojisiSelçuk ÜniversitesiVeteriner Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim dalı
PROF. GÜRKAN UÇAR
- Muş yöresindeki yoğurtlardan lactobacillus plantarum izolasyonu ve plazmit içeriklerinin belirlenmesi
Lactobacillus plantarum isolation in the region of Muş yoghurt and determination of plazmi̇d profi̇les
KAYHAN MANĞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyolojiMuş Alparslan ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. YUSUF ALAN
- Ekşi hamur fermantasyonunda etkili olan laktik asit bakterilerinin ve mayaların belirlenmesi ve bunlardan elde edilen sıvı ekşi hamurun ekmek kalitesi üzerine etkisi
Identification of predominant lactic acid bacteria and yeasts isolated from sourdoughs and the effect of liquid sourdough obtained from those selected cultures on bread qualty
GÜLTEN YAĞMUR
Doktora
Türkçe
2013
Gıda MühendisliğiÇukurova ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN ERTEN
- Fermente gıdalardan Lactobacillus plantarum'un izolasyonu ve plazmit içeriklerinin belirlenmesi
Lactobacillus plantarum isolation from fermented food and determination of its plasmid profiles
YUSUF ALAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
BiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. METİN DIĞRAK
- Kahramanmaraş ve yöresinde geleneksel olarak üretilen ekşi hamur örneklerinden laktik asit bakteri izolasyonu, antibiyotik dirençliliği, plazmid içeriklerinin belirlenmesi
Isolation, determination of plasmid content and antibiotic resistance of lactic acid bacteria from sour dough producted traditional in Kahramanmaraş and region
ZELAL AKSOY
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
BiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. METİN DIĞRAK