Alzheimer hastalığında long non-coding RNA (LNCRNA) profillerinin araştırılması
Investigation of long non-coding rna (LNCRNA) profiles in alzheimer's disease
- Tez No: 537784
- Danışmanlar: DOÇ. DR. AYŞE GAYE TOMATIR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Alzheimer, Long non-coding RNA, qRT-PCR, mikrodizin, Alzheimer, long non-coding RNA, qRT-PCR, microarray
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Pamukkale Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 91
Özet
Alzheimer Hastalığı (AH), ileri yaşta en sık görülen, hücre dışında amiloid beta plak birikimi, hücre içinde nörofibriler yumaklar ve sinir sisteminde nöron kayıplarıyla karakterize nörodejeneratif bir hastalıktır. Uzun kodlamayan RNA' ların (long non-coding RNA= lncRNAs) gen ekspresyonunu transkripsiyonel, post-transkripsiyonel ve epigenetik düzeyde regüle edebildikleri bilinmektedir. Son araştırmalarda birçok lncRNA'nın AH' de sinir sisteminde amiloid beta (A) üretimini ve sinaptik kaybı regüle ettiği gösterilmiştir. Araştırmamızda AH' de ekspresyonları değişen ve hastalığın patogenezine katkısı olabileceğini düşündüğümüz lncRNA' ları belirlemeyi amaçladık. Pamukkale Üniversitesi Tıp Fakültesi Nöroloji Anabilim Dalı'na başvuran hastalardan (23 kişi Alzheimer hastası; 33 kişi kontrol grubu) gönüllü onam formu ve etik kurul izni ile periferik kan örnekleri alındı. AH'de lncRNA' ların değişen ekspresyonlarını incelemek için, muhtemel AH teşhisi alan bireylerin (n=4) ve sağlıklı kontrol gruplarının (n=4) periferik kan-mononükleer hücrelerinden (peripheral blood mononuclear cells=PBMC) elde edilen total RNA'lar mikrodizin analizi ile değerlendirildi. Analiz sonucu kat değişimi en fazla olan (fc1.5) lncRNA'lar belirlenerek, hasta ve kontrol gruplarında kantitatif eş zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qRT-PCR) ile bazı lncRNA'ların ekspresyon değişimleri araştırıldı. Çalışmamızda Alzheimer hastalığı ile ilişkili olabilecek lncRNA'ların profilleri belirlendi. Mikrodizin analizi sonucunda toplamda 31 downregüle ve 41 upregüle lncRNA saptanmış olup bu lncRNA'lardan, lnc-AL445989.1-2, LINC01420, TTC39C-AS1, lnc-CSTB1 ve LOC728763' ün ekspresyonları qRT-PCR ile değerlendirildi ve doğrulandı. AH PBMC lncRNA profilleri KEGG analizi ile değerlendirildiğinde; lncRNA'ların bazı metabolik yolaklarla anlamlı ilişkisi belirlendi. Bunlar TNF sinyal yolağı, PI3K/AKT, Ras, MAPK yolakları; glutamerjik, dopaminerjik, kolinerjik sinapslar; GABA ve nörotrofin sinyal yolaklarıdır. Araştırmamız, mRNA'lara göre daha doku-spesifik olan lncRNA'ların, AH PBMC' lerinde lncRNA profillerinin belirlenmesi açısından ilk olma özelliği taşımaktadır. Bu bulguların AH patogenezinde bilgi verici rolü olduğunu ve ileriki çalımalarla desteklenebileceğini düşünmekteyiz.
Özet (Çeviri)
Alzheimer's Disease (AD) is a neurodegenerative disease characterized by accumulation of extracellular amyloid beta plaques, neurofibrillary tangles within the cell, and neuronal loss in the nervous system, the most common in elderly. Long non-coding RNAs (lncRNAs) are known to regulate gene expression at transcriptional, post-transcriptional, and epigenetic levels. Recent studies have shown that many lncRNAs regulate amyloid beta (Aβ) production and synaptic loss in the nervous system in AD. In our study, we aimed to determine the expression of lncRNAs in AD which may alter expression and contribute to the pathogenesis of the disease. Peripheral blood samples were obtained from patients admitted to the Neurology Department of Pamukkale University Medical Faculty (23 patients with Alzheimer's disease, 33 control group) with voluntary consent form and ethics committee. Total RNA obtained from peripheral blood mononuclear cells (PBMC) of subjects with probable AD (n = 4) and healthy control groups (n = 4) was examined to determine the altered expression of lncRNAs in AD were evaluated by microarray analysis. LncRNAs with the highest end-to-end fold change (fc 1.5) were identified and quantified by quantitative real time polymerase chain reaction (qRT-PCR) in patient and control groups were confirmed. In this study, the profiles of lncRNAs that may be associated with Alzheimer's disease were determined. A total of 31 downregulated and 41 upregulated lncRNAs were detected as a result of microarray analysis. From these lncRNAs, expression of lnc-AL445989.1-2, LINC01420, TTC39C-AS1, lnc-CSTB1 and LOC728763 were confirmed by qRT-PCR. When assessed by KEGG analysis of AD PBMC lncRNA profiles; LncRNAs were significantly associated with some metabolic pathways. These include TNF signaling pathway, PI3K/AKT, Ras, MAPK pathways; glutamergic, dopaminergic, cholinergic synapses; GABA and neurotrophin signaling pathways. Our study is the first to identify lncRNA profiling in AH PBMCs of more tissue-specific lncRNAs compared to mRNAs. We think that these findings are informative in the pathogenesis of AD and can be supported by further studies.
Benzer Tezler
- Uzun kodlamayan RNA (lncRNA) linc00968 'in alzheimer hücre kültürü modellerinde apoptoz üzerine etkisinin araştırılması
Investigation of the effect of long non-coding RNA (lncRNA) linc00968 on apoptosis in alzheimer cell culture models
SERAP KURT
Doktora
Türkçe
2024
Tıbbi BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEFA KIZILDAĞ
- Schizosaccharomyces pombe'de septin 1 geninin susturulması ve hücre bölünmesine etkisi
The silencing of septin 1 gene in Schizosaccharomyces pombe and effects on cell division
SÜLEYMAN SEMİH EKİMLER
Doktora
Türkçe
2016
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERCAN ARICAN
- Santral sinir sistemine yönelik nanopartiküler ilaç taşıyıcı sistemlerin geliştirilmesi ve parkinson hastalığında tedavi etkinliğinin değerlendirilmesi
Development of nanoparticulate drug delivery systems for central nervous system and evaluation of the treatment efficacy i̇n parkinson's disease
SEMA ARISOY
Doktora
Türkçe
2020
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmasötik Teknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TANSEL ÇOMOĞLU
- Korteks davranışının vuru üreten hücre modeli ile incelenmesi
Analysis of cortex behavior by a spiking neuron model
YUSUF KUYUMCU
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. NESLİHAN SERAP ŞENGÖR
- Kardiyak sendrom x'li hastalarda total antioksidan kapasite ve global sol ventrikül performansının değerlendirilmesi
Evaluation of global left ventricule performance and total antioxidant capacity in patients with cardiac syndrome x
ALPARSLAN KILIÇ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
KardiyolojiUfuk ÜniversitesiKardiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EBRU AKGÜL ERCAN