Bazaltik ana materyal ve üzerinde oluşmuş topraklardan aktinomiset izolasyonları ve polifazik taksonomisi
Isolation of actinomycetes from basaltic parent material and formed on it surface soils and polyphasic taxonomy
- Tez No: 538132
- Danışmanlar: PROF. DR. KAMİL IŞIK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 238
Özet
Bu tez çalışmasında Samsun ili Ondokuzmayıs ilçesinde yer alan bazaltik ana materyal ve ana materyal üzerinde oluşmuş yüzey toprak örneklerinin Actinobacteria biyoçeşitliliğinin belirlenmesi, olası yeni türlerin tüm genom analizlerinin yapılması ve bu türlerin polifazik yöntemlerle karakterizasyonu amaçlanmıştır. Bu amaçla 6 lokaliteden 16 toprak örneği toplanmıştır. Toprak örneklerinin pH, organik madde ve kil miktarları farklı yöntemlerle belirlenmiştir. Actinobacteria üyelerinin seçici izolasyonunda kullanılan besi ortamlarından 570 aktinobakteri suşu izole edilmiş ve bu izolatların 159'unun 16S rRNA gen bölgesi dizi analizi yapılmıştır. Dizi analizi yapılan suşların Actinomadura, Actinopolymorpha, Micromonospora, Nocardia, Nonomurae, Plantactinospora, Rhodococcus, Saccharopolyspora, Streptomyces ve Verrucosispora cinslerine ait olduğu belirlenmiştir. Yeni tür olma potansiyeline sahip Actinomadura, Micromonospora, Nonomurae, Rhodococcus ve Streptomyces izolatları iki farklı mikroorganizma kültür koleksiyonuna depolanmştır. Polifazik yöntemlerle tanımlanan Actinomadura sp. 14C53 ve Nonomuraea sp. 160415 izolatlarının fenotipik, filogenetik ve kemotaksonomik analizleri yapılmıştır. Bu izolatların ve en yakın tip türlerinin tüm genom dizileme analizleri de yapılarak sahip oldukları sekonder metabolit gen kümeleri antiSMASH bakteriyal versiyon uygulamasıyla belirlenmiştir. Polifazik karakterizasyonu tamamlanan bu suşlar yeni aktinobakteri türleri olarak ülkemiz mikrobiyotasına ve literatüre kazandırılacaktır.
Özet (Çeviri)
In this thesis, it was aimed to determine Actinobacteria biodiversity of surface soil samples formed on basaltic parent material and parent material in Ondokuzmayıs district of Samsun province. In addition, all genome analyzes of the possible new species were made and the characterization of these species by polyphasic methods have also been aimed. For this purpose, 16 soil samples were collected from 6 different localities. The pH, organic matter and clay contents of soil samples were determined by applying varied methods. 570 Actinobacteria strains were isolated from the media used in selective isolation of Actinobacteria members and 16S rRNA gene region sequence analysis of 159 of these isolates were performed. It was determined that the strains belonging to Actinomadura, Actinopolymorpha, Micromonospora, Nocardia, Nonomurae, Plantactinospora, Rhodococcus, Saccharopolyspora, Streptomyces and Verrucosispora strains. Actinomadura, Micromonospora, Nonomurae, Rhodococcus and Streptomyces isolates with the potential to be new species have been stored in two different microorganism culture collection. Phenotypic, phylogenetic and chemotaxonomical analysis of Actinomadura sp. 14C53 and Nonomuraea sp. 160415 isolates identified by polyphytic methods were performed. Whole genomic sequencing analyzes of these isolates and their closest species were also made and their secondary metabolite gene clusters were determined by using antiSMASH bacterial version application. Completed by polyphasic characterization analysis of these strains will be gained to our country's microbiota and literature as new Actinobacteria species.
Benzer Tezler
- Osmaniye ili ve çevresinde bulunan farklı ana materyaller üzerinde oluşan topraklarda, toprak verimliliği-bitki besleme ilişkilerinin belirlenmesi
The determination of the relationships of soil fertility-plant nutrition in the soils formed on the different parent material present in province Osmaniye and its surroundings
IŞILAY LAVKOR
- Farklı topoğrafik pozisyonlarda yer alan bazalt ana materyal üzerinde oluşmuş toprakların jeobiyopedolojik özelliklerinin belirlenmesi
Determination of the geobiopedological properties of the soils formed on basalt parent material located in different topographic positions
AYLİN ERKOÇAK
Doktora
Türkçe
2020
ZiraatOndokuz Mayıs ÜniversitesiToprak Bilimi ve Bitki Besleme Ana Bilim Dalı
PROF. RIDVAN KIZILKAYA
- Bazaltik anamateryal üzerinde oluşmuş toprakların özelliklerinin farklı jeoistatistiksel yöntemlerle tahmin edilmesi ve haritalanması
Properties of soils formed on basaltic main materialestimation and mapping with different geostatistical methods
OSMAN AYGÜR
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
ZiraatHarran ÜniversitesiToprak Bilimi ve Bitki Besleme Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ VOLKAN BİLGİLİ
- Pre-collisional accretion and exhumation along the Southern Laurasian active margin, Central Pontides, Turkey
Lavrasya'nın güney aktif kenarı boyunca çarpışma öcesi eklemlenme ve yüzeylenme, Orta Pontidler, Türkiye
MESUT AYGÜL
Doktora
İngilizce
2015
Jeoloji Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesiİklim ve Deniz Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARAL OKAY
PROF. DR. ROLAND OBERHANSLI
- Yamadağ volkanizmasının kangal-divriği (Sivas) arasında kalan kuzey kesimlerinin petrolojisi
Petrology of the north sections between the kangal-divrigi (Sivas) of yamadagi volcanism
AHMET MAVİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Jeoloji MühendisliğiSivas Cumhuriyet ÜniversitesiJeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TANER EKİCİ