Geri Dön

Identification and annotation of putative long noncoding RNAs involved in mesenchymal-epithelial transition

Mezenkimal epitelyal dönüşümde yer alan olası uzun protein kodlamayan RNAların tanımlanması ve anotasyonu

PDF İndir

  1. Tez No: 538625
  2. Yazar: DOĞA ESKİER
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. GÖKHAN KARAKÜLAH, YRD. DOÇ. DR. HANİ ALOTAİBİ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
  10. Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 81

Özet

Mezenkimal epitelyal hücre dönüşümü (MET) gelişim ve yara iyileşmesi gibi süreçlerde yer alan, ve kanser metastazı tarafından ele geçirilen, çok hücreli canlılar için anahtar bir süreçtir. Yakın zamanda yapılan çalışmalar, MET'nin düzenlenmesinin, epitelyal mezenkimal hücre dönüşümünün (EMT) promotörlerinin kaldırılması veya susturulmasından daha ayrıntılı bir hücresel programlama süreci olduğunu göstermiştir, ancak MET düzenlenmesinin mekanikleri henüz ayrıntılı olarak bilinmemektedir. Uzun protein kodlamayan RNAlar (lncRNAlar), protein translasyonundan bağımsız olarak biyolojik fonksiyonlara sahip RNA molekülleridir. lncRNAların hücresel programlamada yer aldıkları bilinmektedir. MET süreci hakkındaki kısıtlı bilgileri desteklemek amacıyla, bu süreçten elde edilmiş RNA-seq verilerini hesaplama tabanlı analiz ve ağ kurumu yöntemleriyle inceledik ve daha önce anotasyonu yapılmamış lncRNA adaylarını tanımlamaya ve onların biyolojik yolaklardaki olası görevlerini tahminlemeye çalıştık. Sonuç olarak, 608 transkript daha önce anotasyonu yapılmamış lncRNA olarak tanımlandı. Dahası, bu transkriptlerin bir kısmının zamana özgü ifade veya mezenkimal fenotipe göre MET sürecinde yükselen ifade seviyesi gibi anlamlı ifade değişiklikleri gösterdiği belirtildi. Ayrıca, lncRNAların biyolojik anlamlarını belirlemek için, gen eşifade ağları kuruldu ve modüllerdeki anotasyonu yapılmış genlerin gen ontoloji terimleri zenginleştirildi. Sonuç olarak, daha önce anotasyonu yapılmamış lncRNAların, kromatin düzenlenmesi ve hücresel lokalizasyon gibi önemli hücresel programlama süreçlerinde yer alabilecekleri gösterildi.

Özet (Çeviri)

Mesenchymal-epithelial transition (MET) is a key process of multicellular organisms, involved in development and wound healing, as well as coopted by cancer metastasis. As recent studies have shown, the regulation of MET is a more involved cellular reprogramming event than removal or inhibition of epithelial-mesenchymal transition (EMT) promoting elements, but the exact mechanics are poorly studied as of yet. Long noncoding RNAs (lncRNAs), RNA molecules that function in biological pathways independently of translation, are known to be involved in cellular reprogramming events. To bolster the limited information available on MET, we applied computational analysis and network construction methods to MET RNA-seq data to identify any previously unannotated lncRNA candidates, and to predict their potential biological functions. As a result, we have identified 608 transcripts as previously unannotated lncRNAs. Furthermore, we have shown that a number of them show meaningful expression patterns, such as timepoint specific expression, or upregulation during MET compared to mesenchymal phenotype. We have also constructed gene co-expression modules to identify the biological niches of the lncRNAs via enrichment of gene ontology terms of previously annotated genes in the modules. We have shown that previously unannotated lncRNAs are likely involved in crucial cellular reprogramming events such as chromatin remodeling or cellular localization.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    403026

    Target identification of MHV68 mirnas in lytic replication, latency and reactivation and characterization of a miRNA-antisense long noncoding RNA

    Başlık çevirisi yok

    MEHMET KARA

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    MikrobiyolojiUniversity of Florida

    DR. SCOTT TIBBETTS

  2. Tez No

    520795

    Protein characterization of human YPEL2 and YPEL homolog yeast MOH1

    İnsan YPEL2 ve YPEL homoloğu maya MOH1 proteinlerinin karakterizasyonu

    ÇAĞLA ECE OLGUN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    GenetikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MESUT MUYAN

  3. Tez No

    388683

    Frontonasal displazi tip 3 ailelerinde malformasyondan sorumlu genin araştırılması

    Investigation of the gene responsible at frontonasal dysplasia TYPE 3 families

    YAVUZ ŞAHİN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    GenetikHacettepe Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE NURTEN AKARSU

  4. Tez No

    558564

    Uncovering structural genomic contents of wheat

    Buğdayın yapısal genomik içeriklerinin ortaya çıkarılması

    HALİSE BÜŞRA ÇAĞIRICI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    BiyomühendislikSabancı Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. LEVENT ÖZTÜRK

    PROF. DR. HİKMET BUDAK

  5. Tez No

    368900

    Automatic identification and role detection of visual elements in web pages

    Web sayfalarındaki görsel elemanların otomatik belirlenmesi ve rollerinin tespit edilmesi

    MEHMET ELGİN AKPINAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Bölümü

    DOÇ. DR. PINAR KARAGÖZ

    YRD. DOÇ. DR. YELİZ YEŞİLADA

Geri Dön