Characterization and genomic analysis of a novel bacteriophage against methicillin-resistant Staphylococcus aureus
Methisilin dirençli Staphylococcus aureusa karşı yeni bakteriyofaj karakterizasyonu ve genomik tanımlanması
- Tez No: 538887
- Danışmanlar: PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA, PROF. DR. ZEYNEP CEREN KARAHAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Biyoteknoloji, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Microbiology, Biotechnology, Infectious Diseases and Clinical Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Bakteriyofajlar, Staphylococcus aureus, İlaçlara direnç-bakteriyel, İlaçlara direnç-mikrobiyal, İlaçlara direnç-çoklu, Bacteriophages, Staphylococcus aureus, Drug resistance-bacterial, Drug resistance-microbial, Drug resistance-multiple
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Methisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA), ciddi hastalıklara neden olan en yaygın hastane ve toplum kökenli bulaşıcı ajanlardan biridir. Bakteriyofajlar, klasik antibiyotiklere cevap vermeyen bakteriyel enfeksiyonları tedavi etmek için bir çözüm sunabilir. Bu bağlamda, vB_SauM-Mik913 olarak adlandırılan yeni bir litik faj, Samsun'daki (Türkiye) atık su arıtma merkezinden izole edildi. Yerel bir hastaneden elde edilen MRSA klinik suşları litik fajlar aranırken konakçı olarak kullanıldı. Genomik analiz sonuçları, izole edilmiş vB_SauM-Mik913'ün, literatürde en çok çalışılan faj K gibi Myoviridiae familyasına ait olduğunu göstermektedir. vB_SauM-MikSA913 genomu 134193 bp çift sarmallı DNA'ya sahiptir ve 206 ORF ve 4 tRNA'yı kodlamaktadır. Faj vB_SauM-MikSA913, MRSA suşlarında geniş konakçı aralığı vardır ve yüksek litik aktivite göstermektedir. Fajın bakteriyolitik aktivitesi, çok sayıda MOI (fajın bakteriye oranı) aralığında test edildi ve optimal MOI'nin, 0.001 olduğu bulundu; bu durum, düşük konsantrasyonda bile yüksek litik etkinliğini göstermektedir. Bakteriyofaj terapisi şimdi ciddi biçimde antibiyotik direnci kriziyle mücadele için alternatif bir tedavi olarak kabul edilmektedir. Yüksek litik aktivite, geniş spektrum aralığı ve biyoinformatik analizlerden elde edilen sonuçlara göre virülans faktörü ve antibiyotik direnç genleri eksikliği faj vB_SauM-Mik913'ün MRSA enfeksiyonları dahil S.aureus enfeksiyonlarının tedavisi için bir seçenek olabileceğini düşündürmektedir.
Özet (Çeviri)
Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is one of the most frequent hospital and community acquired infectious agents causing severe diseases. Bacteriophages may offer a solution to treat the bacterial infections that are not responding to classical antibiotics. In this context, a new lytic phage, named as vB_SauM-MikSA913, was isolated from sewage treatment center in Samsun (Turkey). MRSA clinical strains obtained from a local hospital were used as propagating hosts while searching for the lytic phages. Genomic analysis suggest that the isolated vB_SauM-MikSA913 belongs to the Myoviridiae family like the most characterized phage K. Phage vB_SauM-MikSA913 has a genome size of 134193 bp double-stranded DNA, encoding 206 open reading frames (ORFs) and 4 tRNAs. There was a high similarity between our phage to others described in the literature such as qdsa002, GH15, vB_Sau_CG, and phiSA039 with more than 90% query cover and identity. vB_SauM-MikSA913 (shortly called MikSA913) has a wide range of host and high lytic activity on MRSA strains. The bacteriolytic activity of the phage was tested over a range of multiplicity of infection (MOI) and the optimal MOI was found to be 0.001, which indicates its good lytic efficiency even at low concentration. MikSA913 was stable at a wide range of pH and temperatures. One-step growth curve analysis showed that the eclipse and latent periods of MikSA913 was 15 min and 20 min, respectively and the burst size is 112 plaque forming units/infected cell. Bacteriophage therapy is now seriously on the table as an alternative treatment to combat with antibiotic resistance crisis. The high lytic activity, its wide host range and lack of virulence factors and antibiotic resistance genes deduced from bioinformatics analysis suggest that the phage vB_SauM-MikSA913 could be an option for treating S.aureus infections including MRSA infections.
Benzer Tezler
- Hastane atık suyundan izole edilen Klebsiella pneumoniae fajının izolasyonu, karakterizasyonu ve galleria mellonella enfeksiyon modeli üzerindeki etkinliğinin araştırılması
Isolation, characterization, and investigation of the efficacy of a Klebsiella pneumoniae phage isolated from hospital wastewater on galleria mellonella infection model
MERVE ÖZMEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
Mikrobiyolojiİstanbul Medeniyet ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ZAFER HABİP
- Atık sulardan izole edilen bakterileri enfekte eden bakteriyofaj izolasyonu
Isolation of bacteriophage infecting bacteria isolated from wastewater
FATMA TUFAN KÖSE
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
MikrobiyolojiRecep Tayyip Erdoğan ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN BİROL ÖZGÜMÜŞ
- Implementation of IPM strategies to control bacterial diseases of stone fruits and nuts caused by copper resistant/ tolerant pseudomonads and xanthomonads
Bakıra dayanıklı/ tolerant pseudomonads ve xanthomonads'ların sert çekirdekli meyveler ve cevizde neden oldukları bakteriyel hastalıkların kontrolünde tamamlayıcı IPM stratejileri
İREM ALTIN
Doktora
İngilizce
2021
ZiraatTekirdağ Namık Kemal ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA MİRİK
PROF. DR. EMİLİO STEFANI
- Photobacterium damselae subsp. damselae'ye özgü bakteriyofajların izolasyonu ve genomik karakterizasyonu ile faj terapi potansiyellerinin araştırılması
Isolation, genomic characterization and phage therapy potential of bacteriophages specific to Photobacterium damsela subsp. damselae
ASİYE ESRA EREN EROĞLU
- Next generation sequencing of a novel Loigolactobacillus coryniformis FOL-19 isolated from cheese and comparative genomic analysis with other L. coryniformis strains
Peynirden ilk defa izole edilen Loigolactobacillus coryniformis FOL-19'un yeni nesil dizilenmesi ve diğer L. coryniformis suşlarıyla karşılaştırmalı genomik analizleri
İSMAİL GÜMÜŞTOP
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyomühendislikAbdullah Gül ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ FATİH ORTAKCI