Geri Dön

Characterization and genomic analysis of a novel bacteriophage against methicillin-resistant Staphylococcus aureus

Methisilin dirençli Staphylococcus aureusa karşı yeni bakteriyofaj karakterizasyonu ve genomik tanımlanması

PDF İndir

  1. Tez No: 538887
  2. Yazar: MEDİNE ÇOTAK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA, PROF. DR. ZEYNEP CEREN KARAHAN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoteknoloji, Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları, Mikrobiyoloji, Biotechnology, Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 91

Özet

Methisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA), ciddi hastalıklara neden olan en yaygın hastane ve toplum kökenli bulaşıcı ajanlardan biridir. Bakteriyofajlar, klasik antibiyotiklere cevap vermeyen bakteriyel enfeksiyonları tedavi etmek için bir çözüm sunabilir. Bu bağlamda, vB_SauM-Mik913 olarak adlandırılan yeni bir litik faj, Samsun'daki (Türkiye) atık su arıtma merkezinden izole edildi. Yerel bir hastaneden elde edilen MRSA klinik suşları litik fajlar aranırken konakçı olarak kullanıldı. Genomik analiz sonuçları, izole edilmiş vB_SauM-Mik913'ün, literatürde en çok çalışılan faj K gibi Myoviridiae familyasına ait olduğunu göstermektedir. vB_SauM-MikSA913 genomu 134193 bp çift sarmallı DNA'ya sahiptir ve 206 ORF ve 4 tRNA'yı kodlamaktadır. Faj vB_SauM-MikSA913, MRSA suşlarında geniş konakçı aralığı vardır ve yüksek litik aktivite göstermektedir. Fajın bakteriyolitik aktivitesi, çok sayıda MOI (fajın bakteriye oranı) aralığında test edildi ve optimal MOI'nin, 0.001 olduğu bulundu; bu durum, düşük konsantrasyonda bile yüksek litik etkinliğini göstermektedir. Bakteriyofaj terapisi şimdi ciddi biçimde antibiyotik direnci kriziyle mücadele için alternatif bir tedavi olarak kabul edilmektedir. Yüksek litik aktivite, geniş spektrum aralığı ve biyoinformatik analizlerden elde edilen sonuçlara göre virülans faktörü ve antibiyotik direnç genleri eksikliği faj vB_SauM-Mik913'ün MRSA enfeksiyonları dahil S.aureus enfeksiyonlarının tedavisi için bir seçenek olabileceğini düşündürmektedir.

Özet (Çeviri)

Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is one of the most frequent hospital and community acquired infectious agents causing severe diseases. Bacteriophages may offer a solution to treat the bacterial infections that are not responding to classical antibiotics. In this context, a new lytic phage, named as vB_SauM-MikSA913, was isolated from sewage treatment center in Samsun (Turkey). MRSA clinical strains obtained from a local hospital were used as propagating hosts while searching for the lytic phages. Genomic analysis suggest that the isolated vB_SauM-MikSA913 belongs to the Myoviridiae family like the most characterized phage K. Phage vB_SauM-MikSA913 has a genome size of 134193 bp double-stranded DNA, encoding 206 open reading frames (ORFs) and 4 tRNAs. There was a high similarity between our phage to others described in the literature such as qdsa002, GH15, vB_Sau_CG, and phiSA039 with more than 90% query cover and identity. vB_SauM-MikSA913 (shortly called MikSA913) has a wide range of host and high lytic activity on MRSA strains. The bacteriolytic activity of the phage was tested over a range of multiplicity of infection (MOI) and the optimal MOI was found to be 0.001, which indicates its good lytic efficiency even at low concentration. MikSA913 was stable at a wide range of pH and temperatures. One-step growth curve analysis showed that the eclipse and latent periods of MikSA913 was 15 min and 20 min, respectively and the burst size is 112 plaque forming units/infected cell. Bacteriophage therapy is now seriously on the table as an alternative treatment to combat with antibiotic resistance crisis. The high lytic activity, its wide host range and lack of virulence factors and antibiotic resistance genes deduced from bioinformatics analysis suggest that the phage vB_SauM-MikSA913 could be an option for treating S.aureus infections including MRSA infections.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    721977

    Implementation of IPM strategies to control bacterial diseases of stone fruits and nuts caused by copper resistant/ tolerant pseudomonads and xanthomonads

    Bakıra dayanıklı/ tolerant pseudomonads ve xanthomonads'ların sert çekirdekli meyveler ve cevizde neden oldukları bakteriyel hastalıkların kontrolünde tamamlayıcı IPM stratejileri

    İREM ALTIN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    ZiraatTekirdağ Namık Kemal Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA MİRİK

    PROF. DR. EMİLİO STEFANI

  2. Tez No

    177507

    Characterization and functional analysis of a novel multicopper oxidase and associated polyketide biosynthesis gene cluster of Aspergillus fumigatus

    Aspergillus fumigatus'un yeni bir poliketit biyosentezi gen kümesinin fonksiyonel analizi ve karakterizasyonu

    BANU METİN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2007

    GenetikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZÜMRÜT BEGÜM ÖGEL

    PROF. DR. UFUK BAKIR

  3. Tez No

    724803

    Metagenomik yaklaşımla elde edilen endoglukanaz enziminin rekombinant ekspresyonu ve karakterizasyonu

    Recombinant expression and characterization of a novel endoglucanase enzyme obtained by metagenomics approach

    FURKAN ABDULLAH ÇALIŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyoteknolojiYıldız Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ EMEL ORDU

    DR. GÜNSELİ KURT GÜR

  4. Tez No

    806598

    Next generation sequencing of a novel Loigolactobacillus coryniformis FOL-19 isolated from cheese and comparative genomic analysis with other L. coryniformis strains

    Peynirden ilk defa izole edilen Loigolactobacillus coryniformis FOL-19'un yeni nesil dizilenmesi ve diğer L. coryniformis suşlarıyla karşılaştırmalı genomik analizleri

    İSMAİL GÜMÜŞTOP

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyomühendislikAbdullah Gül Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ FATİH ORTAKCI

  5. Tez No

    178136

    Buğdayda (Triticum aestivum L.) absisik asitle ilişkili gen anlatımı

    Abscisic acid related gene expression in wheat (Triticum aestivum L.)

    BİRSEN CEVHER KESKİN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    Bilim ve Teknolojiİstanbul Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ABDÜLREZZAK MEMON

    PROF. DR. AYŞEGÜL TOPAL SARIKAYA

Geri Dön