PST secretome project, a short cut to effector analysis
PST sekretom projesi, efektör çalışmalarına kısa yol
- Tez No: 547264
- Danışmanlar: PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA, DOÇ. DR. BALA GÜR DEDEOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 191
Özet
Dünya çapında, sarı pas hastalığı buğday için yıkıcı etkidedir. Eğer gerekli önlemler alınmazsa, yeni patojen ırklarının ortaya çıkması hızla yayılarak epidemiklere yol açabilir. Hastaığı sebebi obligat biyotrofik bir mantar olan Puccinia striiformis f.sp. tritici (Pst) patojenidir. Enfeksiyon mekanizmasının nasıl gerçekletiğinin tespiti, hastalığa karşı eldeki en iyi stratejidir. Bu nedenle aday effektör proteinleri, dirençli ve dirençsiz bitkilerin patojen inoküle edilmiş dokularını kullanarak data madenciliği ile harmanlanmış de novo transkriptom dizilemesi yolu ile tespit edildi. Karşılaştımalı anlatım düzeyi analizi ile tespit edilmiş genlerin içerisinde küçük sekretom proteinleri biyoinformatik analizlerle saptandı. Literatürdeki raporlarla yapılan karşılaştırmalar yeni ya da ortak virülansta sorumlu efektör adaylarının bulunmasını sağladı. Verinin güvenilirliği test etmek için bazı aday efektörler klonlandı ve fonksiyon açısından karakterize edildi. Çalışmalar sonucunda Unigene17495 (Pstg10917) isimli aday efektörün bitki hücresinde kloroplastı hedeflediği ve INF1 proteini sebepli hücre ölümlerini ise baskıladığı gözlemlendi. Bu tez kapsamında dirençli ve dirençsiz bitkilerdeki inokülasyon sonrası değişen patojen gen anlatım düzeyleri mikro dizin analizi ile belirlendi. Aynı şekilde, tespit edilen adayların en uygun şekilde fonksiyon analizlerinin yapılabilmesi yeni nesil metodolojiler üzerinde de çalışılma yapılmıştır.
Özet (Çeviri)
Wheat yellow (stripe) rust is a devastating disease on wheat on the global scale. Emergence of new aggressive races leads swift epidemics unless countermeasures are in place. The causative agent of the disease is an obligate biotrophic fungus, Puccinia striiformis f.sp. tritici (Pst). The identification of the infection mechanisms is the best strategy to act against the disease. For that reason, candidate secreted effector proteins (CSEPs) of Pst races in Turkey was monitored using de novo transcriptome sequencing approach combined with data mining on the inoculated tissues of compatible and incompatible interaction. The small-secreted proteins (SSPs) of the identified differentially expressed genes (DEGs) were genenated and characterized via in silico analysis. Comparisons with published reports reveal both unique and common sets of candidate effector for virulence. In order to validate reliability of the data, some of the effector candidates were cloned and studied for their function. Unigene17495 (Pstg10917) targets chloroplasts and suppresses the cell death triggered by INF1 elicitor in planta studies. The thesis includes the microarray profiling of differentially expressed genes during compatible and incompatible interaction. Moreover, the new screening methods for determination of biological functions were studied in the thesis in order to pinpoint flexible strategies for effector studies.
Benzer Tezler
- Optimisation of stationary and mobile phases for the purification of Pst I endonuclease by ion exchange chromatography
Pst I endonükleazının iyon değişimi kromatografisi yöntemiyle saflaştırılmasında durgun ve hareketli fazların uygunluğunun incelenmesi
CÜNEYT MEHMET KATIEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2004
Kimya MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KUTLU ÜLGEN
- Görsel kültür eğitimi ve Batı Trakya azınlık okullarında görsel sanat
Visual culture education and visual art in Western Thrace minority schools
MECHMET BOULMPOUL
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Eğitim ve ÖğretimTrakya ÜniversitesiGörsel Kültür Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ENGİN BEKSAÇ
- Bitlis yöresi sulu ve kuru koşullarında farklı azot dozlarının ayçiçeğinin verim, verim unsurları ve kalitesi üzerine etkileri
The effects of different nitrogen doses in irrigated and dry conditions of Bitlis region on yield, yield components and quality of sunflower
MUHAMMED MUSTAFA ARSAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
ZiraatBursa Uludağ ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDURRAHİM TANJU GÖKSOY
- Purification of Pst I endonuclease from providencia stuartii 164
Pst I endonükleazının providencia stuartii 164'den saflaştırılması
ERDEM FEHMİ ÇELİK
Yüksek Lisans
İngilizce
2001
Kimya MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KUTLU ÜLGEN