Geri Dön

PST secretome project, a short cut to effector analysis

PST sekretom projesi, efektör çalışmalarına kısa yol

PDF İndir

  1. Tez No: 547264
  2. Yazar: AHMET ÇAĞLAR ÖZKETEN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA, DOÇ. DR. BALA GÜR DEDEOĞLU
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Biyoteknoloji, Biotechnology
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Dünya çapında, sarı pas hastalığı buğday için yıkıcı etkidedir. Eğer gerekli önlemler alınmazsa, yeni patojen ırklarının ortaya çıkması hızla yayılarak epidemiklere yol açabilir. Hastaığı sebebi obligat biyotrofik bir mantar olan Puccinia striiformis f.sp. tritici (Pst) patojenidir. Enfeksiyon mekanizmasının nasıl gerçekletiğinin tespiti, hastalığa karşı eldeki en iyi stratejidir. Bu nedenle aday effektör proteinleri, dirençli ve dirençsiz bitkilerin patojen inoküle edilmiş dokularını kullanarak data madenciliği ile harmanlanmış de novo transkriptom dizilemesi yolu ile tespit edildi. Karşılaştımalı anlatım düzeyi analizi ile tespit edilmiş genlerin içerisinde küçük sekretom proteinleri biyoinformatik analizlerle saptandı. Literatürdeki raporlarla yapılan karşılaştırmalar yeni ya da ortak virülansta sorumlu efektör adaylarının bulunmasını sağladı. Verinin güvenilirliği test etmek için bazı aday efektörler klonlandı ve fonksiyon açısından karakterize edildi. Çalışmalar sonucunda Unigene17495 (Pstg10917) isimli aday efektörün bitki hücresinde kloroplastı hedeflediği ve INF1 proteini sebepli hücre ölümlerini ise baskıladığı gözlemlendi. Bu tez kapsamında dirençli ve dirençsiz bitkilerdeki inokülasyon sonrası değişen patojen gen anlatım düzeyleri mikro dizin analizi ile belirlendi. Aynı şekilde, tespit edilen adayların en uygun şekilde fonksiyon analizlerinin yapılabilmesi yeni nesil metodolojiler üzerinde de çalışılma yapılmıştır.

Özet (Çeviri)

Wheat yellow (stripe) rust is a devastating disease on wheat on the global scale. Emergence of new aggressive races leads swift epidemics unless countermeasures are in place. The causative agent of the disease is an obligate biotrophic fungus, Puccinia striiformis f.sp. tritici (Pst). The identification of the infection mechanisms is the best strategy to act against the disease. For that reason, candidate secreted effector proteins (CSEPs) of Pst races in Turkey was monitored using de novo transcriptome sequencing approach combined with data mining on the inoculated tissues of compatible and incompatible interaction. The small-secreted proteins (SSPs) of the identified differentially expressed genes (DEGs) were genenated and characterized via in silico analysis. Comparisons with published reports reveal both unique and common sets of candidate effector for virulence. In order to validate reliability of the data, some of the effector candidates were cloned and studied for their function. Unigene17495 (Pstg10917) targets chloroplasts and suppresses the cell death triggered by INF1 elicitor in planta studies. The thesis includes the microarray profiling of differentially expressed genes during compatible and incompatible interaction. Moreover, the new screening methods for determination of biological functions were studied in the thesis in order to pinpoint flexible strategies for effector studies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    463601

    Effect of signal sequences and promoters in recombinant extracellular protein production by Pichia pastoris

    Sinyal dizinlerin ve promotorların Pichia pastoris ile hücre-dışı rekombinant protein üretimine etkisi

    ASLAN MASSAHI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. PINAR ÇALIK

    DOÇ. DR. ÇAĞDAŞ D. SON

  2. Tez No

    1021650

    Sıçanlarda komplet Freund's adjuvantı ile indüklenen meibomian bez disfonksiyonu sonrası tarsal konjonktivaya uygulanan mezenkimal kök hücre kaynaklı eksozom etkisi

    Therapeutic effects of mesenchymal stem cell-derived exosomes applied to the tarsal conjunctiva in a rat model of complete Freund's adjuvant-induced meibomian gland dysfunction

    YASEMİN AKSU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2026

    Göz HastalıklarıSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Göz Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SERAP YURTTAŞER OCAK

    DR. ASLI KIRMACI KABAKCI

  3. Tez No

    112091

    Purification of Pst I endonuclease from providencia stuartii 164

    Pst I endonükleazının providencia stuartii 164'den saflaştırılması

    ERDEM FEHMİ ÇELİK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2001

    Kimya MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. KUTLU ÜLGEN

  4. Tez No

    152563

    Optimisation of stationary and mobile phases for the purification of Pst I endonuclease by ion exchange chromatography

    Pst I endonükleazının iyon değişimi kromatografisi yöntemiyle saflaştırılmasında durgun ve hareketli fazların uygunluğunun incelenmesi

    CÜNEYT MEHMET KATIEL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2004

    Kimya MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KUTLU ÜLGEN

  5. Tez No

    382460

    Benzoin-PSt-Br ve Benzoin-PSt-N3 ince film polimer yapının dielektrik özelliklerinin araştırılması

    Investigation dielectric properties of benzoin-PSt-Br and benzoin-PSt-N3 polymer thin films

    AHMET TUMBUL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    Fizik ve Fizik MühendisliğiHarran Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. YUNUS BABUR

Geri Dön