Geri Dön

Yabani soya türlerinde CenH3 geninin cDNA moleküler klonlanması

cDNA molecular cloning of CenH3 gene in wild soybean species

PDF İndir

  1. Tez No: 548115
  2. Yazar: HÜMEYRA YILDIZ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. AHMET LATİF TEK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Ziraat, Genetics, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Glycine, sentromerik histon H3 (CenH3), Histon H3, Sentromer, cDNA, Glycine, centromere spesific histone H3 (CenH3), Histone H3, centromere, cDNA
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 103

Özet

Tüm ökaryotlarda yapısal ve işlevsel olarak korunmuş bulunan sentromer, kromozomların doğru bir şekilde dağılımından sorumludur. Ökaryot sentromerlerinde sentromerik histon H3 (CENH3) proteini işlevsel özelliği sağlamada yapısal bir işaret olarak kabul edilmektedir. CENH3 proteininin sentromerler üzerindeki önemi düşünüldüğünde, farklı soya türlerinde CenH3 geninin homologlarının moleküler yapısının kapsamlı olarak incelenmesine ihtiyaç vardır. Bu çalışmada soya ve yabani soya türlerinde total RNA izolasyonu, ters transkiptaz yardımıyla cDNA sentezi, gene özel primerlerle genin çoğaltılması, DNA fragmentlerinin klonlanması ve dizilemesi yapılmıştır. CENH3 protein dizi bilgisinin biyoinformatik yöntemlerle karşılaştırmalı analizi yapılarak türlerarası aminıasit benzerlik ve farklılıkları tespit edilmiştir. Analiz sonucu CENH3a ve CENH3b olarak adlandırılan 2 farklı form tespit edilmiştir. İki formun çoklu nükleotid ve protein hizalaması sonucu benzerlik oranı %95-%92.7 olarak tespit edilmiştir. Biyoinformatik analizler sonucunda CENH3a formu CENH3b formuna kıyasla daha fazla pozitif seleksiyon göstermiştir. Çalışmamız yabani soya türlerinde CenH3 geninin tespit edilmesine yönelik yapılan ilk kapsamlı çalışma olması nedeniyle diğer ökaryotik türlerdeki sentromer çalışmalarına katkı sağlayacağı düşünülmektedir.

Özet (Çeviri)

The centromere is structurally and functionally conserved in all eukaryotes. It is responsible for the correct distribution of chromosomes. In eukaryotic centromere, centromeric histone H3 (CENH3) protein is considered a structural marker in providing functional property. Given the importance of CENH3 protein on centromers, a detailed analysis of the molecular structure of the homologues of the CenH3 gene in different soybean species is needed. In this study, total RNA isolation, cDNA synthesis by reverse transcriptase, PCR amplification of gene with specific primers, cloning and sequencing of DNA fragments were performed in soybean and wild soybean species. The comparative analysis of CENH3 protein sequence information by bioinformatics methods revealed similarities and differences between the species. Two different forms named CENH3a and CENH3b were determined. As a result of multiple nucleotide and protein alignment of the two forms, the similarity rate was found to be 95-92%. As a result of bioinformatic analysis, CENH3a form showed more positive selection than CENH3b form. Since our study is the first comprehensive study to detect CenH3 gene in wild soybean species, it is thought to contribute to centromere studies in other eukaryotic species.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    562026

    Yabani soya (Glycine) türlerinde CenH3 genomik DNA dizilerinin klonlanması

    Molecular cloning of CenH3 genomic DNA sequences in the wild soybean (Glycine) species

    BİLGE ŞEVVAL YILDIRIM

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    GenetikNiğde Ömer Halisdemir Üniversitesi

    Tarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AHMET LATİF TEK

  2. Tez No

    657

    Bornova (İzmir) koşullarında çeşitli kültür bitkilerinde zarar yapan Dolycoris baccarum (L.) (Heteroptera: Pentatomidae)'un biyolojisi ve ekolojisi üzerinde araştırmalar

    Investigations on the biology and ecology of Dolycoris baccarum (L.) (Heteroptera: Pentatomidae) which attacks to various plants of economic importance at Bornova (İzmir)

    YUSUF KARSAVURAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1986

    ZoolojiEge Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FEYZİ ÖNDER

  3. Tez No

    459128

    Drosophila melanogaster'in yabanıl ve mutant türlerinde insektisitlerin in vivo ömür uzunluğu üzerine etkilerinin karşılaştırılması

    Comparison of the effects on in vivo longevity of insecticides in the wild and mutant strains of Drosophila melanogaster

    BİRCAN DEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    BiyolojiAtatürk Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HANDAN UYSAL

  4. Tez No

    335452

    Bazı pestisitlerin soya (Glycine max (L.) Merrill cv. May 5312) üzerindeki genotoksik etkilerinin belirlenmesi

    Determination of genotoxic effects of some pecticıdes on soybean (Glycine max (L.) Merrill cv. May 5312)

    ASUMAN DEVECİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    BiyolojiKocaeli Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ÖZLEM AKSOY

  5. Tez No

    845060

    Farklı hayvansal ve bitkisel sütlerle üretilen salep içeceğinin bazı kalite kriterleri

    Some quality criteria of salep beverage produced with different animal and vegetable milks

    ESRA BİROL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Besin Hijyeni ve TeknolojisiSelçuk Üniversitesi

    Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜRKAN UÇAR

Geri Dön