In silico design and modeling of peptidomimetic drug candidates for methionine aminopeptidase 2 enzyme for prevention of cancer
Kanseri engellemek için bilgisayar ortamında dizayn ve modelleme kullanarak metiyonin aminopeptidaz 2 enzimine uygun peptidomimetik ilaç adayları geliştirme
- Tez No: 548790
- Danışmanlar: PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoinformatik ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 99
Özet
Birçok hastalık bir araya gelerek kanseri oluşturur. Kanser hücreleri kontrolsüz bir şekilde bölünür. Kanserde hücre çoğalması anormaldir. Yıllar içinde 200'den fazla kanser çeşidi teşhis edilmiştir. Bazı faktörler kansere neden olabilir. Kalıtım, beslenme, hormonlar, sigara içme, alkol tüketimi, radyasyon, bazı kimyasallar, virüsler ve bakteriler bu faktörlerden birkaçıdır. 2018 yılında 17 milyon yeni kanser vakası ve 9.5 milyon kanser nedenli ölüm gözlenmiştir. Metiyonin aminopeptidaz (MetAP 2) kobalt içeren ve hücrenin sitozolünde bulunan bir metalloproteazdır. Bu enzim yeni sentezlenmiş proteinin amino kısmında bulunan metiyonin amino asidini proteinden ayırır. Ayrıca kanser tedavisinde anjiyojenezi önlemek için yeni peptidomimetik inhibitörler keşfedilmesinde bu enzim kullanılır. Peptidomimetikler peptitlerin işlev ve yapısını taklit etmek için dizayn edilir. Peptitlere göre peptidomimetikler daha yüksek biyoyararlılık ve daha az yan etki gösterir. Bu çalışmada, Discovery Studio adlı program kullanılarak peptidomimetik inhibitörler dizayn edilmiştir. Daha sonra hedef reseptör (MetAP 2) ve inhibitörler birbirlerine bağlanarak en iyi bağlanma modları bulunmuştur. Son olarak Gibbs serbest enerjisi ve ADMET özelliklerine bakılarak en iyi 10 peptidomimetik inhibitör seçilmiştir. MetAP 2 enzimine karşı dizayn edilen bu peptidomimetik inhibitörler yakın gelecekte ilaç dizaynında umut verici işler başaracaktır.
Özet (Çeviri)
Several disorders come together to form cancer. Cancer cells divide without a control. The cell proliferation in cancer is abnormal. More than 200 types of cancer have been diagnosed over the years. There are various factors that can cause cancer. These factors are heredity, diet, hormones, smoking, alcohol, viruses, bacteria, radiation and some chemicals. 17 million new cancer cases and 9.5 million cancer deaths were observed in 2018. Methionine Aminopeptidase 2 (MetAP 2) is a cobalt-containing metalloprotease located in cytosol of the cell. It cleaves methionine from amino terminus of a newly synthesized protein. MetAP 2 is a target for discovering new peptidomimetic inhibitors for angiogenesis used as an effective treatment for cancer. Peptidomimetics are designed to mimic peptide function and structure. They show high bioavailability and less side effects than peptides. Here, in this study we designed several peptidomimetic inhibitors using Discovery Studio. We used molecular docking to find best-fit modes between inhibitors and the target, MetAP 2. Lastly, 10 possible peptidomimetic inhibitors were obtained by further analysis such as Gibbs Free Energy and ADMET properties. These peptidomimetic inhibitors will serve as a promising drug candidates for MetAP 2 enzyme in drug design and development in the near future.
Benzer Tezler
- Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi
Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods
GÜLŞAH AYDIN
Doktora
Türkçe
2020
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- Kolon kanseri teşhisine yönelik benzotiyazol türevlerinin geliştirilmesi ve sentezi
Development and synthesis of benzothiazole derivatives for colon cancer diagnosis
ESRA UYSAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR ALPTÜRK
DR. ÖZGÜR YILMAZ
- Investigation of the mechanisms of hERG1 blocker toxins as anti-cancer agent with molecular modeling techniques
Anti kanser ajan olarak hERG1 bloker toksinlerin etkime mekanizmalarının moleküler modelleme teknikleri ile incelenmesi
BERİL ÇOLAK GÜNAY
Doktora
İngilizce
2024
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- In silico design and modeling of coumarin derivatives as selective monoamine oxidase a inhibitors
Kumarin türevlerinin seçici ve geri dönebilir monoamin oksidaz-a inhibitörleri olarak tasarlanması ve modellenmesi
DİLARA KARAMAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyolojiKadir Has ÜniversitesiHesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ
- Rekombinant tümör farklılaşma faktörü üretimi ve meme kanseri hücreleri üzerindeki terapötik etkilerinin araştırılması
Production of recombinant tumor differentiation factor and assessment of its therapeutic effects on breast cancer cells
SÜREYYA MERT SELİMOĞLU