New genomic approaches to explore the neurogenetic disease burden of consanguineous marriages in turkey
Türkiye'deki akraba evliliklerine bağlı nörogenetik hastalık yükünün araştırılmasında yeni genomik yaklaşımlar
- Tez No: 553014
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ YAVUZ OKTAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Nöroloji, Biology, Genetics, Neurology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 105
Özet
Akraba evlilikleri Türkiye'de yaygındır ve otozomal resesif kalıtımla artan genetik hastalık riski taşırlar. Bu durumların birçoğu, sinir sistemi ve kasları etkiler, bu da ciddi sakatlık veya erken ölümlere yol açar. Her bir nörogenetik vaka tek başına nadir olmasına rağmen, toplu bir şekilde ciddi bir sağlık ve ekonomik yük ile sonuçlanan yüzlerce nörogenetik vaka ile karşılaşılmaktadır. Türkiye'de nörogenetik rahatsızlığı olan çocukların çoğunda MRG, kapsamlı metabolik testler, kas biyopsileri ve genetik testler gibi tanı seçenekleri kullanılmış olmasına rağmen çoğunda kesin bir moleküler tanıya ulaşılamamıştır. Yeni nesil dizilemenin ilerlemesi, çocukluk çağındaki nörogenetik bozuklukların genetik nedenlerini daha iyi anlama, sonuçta birçok aile için kesin teşhis ve bazı durumlarda etkili tedavi fırsatı sunmaktadır. Genom dizilimi gün geçtikçe ekonomik olarak daha uygun hale gelmektedir. Yaygın olarak görülen Mendel hastalıklarına ve akraba evliliği sonucunda ortaya çıkmış nörogenetik hastalıklara yol açan nadir veya özel varyantların tanımlanması için de uygun hale gelmiştir. Bu çalışmada akraba evliliği sonucu ortaya çıkan nörogenetik hastalıklara neden olan varyantlar, akraba olan ailelerden gelen nörogenetik hastaların sistematik derin fenotiplemesi, tüm ekzom sekanslama ve uluslararası biyoenformatik platformlarındaki verilerin entegrasyonu ile tanımlandı. Tüm ekzom sekanslama ile çalışmaya katılan 138 aileden 62 aile sekanslama sonucunda tanılandı. Bu çalışma, önleme ve tedavi stratejilerinin geliştirilmesine, etkilenen aileler için iyileştirilmiş sonuçlara ve toplumla ilgili önemli bir genomik veri bilgi birikimine ve Türk tıp camiasında genom araştırmalarının artmasına yol açacaktır.
Özet (Çeviri)
Consanguineous marriages are common in Turkey and carry an increased risk of genetic conditions with autosomal recessive inheritance. The nervous system and muscle are affected by these conditions leading to severe disability or premature death. While each condition is individually rare, there are several hundred genetically defined neurogenetic disease entities, collectively resulting in significant health and economic burden. A definitive molecular diagnosis has not been achieved for most of the children with neurogenetic conditions in Turkey, as infrastructure and access to sophisticated diagnostic options such as MRI, comprehensive metabolic testing, muscle biopsies and genetic testing are limited. The advance of next-generation sequencing now offers the opportunity to understand the genetic causes of childhood neurogenetic disorders better, ultimately providing a definite diagnosis for many families, and in some cases effective treatments. In this study, children with undiagnosed neurogenetic disorders born to consanguineous parents were recruited to the study. Disease-causing variants were identified through systematic deep phenotyping of neurogenetic patients from consanguineous families, combined with whole exome sequencing (WES). Variants were analyzed through RD-Connect Genome-Phenome Analysis Platform (GPAP) and assessed for predicted deleterious effects with the integration of data from several bioinformatics tools. WES provided a molecular diagnosis for 62 families out of 138 (45%). This study will help to develop new prevention and treatment strategies, improved outcomes for affected families, and to an essential body of genomic data relevant to the population and increased genomics research capacity within the Turkish medical community.
Benzer Tezler
- The quest for better cancer therapies:Identification of transcription factor involvement in ATP7B regulation via dCas9-Apex2 (Caspex), TOX4 as a potential regulator of Cisplatin resistance
Cisplatin direncini aşma arayışı: ATP7B düzenlemesinde transkripsiyon faktörlerinin dCas9-Apex2 (Caspex) Aracılığıyla Belirlenmesi ve Cisplatin Direncinde Bir Düzenleyici Olarak TOX4'ün tanımlanması
BATUHAN ALTAY
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiKoç ÜniversitesiHücresel ve Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CEYDA AÇILAN AYHAN
DOÇ. DR. NATHAN ALLAN LACK
- Machine-learning approaches for neurological disorder diagnosis from genomic and neuroimaging data
Genomik ve nörogörüntüleme verilerinden nörolojik bozukluk teşhisi için makine öğrenmesi yaklaşımları
İSMAİL BİLGEN
Doktora
İngilizce
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BEHÇET UĞUR TÖREYİN
- Development of single cell genetic testing strategies: Assessment of MHC compatibility, meiotic recombinations and beta-thalassemia in human embryos
Tek hücrede genetik test yöntemlerinin geliştirilmesi: İnsan embriyolarında MHC uyumu, mayotik rekombinasyon ve beta-talasemi incelemesi
FULYA TAYLAN
Doktora
İngilizce
2011
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ENDER ALTIOK
PROF. DR. NEŞ'E BİLGİN
- Cbioportal aracı kullanarak ferroptoz direnci ve hassasiyeti ile ilişkili genlerin araştırılması
Investigation of genes associated with ferroptosis resistance and sensitivity using the cbioportal tool
MEHMET GÖKHAN ERTUĞRUL
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyolojiZonguldak Bülent Ecevit ÜniversitesiMoleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ KEREM MERT ŞENSES
- Nadir metabolik hastalıklarda tüm ekzom dizileme verilerinin biyoinformatik analizleri ile fenotipten sorumlu varyantların değerlendirilmesi
Bioinformatics analysis and variant interpretation of whole exome sequencnig data in inborn errors of metabolism
CAN KOŞUKCU
Doktora
Türkçe
2024
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıHacettepe ÜniversitesiPediatrik Temel Bilimler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RIZA KÖKSAL ÖZGÜL