The quest for better cancer therapies:Identification of transcription factor involvement in ATP7B regulation via dCas9-Apex2 (Caspex), TOX4 as a potential regulator of Cisplatin resistance
Cisplatin direncini aşma arayışı: ATP7B düzenlemesinde transkripsiyon faktörlerinin dCas9-Apex2 (Caspex) Aracılığıyla Belirlenmesi ve Cisplatin Direncinde Bir Düzenleyici Olarak TOX4'ün tanımlanması
- Tez No: 817604
- Danışmanlar: PROF. DR. CEYDA AÇILAN AYHAN, DOÇ. DR. NATHAN ALLAN LACK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Moleküler Tıp, Biology, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: ATP7B, Cisplatin Direnci, TOX4, Proteomiks, Moleküler Biyoloji, ATP7B, Cisplatin Resistance, TOX4, Proteomics, Molecular Biology
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Hücresel ve Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Hücresel ve Moleküler Tıp Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 131
Özet
ATP7B geninin düzenlenmesinde belirli transkripsiyon faktörlerinin ve epigenetik modifikasyonların tanımlanması, kanser ilaç direnci mekanizmalarına yönelik terapötik stratejilerin geliştirilmesinde yeni perspektifler sunabilir. Bu çalışmada, ATP7B'nin promoteriyle etkileşime giren proteinleri belirlemek için genomik lokus proteomik dCas9-Apex2 (CASPEX) kullanılmıştır. Bu, transkripsiyon faktörlerinin ve epigenetiklerin ATP7B'nin düzenlenmesindeki rolünün daha iyi anlaşılmasını sağlayabilir ve sonuç olarak ATP7B işlev bozukluğu ve kanser ilaç direnci ile ilişkili hastalıkların tedavisine katkıda bulunabilir. CASPEX aracılığıyla transkripsiyon faktörlerini incelemek için ATP7B'ye hedeflenen etkili gRNA'larla +1 transkripsiyon başlangıç noktasından -3000 baz çiftine kadar olan 7 bölge seçilmiştir. Ayrıca, ATP7B promotöründe gRNA'ların hedefleme verimliliği, kromatin immünopresipitasyonu (ChIP) ile doğrulanmıştır. Ayrıca, ATP7B CASPEX'in kitle spektrometrisi sonuçlarından, ATP7B ve kanserle ilişkili çeşitli parametrelere sahip 150'den fazla zenginleştirilmiş transkripsiyon faktörü adayı belirlenmiştir. Doğrulamalarımız sonucunda, TOX4'ün ATP7B ve Cisplatin direncinin HEK293T ve HUH7 hücre hattında yeni bir düzenleyici olduğunu tespit ettik. TOX4 Knockout, ATP7B seviyesini azaltırken, TOX4'ün aşırı ifadesi transkripsiyonel olarak ATP7B seviyelerini arttırmaktadır. Ardından, TOX4'ün ATP7B promoterine bağlanmasını eksogen luciferaz deneyleri ve ChIP-qPCR ile doğruladık. Ek olarak, TOX4'ün ekpresyonuna bağlı olarak hücrelerin cisplatine karşı hassaslaştırılması ve direnç geliştirilmesi doğrulandı. Özet olarak, bu bulgular, ATP7B geninin düzenlenme mekanizmaları hakkında yeni perspektifler sunmakta ve ATP7B işlev bozukluğu ile ilişkili hastalıkların anlaşılması ve tedavisi için önemli olabilir, bunlar arasında kanser ilaç direnci de bulunmaktadır. Bu transkripsiyon faktörlerinin ve TOX4'ün ATP7B geninin ana düzenleyicileri olarak tanımlanması, gelecekteki kanser terapötik stratejilerde hedef alınabilecek potansiyeli taşımaktadır.
Özet (Çeviri)
The identification of specific transcription factors and epigenetic modifications that regulate the ATP7B gene could provide new insights into the development of therapeutic strategies targeting cancer drug resistance mechanisms. Here, we used genomic locus proteomics dCas9-Apex2 (CASPEX) to identify proteins that interact with the promoter of ATP7B which can provide a deeper understanding of the role of transcription factors and chromatin modifiers in the regulation of the ATP7B, and ultimately, contribute to the development of new therapies for diseases associated with ATP7B dysfunction and cancer drug resistance. To explore the transcriptional regulators responsible for controlling the expression of the ATP7B gene, we dissected the -3000 bp to +1 bp region at the ATP7B promoter into seven distinct regions, which was carried out to comprehensively cover the proteins that bind to the promoter, using the CASPEX labeling system. The targeting efficiency of the gRNAs on ATP7B promoter was confirmed via chromatin immunoprecipitation (ChIP). Following mass spectrometry, we identified over 150 transcription factors that were enriched at the ATP7B promoter. We selected specific candidates to examine their impact on ATP7B expression through overexpression or knock-out experiments. Additionally, we investigated their ability to bind to the ATP7B promoter using ChIP-qPCR analysis. Our screening suggested that TOX4 acts as a novel regulator of ATP7B in HEK293T and HUH7 cell lines. The activity of TOX4 at the ATP7B promoter was confirmed via both luciferase reporter assays and ChIP-qPCR experiments. Furthermore, while TOX4 Ox conferred cisplatin resistance, its downregulation lead to sensitization by out hypothesis. In conclusion, our discoveries offer new perspectives on the regulatory mechanisms governing the ATP7B gene, which could have significant implications for comprehending and addressing cancer drug resistance involving TOX4. The recognition of these transcription factors, particularly TOX4, as crucial regulators of the ATP7B gene, opens up possibilities for potential targeting in future cancer therapeutic approaches.
Benzer Tezler
- Expansion and genetic modification of human natural killer cells for adoptive immunotherapy of cancer
Başlık çevirisi yok
TOLGA SÜTLÜ
- A roadmap for breast cancer microwave hyperthermia treatment planning and experimental systems
Meme kanseri mikrodalga hipertermisinde tedavi planlama ve deneysel sistemler için bir yol haritası
MELTEM DUYGU ŞAFAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜLŞAH YILDIZ ALTINTAŞ
- Meme karsinomlarında CTLA-4, PD-1 ve LAG-3 ekspresyonları ile tümör içi lenfosit skorunun prognoza etkisi
Prognostic significance of tumor infiltrating lymphocytes with CTLA-4, PD-1, and LAG-3 expression in breast carcinomas
SİDAR BAĞBUDAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Onkolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEMEN ÖNDER
- Tüm tedavi süresinin radikal serviks kanseri radyoterapisinde lokal kontrolde prognostik faktör olarak değeri: Retrospektif analiz
The Prognostic effect of overall treatment time on local control in radical cervix cancer radiotherapy: A Retrospective analysis
TOLGA HÜSNÜ TUNCER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1999
Onkolojiİstanbul ÜniversitesiRadyasyon Onkolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLYÜZ ATKOVAR
- Alkil zincirleri ile sübstitüe asimetrik ftalosiyanin sentezi
Synthesis of alkyl chain substituded unsymmetrical phthalocyanines
NİLGÜN ÖZGÜR
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESİN HAMURYUDAN