Exploring nanobodies interrupting the interaction between p53 and MDM4
P53 ve MDM4 etkileşimini bozan nanobodilerin keşfi
- Tez No: 554576
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET BATU ERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 114
Özet
p53 proteini hücre bölünmesinin durdurulması, apoptoz ve senesens gibi önemli tümör baskılayıcı rolleri sayesinde genomun gardiyanı olarak bilinir. Bu roller son derece hayati olduğu için, p53 yolağı çok sıkı bir şekilde kontrol edilmelidir. Stres olmayan koşullarda, hücre içindeki p53 protein miktarı, p53 proteininin ubikutinlenmesi ve transkripsiyon aktivitesinin engellenmesi ile sırasıyla MDM2 ve MDM4 proteinleriyle kontrol altında tutulur. MDM2, p53 proteinin aktivitesinin ana modülatörü olmasına rağmen, p53' ün kontrolünün sağlanması için MDM2 ve MDM4' un işbirliğine ihtiyaç vardır. Bu nedenle, MDM4 proteini bu mekanizmada MDM2 proteini kadar önemlidir. Çoğu kanser tipinde, p53 proteininde mutasyon vardır ya da antagonistlerinin yüksek seviyede üretilmesi gözlenmiştir. Bu nedenle, kanser ilacı geliştirilmesinde p53-MDM2- MDM4 etkileşimi hedeflenmiştir. Buna ek olarak, antagonistlerin yüksek seviyede üretildiği bazı kanserlerde, sadece MDM2 için inhibitör kullanımı p53 proteinini aktive etmeye yeterli olmamıştır. Bu nedenle, MDM4 proteini için inhibitör araştırmaları önem kazanmıştır. Bu çalışmada bilgisayar ortamında tasarlanmış p53/ MDM4 etkileşimini bozan nanobodilerinin saflaştırılmasını optimize etmeyi ve bağlanmalarını yüzey plasmon rezonans (SPR) ve floresan ikili hibrit tekniği ile test etmeyi amaçladık.
Özet (Çeviri)
The p53 protein is considered as the guardian of the genome thanks to its important tumor suppressor roles such as cell-cycle arrest, apoptosis and senescence. Because these roles are extremely vital, the p53 pathway is strictly regulated. During unstressed conditions, p53 protein levels are kept in control by both ubiquitination of the p53 protein and inhibition of its transcriptional activity through the MDM2 and MDM4 proteins, respectively. Although MDM2 is the main modulator of p53 activity, there is a collaboration between MDM2 and MDM4 proteins to enable the control of p53. Thus, MDM4 is as important as MDM2 in this mechanism. In most human cancers, there is either a mutation in the Tp53 gene or an overexpression of its negative regulators. Thus, targeting the p53-MDM2-MDM4 interplay is one of the main aims of cancer therapeutics. Also, in some cancers, where there is overexpression of negative regulators, the use of inhibitors for only MDM2 is not enough to activate the p53 protein. For this reason, exploring inhibitors for MDM4 are vital for therapy. In this study, we aimed to optimize the purification of in silico designed nanobodies targeting the MDM4-p53 interaction and test their affinity and effectiveness by surface plasmon resonance (SPR) and a fluorescent two-hybrid (F2H) assay.
Benzer Tezler
- Computational design of nanobodies targeting the neoantigens of oncogenic KRAS G12 mutations
Onkojenik KRAS G12 mutasyonlarının neoantijenlerini hedefleyen nanokorların hesaplamalı tasarımı
MURATCAN MENTEŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Biyokimyaİzmir Ekonomi ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ CİHANGİR YANDIM
- Ortaöğretim öğretmenlerinin teknolojik pedagojik alan bilgisi düzeylerinin etkileşimli tahta ve diğer öğretim teknolojilerini kullanma durumlarına göre incelenmesi
Exploring the technological pedagogical content knowledge level of high school teachers with respect to use of interactive whiteboards and other instructional technologies
SİNAN BİLİCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Eğitim ve ÖğretimYüzüncü Yıl ÜniversitesiBilgisayar ve Öğretim Teknolojileri Eğitimi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÇETİN GÜLER
- Exploring the role of nostalgia in the restaurant experience and its reflections on return patronage
Nostalji duygusunun restoran deneyimi üzerine etkisi ve tekrar ziyaret niyetine yansımaları
BEGÜM KIZILDEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
İşletmeİstanbul Bilgi ÜniversitesiPazarlama İletişimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KAAN VARNALI
- Exploring and communicating user diversity to inform the design of products promoting sustainable behaviors
Çevreci davranışları teşvik eden ürünlerin tasarımını bilgilendirmek için kullanıcı çeşitliğinin irdelenmesi ve tasarımcılara aktarılması
AYKUT COŞKUN
Doktora
İngilizce
2015
Endüstri Ürünleri TasarımıOrta Doğu Teknik ÜniversitesiEndüstri Ürünleri Tasarımı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÇİĞDEM ERBUĞ
- Exploring adoption of smart glasses: Applications in medical industry
Akıllı gözlüklerin benimsenmesinin keşfedilmesi: Sağlık endüstrisindeki uygulamalar
MÜGE GÖKEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Endüstri Ürünleri Tasarımıİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüEndüstri Ürünleri Tasarımı Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET NURİ BAŞOĞLU