Kromatin düzenlenmesi ve transkripsiyonel regülasyonda rol alan histon asetiltransferaz komplekslerinin alt birimleri arasındaki etkileşimlerin karakterizasyonu
Characterization of the interactions among the subunits of the histoneacetyltransferase complexes which play a role in the chromatin regulation andtranscriptional regulation
- Tez No: 555060
- Danışmanlar: PROF. DR. ZEKİ TOPÇU, DOÇ. DR. ALİ DEMİR SEZER
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Biyoteknoloji, Biochemistry, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Transkripsiyonel regülasyon, histon asetil transferazlar, maya 2 hibrit, protein-protein etkileşimleri, eş-immün çöktürme, Transcriptional regulation, histone acetyl transferases, yeast two hybrid, protein-protein interactions, co-immunoprecipitation
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Farmasötik Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 166
Özet
Amaç: Gen ekspresyonunun transkripsiyonel regülasyonunda anahtar role sahip STAGA protein kompleksinin katalitik alt birimlerinin protein-protein etkileşimlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Tez kapsamında belirlenmesi amaçlanan protein-protein etkileşimleri ilk olarak maya 2 hibrit teknoloji kullanılarak in vivo analizlenmiştir. Çalışılan proteinler insan proteinleri olduğu için maya 2 hibrit yöntemi ile maya hücrelerinde belirlenen etkileşimlerin doğrulanması amacıyla insan hücre hatlarında spesifik antikorlar varlığında eş-immün çöktürme analizleri yapılmıştır. Fiziksel olarak etkileşimleri test edilen proteinlerin aynı hücre kompartmanında bulunduklarının incelenmesi için floresan mikroskop altında eş-lokalizasyonları görüntülenmiştir. Bulgular ve Sonuçlar: Tez kapsamında STAGA kompleksi histon asetiltransferaz modülü alt birim proteini ADA3'ün etkileşim partner proteinleri; AATF, PHF21A, PPP2R5D ve PPP1R7'nin modülün enzimatik aktivitesinden sorumlu GCN5 ile etkileşimleri ve etkileşimlerden sorumlu gen bölgeleri maya 2 hibrit yöntemi ile belirlenmiştir. Memeli hücrelerinde ADA3 partner proteinlerinin kompleksin deubikütinaz enzimatik aktivitesine sahip diğer modülünün alt birimleri USP22, ATAXIN7L3 ve ENY2 ile etkileştikleri gözlenmiş ve floresan mikroskopi ile eş-lokalizasyonları görüntülenmiştir. STAGA'nın kompleks içindeki etkileşimlerinin spinoserebellar ataksi 7 hastalığındaki rollerini anlamak için ADA3'ün ATAXIN7'nin yabanıl tip ve mutant formu ile etkileşimleri maya 2 hibrit yöntemi ile analizlenmiş ve belirlenen etkileşimler memeli hücrelerinde incelenerek doğrulanmıştır.
Özet (Çeviri)
Aim: It is aimed to determine the protein-protein interactions of the catalytic subunits of STAGA protein complex, which has a key role in the transcriptional regulation of gene expression. Material Methods: The protein-protein interactions to be determined in the context of the thesis were first in vivo analyzed using yeast two hybrid technology. Since the proteins studied are human proteins, co-immuneprecipitation analyses were performed in the presence of specific antibodies using human cell lines to confirm the interactions determined in yeast cells by the yeast two hybrid method. Co-localizations were visualized under the fluorescence microscope to analyze the physically interacting proteins that were tested in the same cell compartment. Results and Conclusion: The interaction partner proteins of STAGA complex histone acetyltransferase module subunit protein ADA3 which are AATF, PHF21A, PPP2R5D and PPP1R7 with GCN5 responsible for the enzymatic activity of the module and gene regions responsible for interactions were determined by yeast two hybrid method within the scope of the thesis. ADA3 partner proteins were observed to interact with subunits USP22, ATAXIN7L3 and ENY2 of the other module of the complex with deubiquinase enzymatic activity, and their co-localization were monitorized by fluorescence microscopy in mammalian cells. To understand the role of the internal interactions of the STAGA in spinocerebellar ataxia 7 disease, the interactions of ADA3 with the wild-type and mutant form of ATAXIN7 were analyzed by yeast-two hybrid method and the determined interactions were verified in mammalian cells.
Benzer Tezler
- Hepatosellüler karsinomada SIP1'in protein etkileşimlerinin ve ifadesini düzenlediği genlerin tanımlanması
Defining the protein interactions of and regulation of target genes by SIP1 in hepatocellular carcinoma
PELİN BALÇIK ERÇİN
Doktora
Türkçe
2018
BiyolojiGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAMER YAĞCI
- In vitro and in silico investigation of NFIB-SUMO interactions
NFIB-SUMO etkileşimlerinin in vitro ve in silico olarak incelenmesi
AYBERK ÖZKAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR
- p60-katanin (katna1) gene promoter regulatıon by ELK1
p60-katanin (KATNA1) gen promotörünün ELK1 ile regülasyonu
DOLUNAY KELLE
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Epigenetics of the mesenchymal to epithelial transition
Mezenkimal epitelyal dönüşümün epigenetiği
İNCİ YAPRAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiGenom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HANİ ALOTAİBİ
- GLT-1 (glutamat transporter 1) promotorunun, SIRT4 (sırtuın 4) susturulmuş, glia hücrelerinde düzenlenmesi
Regulation of the glutamate transporter 1 (GLT--1) promoterin sirtuin 4 (SIRT4) silenced glial cells
ERKAN USLUER
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Tıbbi BiyolojiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GİZEM DÖNMEZ YALÇIN