Tissue specific transcriptome of zebrafish in ache mutant embryos
Ache mutasyonlu zebrabalığı yavrularında dokuya özgü transkriptomu
- Tez No: 557109
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 168
Özet
Bazı genler tüm dokularda yakın miktarlarda ifade olunurken bazı genler bir veya birkaç dokuda diğerlerinden fark edilebilir miktarda yüksek olarak ifade edilmekte olup bu genlere“dokuya özgü gen”ismi verilmektedir. Dokuya özgü genler, dokuların fenotipini anlamamıza yardımcı olabilecek genlerdir. Zebrabalığı dokularına ait özgün genleri tespit ederek, susturalan/silinen genlerin işlevlerini anlamamız kolaylaşacaktır. Bu çalışmada, herkese açık olarak sunulan ve 5-9 aylık yetişkin zebrabalığına ait 15 dokunun RNA dizileme örnekleri, zebrabalığına ait dokuya özel genlerin tespiti için kullanıldı. Literatürde mevcut olan SD, RPKM ve TPM normalizasyon metotlarını uygulandıktan sonra yine literatürde varolan dokuya özgü genleri hesaplamak için kullanılan formüller, R kullanılarak uygunalarak sonuçlar birbirleri ile karşılaştırılarak.dokuya ait genlerin bulunması hedeflenmiştir. Bir sonraki aşamada, bu veriseti, asetilkolinesteraz (ache) mutant 3 günlük balık (3dpf) embryosu RNAseq veriseti ile karşılaştırılarak, ache geninin rolü hakkında daha fazla bilgi edinilmesi hedeflenmiştir. Analiz sonucunda retina, kas ve karaciğere ait genlerin (örneğin arr3a, rpe65a, rom1b and fabp10a) ache geninin yokluğunda daha az ifade edildiği keşfedilmiş ve bazıları 3 ve 5 dpf balık embryolarında qRT-PCR deneyleri ile doğrulanmıştır. Buna ek olarak, ache geninin ışık ve karanlık döngüsünden nasıl etkilendiğinin anlaşışması için değişik ışık-karanlık döngüsünde yetiştirilen balıklarla pilot bir çalışma yapılmış ve bu çalışmada 3 günlük ache mutant balıkların retinaya özel genlerinin bu değişimden ışıktan bağımsız olarak daha fazla etkilendiği bulgulanmıştır.
Özet (Çeviri)
Differential expression of specific genes in certain tissues provides information about tissue specificity which might define phenotypes of various tissues. It is possible to understand the tissue-specific effects of knockout or knockdown studies performed on zebrafish embryos, using such genes. In this study, publicly available RNA-seq datasets providing data on 15 of the tissues from 5-9 months old zebrafish were used to estimate tissue specificity for zebrafish genes. Three different normalizations (i.e SD, RPKM, TPM) of 15 tissues were performed to compare; and the results were used to understand whether a given zebrafish mutant has significant enrichments for tissue-specific genes, based on different metrics including Tau, TSI, Hg, Spm, Gini, Counts. Application of these pipelines to the publicly available acetylcholinesterase (ache) mutant vs. healthy zebrafish data (GSE74202) revealed that many retina- muscle-, and liver-specific genes were downregulated in ache mutants. The downregulation of retina and liver specific genes (such as arr3a, rpe65a, rom1b and fabp10a, respectively) were futher confirmed with qPCR on comparative study of ache (+/?) and ache (-/-) 3 days post fertilization (dpf) zebrafish embryos. In addition a pilot experiment testing the effects of constant light and constant dark exposure for 3-5 dpf ache mutant and healthy embryos were performed, suggesting that the expression of retina-specific genes were more prominently affected in 3 dpf mutant embryos regardless of light.
Benzer Tezler
- Olfactory neurogenesis following acute injury
Akut hasar sonrasında koku nörogenezi
SERDAR ÇAPAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. STEFAN HERBERT FUSS
- Arı sütünün zebra balığı (Danio rerio) diyetlerinde bazı büyüme (GH ve IGF-I) ve immün sistem (TGF-β) doku spesifik gen ekspresyonları üzerine olan etkisi
Effect of royal jelly on some growth (GH and IGF-I) and immune system (TGF-β) tissue spesific gene expression in zebra fish (Danio rerio) diet
ONUR VURAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
ZiraatAtatürk ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERCÜMENT AKSAKAL
- Hamsi Balığı (Engraulis encrasicolus L., 1758)'nın genom düzeyinde doku spesifik transkriptom analizi
Genome-wide tissue specific transcriptome analysis of European Anchovy Fish (Engraulis encrasicolus L., 1758)
VAHAP ELDEM
- Hacıhaliloğlu kayısı (Prunus armeniaca) çeşidinde transkriptom analizi
Transcriptome analysis of apricot (Prunus armeniaca) varriety 'Hacıhaliloğlu'
ONUR CANBULAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatErciyes ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KAHRAMAN GÜRCAN
- Mezial temporal skleroz patolojisinde apoptotik ve sağ kalım cevaplarının mRNA ekspresyonu seviyesinde analizi
mRNA expression analysis of apoptotic and survival responses in mesial temporal sclerosis pathology
FİLİZ ÖZBAŞ GERÇEKER
Doktora
Türkçe
2004
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERAL ÖZGÜÇ