Targeting human telomeric DNA with azacyanines
İnsan telomerik DNA'sının azasiyaninler ile hedeflenmesi
- Tez No: 557189
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 181
Özet
Telomerik DNA'yı hedefleyen küçük moleküller ve onların telomeraz enzimi ile etkileşimleri yoğun olarak çalışılan kanser araştırmalarındandır. Bu tez çalışması kapsamında, birbirlerinden alkil grubu uzunlukları ve dallanmaları bakımından farklılık gösteren beş yeni benzimidazol türevi molekül (etil, propil, izopropil, bütil, ve izobütil) sentezlenmiş, ve Nükleer Manyetik Rezonans (NMR) spektroskopisi, Yüksek Çözünürlüklü Kütle spektroskopisi, ve C/H/N elemental analiz yöntemleri kullanılarak karakterize edilmiştir. Bu moleküllerin daha önce sentezlenmiş ve karakterize edilmiş Azametil ile birlikte insan telomeric DNA'sı (tel24) ile etkileşimleri UV-VIS, Circular Dichroism, ve Floresans spektroskopisi kullanırak incelenmiştir. Tel24 ile1:1 oranında kompleks oluşturan bütün moleküller 320 nm ve 360 nm arasında zayıf bir CD bantı vermiştir. Tel24'e bağlanan Azametil ve Azabütil'in UV-VIS spektrumunda önemli bir oranda kırmızıya kayma (yüksek dalga boyuna kayma) ve hipokromik etki oluştuğu gözlenmiştir. Azaisopropil'in UV-VIS spektrumunda heredeyse hiç kırmızıya kayma ve hipokromik etki gözlenmemiştir. Bütün moleküller arasında bütil türevinin Tel24'e daha önce incelenmiş metil türevine göre daha kuvvetli bağlandığı gözlemlenmiştir. Tel24'e bağlanma sabitleri Azametil, Azabütil, ve Azaizobütil için sırasıyla 6.61x105 ± (3.74x104), 7.84x105 ± (3.44x104), ve 4.55x105 ± (1.23x104) M-1 olarak bulunmuştur. Ayrıca, Azaizopropil'in tel24'e en zayıf bağlanan molekül olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak bu çalışma ile birliktetel24'ün Azametil, Azabütil ve Azaizobütil moleküllerine özgü bir hedef olabileceği ve azasiyaninlerin G-quadrupleksleri hedeflemek için kullanılabilecek makul ilaç adayı moleküller oldukları gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
Small molecules targeting telomeric DNA or its interactions with telomerase have been an active area of cancer research. Within this thesis, a series of five new benzimidazole compounds differing from each other in alkyl chain length and branching in the benzimidazole ring (ethyl, propyl, isopropyl, butyl, and isobutyl) were synthesized and characterized using Nuclear Magnetic Resonance (NMR) spectroscopy, High Resolution Mass spectroscopy and C/H/N elemental analysis. Their interactions with human telomeric DNA (tel24) along with the previously investigated methyl derivative were investigated using UV-VIS, Circular Dichroism, and Fluorescence spectroscopy. All the compounds were found to be binding to tel24 and inducing a weak CD band between 320 nm and 360 nm in 1:1 complexes. Substantial red-shift and hypochromic effect were observed only in the UV-VIS spectrum of Azamethyl and Azabutyl upon binding to tel24. No red shift or hypochromic effect was observed in the UV-VIS spectrum of Azaisopropyl in the presence of tel24. Among the compounds investigated, the butyl derivative was found to be binding to tel24 tighter than the previously investigated methyl derivative. Association constants were found to be 6.61x105 ± (3.74x104), 7.84x105 ± (3.44x104), and 4.55x105 ± (1.23x104) M-1 for Azamethyl, Azabutyl, and Azaisobutyl respectively. Azaisopropyl showed the lowest binding affinity towards tel24. As a result, this study revealed that tel24 was a specific target for Azamethyl, Azabutyl,and Azaisobutyl and azacyanines might be plausible drug candidate molecules in targeting G-quadruplexes.
Benzer Tezler
- VEGF G-quadruplex: its interactions with doxorubicin and detection with a gold nanoparticle-azacyanine fluorescence probe
VEGF G-dörtlü yapisinin doksorobisin ile etkileşimi ve altın nanoparçacık-azasiyanin floresans probu ile tespiti
ECENAZ BİLGEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
KimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL
- G-quadruplexes: Targeting with azacyanines and application to hydroxychloroquine detection
G- dört yapıları: Azasiyaninler ile hedeflenmeleri ve hidroksiklorokin tespitinde kullanımları
KÜBRA DOĞAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL
- Bir seri yeni floren/florenon temelli bileşiklerin sentezi, karakterizasyonu, farklı DNA, RNA ve sentetik oligonükleotidlerle etkileşimlerinin spektroskopik yöntemlerle incelenmesi
The synthesis and characterization of novel compounds based on fluorene/fluorenone ring and determination of their interaction studies with different DNA, RNA and synthetic oligonucleotides by spectroscopic methods
ERGİN YALÇIN
Doktora
Türkçe
2016
Eczacılık ve FarmakolojiGazi ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZEYNEL SEFEROĞLU
- The ın vitro and ın vivo effects of telomerase substrate 6-thio-2'-deoxyguanosine
Telomeraz substrati 6-tiyo-2'-deoksiguanozin'in in vitro ve in vivo etkileri
İLGEN MENDER
- Synoptic mapping of DNA damage in the replicative senescence of human fibroblasts
İnsan fibroblastlarında replikatif yaşlanma sırasında meydana gelen DNA hasarının kapsamlı haritalanması
SILA NAZ KÖSE
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Genetikİzmir Ekonomi ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ CİHANGİR YANDIM