Developing a guide of bioinformatic database for probiotic products
Probiyotik ürünlerin biyoinformatik veritabanı için bir rehber geliştirilmesi
- Tez No: 558646
- Danışmanlar: PROF. DR. HAYRİYE ŞEBNEM HARSA, DOÇ. DR. EFE SEZGİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Son zamanlarda, probiyotik kullanımı mikrobiyota üzerinde potansiyel sağlık etkilerine sahip olduklarından dolayı insan vücudundaki homeostazı korumaya yönelik olarak hızla artmaktadır. Biyoinformatik genel olarak biyolojik verilerin toplanması ve analiz edilmesi olarak tanımlanmaktadır. Bu bağlamda, probiyotikler için biyoinformatik bir sistem kurulması, hastalıklar ve ürünler üzerinde sorgu yapılmasını sağlarken, insan sağlığı için yararlı etkileri vurgulanarak öneminin üstünde durulması hedeflenmektedir. Bu çalışmada, kapsamlı bir kılavuz geliştirmek için in vitro, in vivo, klinik ve meta-analize dayalı çalışmalar baz alınarak probiyotikler hakkında yeni bilgiler toplanmıştır. S. boulardii'nin (Sb) ishalin önlenmesine karşı yapılan randomize kontrollü çalışmaları içeren meta-analizlerde yetişkinlerde 0,51 (% 95 CI [0,40-0,64]) ve çocuklarda 0,55 (% 95 CI [0,42-0,72]) göreceli riskleri bulunmuştur. Bu sonuçlar, Sb'nin yetişkin ve çocuk hastalarda farklı ishal tiplerinin önlenmesinde ve tedavisinde etkili olduğunu göstermiştir. Tecnico Lisboa'da* Sb probiyotik ve probiyotik olmayan Saccharomyces cerevisiae (Sc) suşlarını karşılaştıran in silico gen anlatım çalışmasında 26 gende transkripsiyon düzenleme farklılıkları olduğu gösterilmiştir. ProBioYeastract isimli özgün bir veritabanına katkıda bulunmak üzere in-silico“pipeline”yaklaşımıyla bir tasarım geliştirildi. Sb CNCM I-745 ve Unique28 suşlarını Sc S288C suşu ile karşılaştıran bir şuslar arası promotör karşılaştırma analizi, 26 probiyotik özellik ile ilişkili gen anlatımının, probiyotik olan ve probiyotik olmayan suşlarda farklı transkripsiyon faktörleri tarafından kontrol edilebileceği tahmin edildi. Sb CNCM I-745'te, seçilen altı gen arasından EFG1 geni biyofilm oluşumu, kümelenmesi ve adezyon testleri ile yüksek bulunup aynı zamanda gen tanımlanmasında Sc BY4741'e kıyasla yukarı regüle edildiği gözlendi.
Özet (Çeviri)
Recently, probiotic use has rapidly expanded, as they have potential health effects for microbiota to protect homeostasis in the human body. Bioinformatics is generally defined as collecting and analysing biological data. Establishing a bioinformatic system for probiotics, would have a potential to emphasize the beneficial impacts for human health, while enabling cross examination on diseases and products. In this study, new information has been collected about probiotics based on in vitro, in vivo, clinical trials and meta-analysis to develop a comprehensive guide. Meta-analyses of sixteen and seventeen randomized, controlled trials of S. boulardii (Sb) against diarrhea reported pooled relative risks of 0.51 (95% CI [0.40-0.64]) in adults and 0.55 (95% CI [0.42-0.72]) in children, respectively. These results demonstrated that Sb was effective for preventing and treating different types of diarrhea in adult and children patients. An in silico gene expression study conducted in Tecnico Lisboa* comparing Sb probiotic and non-probiotic Saccharomyces cerevisiae (Sc) strains showed transcription regulation differences in 26 genes. An in silico pipeline that was used as the basis for a new query in the ProBioYeastract database was developed. A cross-strain promoter analysis, comparing Sb CNCM I-745 and Unique28 strains with Sc S288C strain showed that the expression of 26 probiotic-related genes was predicted to be controlled by different transcription factors in probiotic vs non-probiotic strains. Among the evaluated six selected genes, a gene involved in biofilm formation, aggregation, and adhesion, EFG1, was found to be up-regulated in Sb CNCM I-745 compared to Sc BY4741. *Supervisors; Assoc. Prof. Miguel Teixeira and Asst. Prof. Pedro Monteiro
Benzer Tezler
- Application of computational biology approaches for the investigation of the molecular mechanisms of cancer across taxonomic groups
Farklı taksonomik gruplarda kanserin moleküler mekanizmalarının hesaplamalı biyoloji uygulamalarıyla araştırılması
IŞIL TAKAN
Doktora
İngilizce
2022
BiyoteknolojiDokuz Eylül ÜniversitesiGenom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ATHANASİA PAVLOPOULOU
- Irak'ın Anbar kentinde Hepatit B virüsünün moleküler çalışması ve hepatit genotiplemesi ile interlökinler ve hepatit arasındaki ilişkinin tespiti
Molecular study of Hepatitis B virus and detection of hepatitis genotyping as well as the relationship between interleukins and hepatitis in Anbar, Iraq
MOHAMMED SHAKIR MHMOOD AL-INIZI
Doktora
Türkçe
2024
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SONGÜL ŞAHİN
DR. ÖĞR. ÜYESİ LAİTH MUSLEH NAJEEB
- Identification of alternative oxidase encoding genes in Caulerpa cylindracea
Caulerpa cylindracea türünde alternatif oksidaz kodlayan genlerin tanımlanması
ÖMER CAN ÜNÜVAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
BiyokimyaAbant İzzet Baysal ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DR. ERCAN SELÇUK ÜNLÜ
- The significance of developing the sociolinguistic competence: A practical guide for translation and interpretation students
Toplum dilbilim yeterliliğini geliştirmenin önemi: Mütercim tercümanlık öğrencileri için pratik bir rehber
ASIIAT SHABAZGERIEVA
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Mütercim-TercümanlıkAtılım ÜniversitesiMütercim Tercümanlık Ana Bilim Dalı
Assoc. Prof. Dr. HALİL İSMAİL ERTON