Irak'ın Anbar kentinde Hepatit B virüsünün moleküler çalışması ve hepatit genotiplemesi ile interlökinler ve hepatit arasındaki ilişkinin tespiti
Molecular study of Hepatitis B virus and detection of hepatitis genotyping as well as the relationship between interleukins and hepatitis in Anbar, Iraq
- Tez No: 886351
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SONGÜL ŞAHİN, DR. ÖĞR. ÜYESİ LAİTH MUSLEH NAJEEB
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 109
Özet
Hepatit B virüsü (HBV) dünya çapında bir sağlık sorunudur. HBV'nin ortadan kaldırılmasında sitokinler önemli bir rol oynar. İnterlökin-6, 27 ve 34 (IL-6, Il-27, IL-34) son zamanlarda HBV'nin etiyolojisi ve patogenezinde rol oynayan sitokinler olarak bilinmektedir. HBV'nin genotiplendirilmesi önemlidir çünkü tedavi kararlarını yönlendirmeye yardımcı olabilir. Örneğin, HBV'nin bazı genotiplerinin belirli antiviral tedavilere yanıt verme olasılığı diğerlerine göre daha yüksektir. Ayrıca, hepatoselüler karsinom ve siroz gibi ciddi karaciğer hastalığı gelişme riski HBV genotiplemesi kullanılarak öngörülebilir. Yapılan çalışmalarda, hepatit hastalarının genotipleri ve alt genotiplerinin yanı sıra genetik dizideki varyasyonlar da belirlenmiştir. Ayrıca, hastalık gelişimindeki duyarlılık rollerini anlamak için HBV hastalarında ve kontrollerde IL-6, IL27 ve IL-34 serum seviyeleri de belirlenmiştir. Bu nedenle, çalışmamızda Irak'ta yaşayan akut ve kronik HBV hastalarında, HBV genotipinin ve alel frekanslarının belirlenmesi amaçlamıştır. Çalışmamız, Ocak-Ekim 2023 tarihleri arasında hepatit ile enfekte olmuş farklı yaşlardaki 139 hasta (erkek ve kadın) ve 40 sağlıklı (HBV ile enfekte olmamış) bireyi (erkek ve kadın) içermektedir. Tüm serum örneklerinde HbsAg'yi tespit etmek için HBs Ag ELISA kiti ve akut HBV hastalarını belirlemek için Anti-HBc IgM ELISA kiti kullanılmıştır. Test edilen 112 numune hepatit B virüsü DNA'sı belirlemek için yuvalanmış PCR ile analiz edilmiştir. Birinci tur PCR ürünleri, tüm akut hepatit B hastalarının 45 (%100) 1003 bp bant gösterdiğini ortaya koymuş, bu da mevcut örneğin virüsle hepatit B enfeksiyonu olan hastalardan geldiğini doğrulamıştır. 67 kronik hepatit B virüsü hastasının 42'sinde (%62,7) HBV-DNA testi pozitif, 25'inde (%37,3) HBVDNA testi negatif çıkmıştır. Akut HBV hastalarının yaş ortalaması ± SD 39,25±2,17 yıl, Kronik hastaların 36,35±2,56 yıl, kontrol grubunun ise daha düşük bir yaş ortalamasına (26,97±1,49 yıl) sahip olduğu tespit edilmiştir. Bununla birlikte, hasta ve kontrol grupları arasında oldukça anlamlı bir fark belirlenmiştir (p=0,0002). Akut HBV hastalarının %50'sini hem erkekler hem de kadınlar oluştururken, Kronik HBV hastalarının %67,5'ini erkekler, %32,5'ini ise kadınlar oluşturmuştur. Son olarak, nested PCR'dan elde edilen amplikonlar Sanger sekanslama yöntemiyle sekanslanmıştır. Buna göre, DNA'sı incelenen 80 HBV hastasının tümünde tek tip D genotipinin bulunduğu, 47 (%58,75) erkek ve 33 (%41,25) kadının bunu taşıdığı ve alt genotipin sırasıyla D1, D3 (%92,5, %7,5) olduğu tespit edilmiştir. İncelenen örneklerde 348 T>C, 495 C>T, 501 A>C, 520 C>A, 522 G>A, 530 T>C ve 535 A>C olmak üzere farklı pozisyonlarda yedi nükleik asit varyantı gözlemlenmiştir. Gözlenen varyasyon aynı pozisyona sahip tüm örneklerde bulunmuştur. Diğer varyasyonlar ise incelenen farklı örneklerde farklı pozisyonlarda tespit edilmiş ancak tüm örneklerde tespit edilmemiştir. Bu amino asit dizilerinin HBV referans amino asit dizileri (GenBank acc. NC 003977.2) ile amino asit hizalaması yapılmış ve farklı pozisyonlarda, amplifiye edilen lokusların boyutu dahilinde S proteini üzerinde etki gösteren on varyant bulunmuştur. Bunlardan dördü örneklerin çoğunda tespit edilmiştir, bunlar p82.Pro>Leu, p84.Gln>Pro, p91.Gly>Glu ve p33.Leu>Pro'dur. Altı varyant ise çeşitli örneklerde ve pozisyonlarda tespit edilmiştir. Daha sonra, incelenen örneklerimiz arasındaki gerçek mesafeleri anlamak ve mutasyonlara ve genotipe dayalı akrabaların tespiti için biyoinformatik yazılım araçları yardımıyla bir filogenetik analiz gerçekleştirilmiştir. Dairesel bir kladogram olarak filogenetik ağacı oluşturmak için boot strap yöntemi/Jukes-cantor modeli/komşu birleştirme kullanılmıştır. Yuvalanmış PCR, dizileme ve filogenetik analiz, D genotipinin tespit edilen tek genotip olduğunu ortaya koymuştur. İnterlökinler ile incelenen grup örnekleri (akut, kronik ve kontrol) arasındaki ilişkiye dair sonuçlarımıza gelince, sonuçlar IL-6 ve IL-27'nin serum seviyelerinin hepatit vakalarında önemli ölçüde arttığını, ancak akut vakalarda kronik vakalara kıyasla daha yüksek olduğunu ve her iki durumda da seviyelerinin kontrol gruplarından daha yüksek olduğunu göstermiştir. IL-27 seviyeleri, IL-6 seviyelerine göre oldukça anlamlı bir değere (p 0,0001**) sahiptir. İnterlökin 34 seviyelerinin, hastalar ve sağlıklı kontrol arasında yapılan karşılaştırmada anlamlı bir değere sahip olmadığı (p 0,708 NS) ortaya çıkmıştır.
Özet (Çeviri)
Hepatitis B virus (HBV) is a worldwide health problem. Cytokines play an important role in the elimination of HBV. Interleukins-6, 27 and 34 (IL-6, IL-27, IL-34) have recently been recognised as cytokines involved in the aetiology and pathogenesis of HBV. Genotyping of HBV is important because it can help guide treatment decisions. For example, some genotypes of HBV are more likely to respond to certain antiviral therapies than others. Furthermore, the risk of developing serious liver disease such as hepatocellular carcinoma and cirrhosis can be predicted using HBV genotyping. Studies have identified genotypes and sub-genotypes of hepatitis patients as well as variations in the genetic sequence. Furthermore, serum levels of IL-6, IL27 and IL-34 have also been determined in HBV patients and controls to understand their susceptibility role in disease development. Therefore, our study aimed to determine HBV genotype and allele frequencies in acute and chronic HBV patients living in Iraq. Our study included 139 hepatitis-infected patients (male and female) and 40 healthy (non-HBV-infected) individuals (male and female) of different ages between January and October 2023. HBs Ag ELISA kit was used to detect HbsAg in all serum samples and Anti-HBc IgM ELISA kit was used to identify acute HBV patients. The 112 samples tested were analysed by nested PCR to detect hepatitis B virus DNA. First round PCR products revealed that 45 (100%) of all acute hepatitis B patients showed a 1003 bp band, confirming that the present sample came from patients with hepatitis B infection with the virus. Of 67 chronic hepatitis B virus patients, 42 (62.7%) had a positive HBV-DNA test and 25 (37.3%) had a negative HBV-DNA test. The mean age ± SD of acute HBV patients was 39.25±2.17 years, chronic patients were 36.35±2.56 years, and the control group had a lower mean age (26.97±1.49 years). However, a highly significant difference was found between the patient and control groups (p=0.0002). While 50% of acute HBV patients were both men and women, 67.5% of chronic HBV patients were men and 32.5% were women. Finally, amplicons obtained from nested PCR were sequenced by Sanger sequencing method. Accordingly, it was determined that all 80 HBV patients whose DNA was analysed had a single type D genotype, 47 (58.75%) males and 33 (41.25%) females carried this genotype and the sub-genotypes were D1, D3 (92.5%, 7.5%) respectively. Seven nucleic acid variants were observed at different positions in the analysed samples: 348 T>C, 495 C>T, 501 A>C, 520 C>A, 522 G>A, 530 T>C and 535 A>C. The observed variation was found in all samples with the same position. Other variants were detected at different positions in different samples analysed but not in all samples. Amino acid alignment of these amino acid sequences with the HBV reference amino acid sequences (GenBank acc. NC 003977.2) was performed and ten variants were found at different positions, within the size of the amplified loci, showing an effect on the S protein. Four of these were detected in the majority of samples, namely p82.Pro>Leu, p84.Gln>Pro, p91.Gly>Glu and p33.Leu>Pro. Subsequently, a phylogenetic analysis was performed with the help of bioinformatics software tools to understand the actual distances between our studied samples and to identify relatives based on mutations and genotype. The boot strap method/Jukes-cantor model/neighbour-joining was used to construct the phylogenetic tree as a circular cladogram. Nested PCR, sequencing and phylogenetic analysis revealed that genotype D was the only genotype detected. As for our results on the relationship between interleukins and the studied group samples (acute, chronic and control), the results showed that serum levels of IL-6 and IL-27 were significantly increased in hepatitis cases, but higher in acute cases compared to chronic cases, and in both cases their levels were higher than in control groups. IL-27 levels had a highly significant value (p 0.0001**) compared to IL-6 levels. Interleukin 34 levels did not have a significant value (p 0.708 NS) in the comparison between patients and healthy control.
Benzer Tezler
- Evaluation and association of some biochemical parameters in patients with renal diseases in fallujah city in Iraq
Irak fellujah şehrinde böbrek hastalıklı hastalarda bazı biyokimyasal parametrelerin değerlendirilmesi ve ilişkilendirilmesi
MOHAMMED DAHHAM MOHAMMED AL-ALWANI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyokimyaÇankırı Karatekin ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞEVKİ ADEM
- Irak- Akashat kilinin özellikleri, çamur, astar ve sır bünyelerinde kullanımının araştırılması
The properties of Iraq-Akashat region clay and investigation of its uses in ceramic slip, engobes and glazes
TALAN DARA BAHRİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Güzel SanatlarSelçuk ÜniversitesiSeramik Ana Sanat Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞERİFE YALÇIN YASTI
- Site selection of a rainwater harvesting structure in Al-Muhammadi valley in anbar province, Iraq using remote sensing and GIS techniques
Uzaktan algılama ve CBS tekniğini kullanarak Irak'ın Al-Muhammadi vadisinde yağmur suyu toplama yapısının yerinin belirlenmesi
MOHAMMED ABBAS KHUDHAIR
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
İnşaat MühendisliğiAtılım Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YAKUP DARAMA
DOÇ. DR. KHAMİS NABA SAYL
- Al-anbar ilindeki yetişkin erkek obez hastalarda glikozile hemoglobin ile insülin direnci arasındaki korelasyon
Correlation between glycosylated hemoglobin and insulin resistance in adult male obese patients in al-anbar province
MOSLEH NSAIF JASIM JASIM
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyokimyaKırşehir Ahi Evran ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZUHAL ALIM
DR. ÖĞR. ÜYESİ MUHAMMAD HAMMAD JASİM ALAJEELY
- Morphometric analysis of the al-Auqood, al-Shakrea, and al-Samtheai stream basins in Iraq using geomatics technology
Irak'taki al-Auqood, al-Shakrea ve al-Samtheai akarsu havzalarının geomatik teknolojisi kullanılarak morfometrik analizi
TAHA SAADİ AHMED