Application of computational biology approaches for the investigation of the molecular mechanisms of cancer across taxonomic groups
Farklı taksonomik gruplarda kanserin moleküler mekanizmalarının hesaplamalı biyoloji uygulamalarıyla araştırılması
- Tez No: 744568
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ATHANASİA PAVLOPOULOU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Genetik, Biology, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 210
Özet
Tümörogenezin temel mekanizmalarının araştırılmasının, alternatif tedaviler ve yeni teşhis stratejileri geliştirmede çok önemli olduğu kabul edilmektedir. Bu çalışmada araştırılan mekanizmalar, kanser araştırmalarında alternatif tedavi yöntemlerinin belirlenmesi için vazgeçilmez bir kılavuz olması mümkündür. Veri madenciliği yöntemleri, geniş çaplı biyolojik verilerin değerlendirilmesine olanak sağlar. Bu nedenle, karsinogenez moleküler mekanizmalarını araştırmak için karşılaştırmalı genomik, diferansiyel eksprese olan gen profillerinin belirlenmesi, biyolojik ağ analizi, biyolojik metin madenciliği yöntemleri birleştirilerek disiplinler arası sistem biyolojisi yöntemleri kullanılmıştır. In-siliko sistem biyolojisi yaklaşımı sırasıyla; (1) erişime açık birincil genomik veri tabanlarının madencilik yoluyla yeni genlerin/proteinlerin belirlenmesi, (2) Başlıca taksonomik grupları kapsayan, genlerin/proteinlerin kapsamlı filogenetik analizlerinin yürütülmesi, (3) erişime açık veri tabanlarından yüksek verimli veri işleme ile farklı kanser türlerinde diferansiyel olarak eksprese olan genlerin belirlenmesi, (4) işlevsel ağların oluşturulması ve daha sonra biyolojik ağ yorumlama teknikleri kullanılarak gen/protein modüllerinin belirlenmesi, (5) Anlamsal ilişkileri tespit etmek için yapay zeka tekniklerini kullanarak doğal dil işleme metotlarının uygulanması adımlarını içermektedir. Çalışma bulgularının klinik ortamda potansiyel uygulamaya sahip olması mümkündür. Bu bağlamda, ilgili genler, tanısal veya prognostik tümör belirteçleri olarak kullanılabilir; ayrıca kanser tedavisine yönelik karar vermek veya hedefe yönelik kanser ilaçları geliştirmek için gelecekteki deneysel çalışmaların rasyonel stratejisinde kullanılabilmesi mümkündür.
Özet (Çeviri)
Investigating the fundamental mechanisms of tumorigenesis is considered crucial in developing alternative therapies and new diagnostic strategies. These mechanisms, which were investigated in this study, could provide an indispensable guide to identifying alternative treatment methods in cancer research. Data mining methods allow the investigation of large-scale biological data. To this end, cross-disciplinary in silico systems biology methods, by combining comparative genomics, differentially expressed gene profiles, biological networks and biological text mining, were employed to investigate the molecular mechanisms of carcinogenesis in diverse taxonomic groups. For this purpose, the following steps were carried out: (1) Identification of novel genes/proteins involved in different aspects of cancer through mining publicly accessible primary genomic databases, (2) Conduct of comprehensive in silico phylogenetic analyses of genes/proteins, covering the major taxonomic divisions, (3) Identification of patterns of differentially expressed genes in different types of cancers through processing high-throughput data derived from public repositories, (4) Construction of functional networks and subsequent identification of gene/protein modules by employing biological network inference techniques, (5) Natural language processing using artificial intelligence techniques for the detection of semantic relations. The findings of this study could have potential application in the clinical setting. In this regard, the corresponding genes can be exploited as diagnostic or prognostic tumor markers, and they could also be utilized in cancer therapeutic decision-making or in future experimental studies for the rational design of targeted cancer drugs.
Benzer Tezler
- Investigation of dynamic allostery in motor proteins
Motor proteinlerin dinamik allosterisinin incelenmesi
CİHAN KAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TÜRKAN HALİLOĞLU
- Fen eğitiminde hesaplamalı düşünme araştırmalarının incelenmesi: Bir meta-analiz çalışması
Analysis of computational thinking research in science education: A meta-analysis study
GÜLBİN KIYICI
Doktora
Türkçe
2022
Eğitim ve ÖğretimGazi ÜniversitesiMatematik ve Fen Bilimleri Eğitimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAVVA YAMAK
- Development of a bioinformatic analysis package to test global phylogeographic relationships of species by using geotagged dna sequences from genbank
Coğrafi etiketli genbank dna dizileri kullanılarak türlerin küresel filocoğrafik ilişkilerini test etmek için bir biyoinformatik analiz paketi geliştirilmesi
CANER AKTAŞ
Doktora
İngilizce
2024
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERTAÇ ÖNDE
- Computational and experimental investigations into the mechanism of functional motion in biomolecular systems
Biyomoleküler sistemlerde fonksiyonel hareket mekanizmasi üzerine hesaplamalı ve deneysel araştırmalar
AYŞE BURCU FAS
Doktora
İngilizce
2016
BiyofizikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TÜRKAN HALİLOĞLU
- Computational investigation of reaction mechanism of FET3 protein in yeast
Mayadaki FET3 proteininin reaksiyon mekanizmasının hesapsal olarak incelenmesi
BÜŞRA AHISHALI
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BÜLENT BALTA